生信与基因组学-优快云博客

cyvcf2 是一个基于 Cython 的高性能 VCF 文件解析库，专门用于快速读取和处理基因组变异数据（VCF 格式）。与传统的 Python VCF 解析库（如 PyVCF）相比，cyvcf2 的解析速度可提升10-100 倍，尤其适合处理大规模基因组数据（如全基因组测序数据）。直接读取压缩的.vcf.gz文件，无需预先解压基于 C 语言优化，内存占用低，解析速度快提供类似 Python 列表的迭代接口，支持按染色体或区域查询可访问 VCF 头部的所有信息。

2025-02-07 15:55:23 918

原创 SNP基因芯片基因分型2 - 提取分析基因组区域的SNP芯片数据

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2025-01-24 14:27:49 214

原创 Pandas与Numpy的数据分析进阶题

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2025-01-24 14:06:07 1327

原创 Obesity Risk - 肥胖机器学习与可视化数据集

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2025-01-17 19:19:39 503

原创 SNP基因芯片基因分型1 - 解析SNP芯片各样本等位基因数据

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2025-01-17 14:46:01 281

原创生信算法10 - Levenshtein距离与汉明距离比对序列差异

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2025-01-10 17:43:25 525

原创哈迪-温伯格（Hardy-Weinberg ）平衡定义及检验

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2025-01-10 13:08:13 1088

原创 XGBoost算法在自定义数据集中预测疾病风险

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2025-01-09 11:54:05 1072

原创生信技能69 - 使用deepvariant对基因组指定区域Calling SNPs/Indels

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2025-01-06 19:54:15 338

原创构建docker镜像封装python脚本和环境及安装依赖

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2025-01-06 17:42:18 522

原创三代测序长reads中准确和稳定的识别二倍体基因组结构变异（SV）

三代测序长reads中准确和稳定的识别二倍体基因组结构变异（SV）

2024-12-31 13:43:39 1187

原创生信分析进阶13 - 甲基化SNP-Calling和甲基化聚类Nextflow管道

甲基化SNP-Calling和甲基化聚类Nextflow管道

2024-12-31 13:14:56 113

原创生信技能68 - bcftools annotate注释VCF SNP的RSID编号

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2024-12-25 16:45:40 277

原创基因组学系列5：基于基因组近交系数F-ROH评估亲缘关系

基于基因组近交系数F-ROH评估亲缘关系

2024-12-25 14:31:42 1663

原创生信软件开发2 - 使用PyQt5开发一个简易GUI程序

使用PyQt5开发一个简易计算器

2024-12-24 12:59:09 108

原创生信技能67 - trimmomatic和fastp质控fastq数据封装方法

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2024-12-24 09:14:36 435

原创生信技能66 - bioconvert实现多种生信文件格式的转换

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2024-12-19 20:07:29 161

原创生信软件43 - iGenomes批量下载Ensembl、NCBI、GATK和UCSC参考基因组和注释文件资源

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2024-12-19 14:00:53 888

人类GRCh37/hg19的GTF注释文件以及提取TSS、TSE、起始终止密码子、外显子剪接供体和受体提取文件

人类GRCh37/hg19的GTF注释文件以及提取TSS、TSE、起始终止密码子、外显子剪接供体和受体提取文件 ensemblv75_canonicalTranscriptIDs.lst.gz ensemblv75_canonicalTranscriptIDs.protein_coding.lst.gz Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz

2025-05-16

RNA-seq转录组近十年技术发展和分析流程综述

包含： 1. IlluminaRNA-seq综述.pdf 2. 综述RNA_Seq_a_revolutionary_tool_for_transcriptomics.pdf 3. 综述RNA_sequencing_advances_challenges_and_opportunities(2010).pdf 4. 综述RNA_seq这十年.pdf

2024-09-20

无参转录组和有参转录组分析结题报告

2024-09-20

已知人类血红蛋白变异数据库（HbVar）的地贫结构变异（SV）缺失类型区域

HBA区域： chr16_132744_279999，约147kbp HBB区域： chr11_5221230_5321230，约100kbp

2024-08-19

人类参考基因组hg19和GRCh38测序盲区坐标文件

重复序列区域 GC异-GC高和GC低区域端粒和着丝粒区域假基因和高度同源基因低比对分数区域以上区域hg19为tsv文件和GRCh38为bed格式文件

2024-07-12

SNP芯片可视化示例数据，SNPArray.26T.txt

2024-06-17

SNP指纹图谱软件SNPT ，通过高通量测序获得的SNP，用最少的SNP数据区分尽量多的样品

压缩包包含以下三个文件： SNPT.exe demo_input.txt README_03.TXT

2024-05-17

人群CNV、单倍剂量不足基因DDG2P数据库文件

population_cnv_grch38.txt （人群CNV GRCH38数据文件） population_cnv_grch37.txt（人群CNV GRCH37数据文件） HI_Predictions_Version3.bed（单倍剂量不足基因数据库文件） DDG2P_22_4_2024.csv（DDG2P数据文件）

2024-05-15