生信软件14 - bcftools提取和注释VCF文件关键信息

bcftools可用于变异信息的描述性统计，计算，过滤和格式转换。

1. 显示VCF文件的头信息

bcftools view -h sample.vcf

##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##bcftoolsVersion=1.5+htslib-1.5
##bcftoolsCommand=mpileup -f /public/analysis/ucsc.hg19.fasta -Ou /public/analysis/result/sample.bam
##reference=file:///public/analysis/ucsc.hg19.fasta
##contig=<ID=chr1,length=249250621>
##contig=<ID=chr2,length=243199373>
##contig=<ID=chr3,length=198022430>
....

1. 构建