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RSS订阅原创 生信软件51 - 生物信息高效命令行find,cut, xargs和seqtk技巧
生物信息高效命令行find,cut, xargs和seqtk技巧
2025-08-18 09:48:01
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原创 生信技能76 - 根据SNP列表提取SNP位点上下游的参考基因组fasta
根据 SNP 列表列表提取参考基因组fasta文件中每个 SNP 上下游各指定bp大小（如500bp） 的序列，通过`--upstream`和`--downstream`参数可灵活调整提取的序列长度。
2025-07-31 17:39:37
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原创 生信软件49 - 全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）比对与甲基化水平调用工具BSseeker2
全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）比对与甲基化水平调用工具BSseeker2
2025-07-31 17:12:10
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原创 生信软件48 - 差异甲基化区域（DMR）识别的DNA 甲基化分析工具methylpy
差异甲基化区域（DMR）识别的DNA 甲基化分析工具methylpy
2025-07-28 15:00:48
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原创 生信技能75 - 获取WGS指定区域/全基因组Call变异以及统计每个位点ATCG碱基数量及占比
获取WGS指定区域/全基因组Call变异以及统计每个位点ATCG碱基数量及占比
2025-07-17 10:38:19
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原创 生信技能74 - WGS插入片段长度分布数据提取与绘图
本文介绍了两种分析基因组测序数据中片段长度分布的方法：单样本模式和多样本合并模式。单样本模式支持使用picard或pysam工具从BAM文件中提取片段长度信息，并绘制插入片段长度分布图；多样本模式则可将指定目录下所有样本的结果进行汇总统计。程序提供了Python实现，包含BAM文件索引、统计信息提取、分布图绘制等功能，支持通过命令行参数指定分析模式、工具选择和输出路径。该工具能有效评估测序文库的片段长度分布特征，为后续生物信息学分析提供质量参考。
2025-07-14 13:24:12
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原创 Spearman检验组间相关性及SCI风格绘图
通过Python模拟肿瘤与正常组织的突变数据，使用Spearman检验计算相关性，并提供了两种可视化方法：一种是专业SCI风格的散点图（包含回归线、置信区间和统计标注），另一种是基础散点图。代码实现了数据生成、相关性计算与可视化全流程，适用于生物医学数据分析场景。
2025-06-27 17:00:24
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原创 生信软件47 - 超低测序深度的全基因组测序cfDNA肿瘤分数估计工具ichorCNA
超低测序深度的全基因组测序cfDNA肿瘤分数估计工具ichorCNA
2025-06-24 14:22:50
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原创 生信技能73 - 三代测序Nanopore和PacBio-HiFi/CCS原始数据过滤及可视化
三代测序Nanopore和PacBio-HiFi/CCS原始数据过滤及可视化
2025-06-24 09:43:42
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原创 单细胞（Single cell RNA-seq）教程课程与github资源
单细胞（Single cell RNA-seq）教程课程与github资源
2025-06-06 13:27:17
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原创 决策树、朴素贝叶斯、随机森林、支持向量机、XGBoost 和 LightGBM算法的R语言实现
决策树、朴素贝叶斯、随机森林、支持向量机、XGBoost 和 LightGBM算法的R语言实现
2025-03-04 09:48:15
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原创 PED/MAP/VCF文件与PLINK-BED/BIM/FAM文件格式相互转换
PED/MAP/VCF文件与PLINK-BED/BIM/FAM文件格式相互转换
2025-02-11 10:20:04
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原创 生信软件44 - 比PyVCF更高效的VCF解析Python库cyvcf2
cyvcf2 是一个基于 Cython 的高性能 VCF 文件解析库，专门用于快速读取和处理基因组变异数据（VCF 格式）。与传统的 Python VCF 解析库（如 PyVCF）相比，cyvcf2 的解析速度可提升10-100 倍，尤其适合处理大规模基因组数据（如全基因组测序数据）。直接读取压缩的.vcf.gz文件，无需预先解压基于 C 语言优化，内存占用低，解析速度快提供类似 Python 列表的迭代接口，支持按染色体或区域查询可访问 VCF 头部的所有信息。
2025-02-07 15:55:23
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cfDNAPro游离DNA片段组学分析
2025-08-28
人类GRCh37/hg19的GTF注释文件以及提取TSS、TSE、起始终止密码子、外显子剪接供体和受体提取文件
2025-05-16
RNA-seq转录组近十年技术发展和分析流程综述
2024-09-20
已知人类血红蛋白变异数据库（HbVar）的地贫结构变异（SV）缺失类型区域
2024-08-19
人类参考基因组hg19和GRCh38测序盲区坐标文件
2024-07-12
SNP指纹图谱软件SNPT ，通过高通量测序获得的SNP，用最少的SNP数据区分尽量多的样品
2024-05-17
人群CNV、单倍剂量不足基因DDG2P数据库文件
2024-05-15
NC-012920.1线粒体基因组序列及其BWA参考序列索引
2024-05-15
单细胞RNA测序（scRNA-seq）cellranger count的细胞定量和aggr整合.md
2024-05-12
GenomeAnalysisTK（GATK3.8.0）便携版，无需编译直接使用
2024-04-29
2023年基于二代测序辅助生殖技术专题市场调研报告
2023-12-11
CNV检测工具cnvpytor脚本程序和结果合并python程序，cnvpytor.zip
2023-12-10
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