单细胞(Single cell RNA-seq)教程课程与github资源

单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分 在之前的文章里,我主要讲了如下两个内容:(1) 认识Cell Hashing;(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵。相信大家已经知道了cell hashing与普通10X转录组的差异,以及使用cellranger得到表达矩阵。 这一篇讲如何使用Seurat的HTODemux函数,CiteFuse的crossSampleDoublets函数两种方法拆分表达矩阵(混了不同来源的细胞),最后还会略微比较一下两种方法得到的结果的差异。 HTODemux 这种方法的原理我在第一篇笔记中已经讲过,感兴趣. 阅读详情

单细胞(Single cell RNA-seq)教程课程与资源

1. 工具/工作流程

1.1 scverse

生命科学中单细胞组学数据的基础工具

https://scverse.org/

scverse官网

1.2 SimplesingleCell

使用Bioconductor对单细胞RNA-seq数据进行低水平分析的分步工作流程

https://bioconductor.org/packages/release/workflows/html/simpleSingleCell.html

simpleSingleCell

2 单细胞最佳实践

2.1 论文

论文: Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial

https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20188746

Awesome Single Cell: 单细胞分析的综合资源列表 在过去的十年中,单细胞分析技术经历了爆炸性的发展。这种技术能够在单细胞水平上检测基因表达、表观遗传修饰和其他分子特征,为我们理解细胞异质性和复杂生物系统提供了前所未有的洞察力。然而,随着单细胞数据的快速积累,如何有效分析和解释这些海量数据也成为了一个巨大的挑战。为了应对这一挑战,GitHub上的Awesome-Single-Cell项目应运而生。这个项目由生物信息学家Sean Davis发起,旨在为单细胞分析领域的研究人员提供一个全面而精选的资源列表。让我们深入了解这个项目的主要特点和内容。 阅读详情

相关推荐

医学生自学生信分析:从零到精通的科学学习路径与实战指南

生物信息学分析作为一门交叉学科,其核心在于运用计算工具处理高通量生物数据以解决生物学问题。其基本原理涉及数据获取、质量控制、序列比对、定量分析、差异检验及功能注释等一系列标准化流程。掌握这项技术对于现代医学研究具有重要价值,能够帮助研究者从基因组、转录组等多组学数据中挖掘疾病标志物、探索发病机制。在实际应用场景中,例如疾病分子分型、药物靶点发现和预后模型构建等领域,生信分析已成为关键支撑技术。本文聚焦于为医学生设计一条高效的学习路径,特别强调建立分析思维框架优先于工具学习,并系统介绍了从Linux基础、R语

weixin_33919950的博客 344

GRI科研实习:本科生如何用机器学习解码衰老多尺度动力学

衰老研究正从表型观察迈向多尺度动力学建模,其核心是整合分子、细胞与个体层面的时序生理信号,并利用深度学习挖掘隐含耦合规律。机器学习在生物医学中的价值,不仅在于提升预测精度,更在于构建可解释、可验证的机制假说——如将生物物理方程嵌入损失函数,或用图神经网络刻画器官间交互。这类交叉研究高度依赖真实数据、领域指导与算力基建,而MITACS GRI项目正是少有的面向本科生开放全流程科研实践的国际平台。它不筛选论文产出者,而是识别具备‘科研直觉’的学习者:能从课设中提炼方法论,从开源项目中建立领域信用,从失败调试中显

weixin_34274029的博客 589

Excel 数据分析常用函数汇总

很多传统行业的数据分析师只要求掌握 Excel 即可,会 SPSS / SAS 是加分项。哪怕在数据分析岗位很多的互联网行业,Excel 依旧是不可替代的基础工具。Excel 是数据分析最常用、最基础的工具。大量传统行业(商贸、工厂、门店进销存)的数据分析师,熟练掌握 Excel + SQL 就可以完成绝大多数日常工作。对于初学者,不用一上来就啃 Python、R 这类编程语言,Excel 自带的函数、透视表、可视化插件足够支撑大部分统计、核对、报表需求;

qq_22201881的博客 130

HiC_tools:Hi-C 数据分析工具集

Hi-C 数据分析工具和论文 工具按出版日期排序,最新的排在最前面。 未发布的工具列在每个部分的末尾。 有关请参阅和。 请! 有关其他数据科学和基因组学相关的说明,请参阅说明。 表中的内容 正常化CNV感知归一化 再现性 AB隔间 循环调用者捕获-C 峰 微分互动差异丰度 TAD 来电者 建筑条纹 差异/时程 TAD 分析 3D特征预测 面向SNP CNV 和结构变异检测 可视化 从头基因组支架 3D建模 解卷积 文件 方法论评论 一般评论 技术 微C 多方互动 正常化 TAD检测 光谱聚类 网址课程 管道 Juicer - Java 完整管道将原始读取转换为 Hi-C 映射,在 Juicebox 中可视化。 调用域、循环、CTCF 绑定站点。 .hic文件格式,用于存储多分辨率 Hi-C 数据。 https://github.com/theaidenlab/juicebox/wi

STM32F103移植NuttX实战:从零搭建最小系统到串口Shell(附完整配置文件)

本文详细介绍了在STM32F103C8T6开发板上移植NuttX实时操作系统的完整过程,包括环境搭建、BSP配置、系统时钟初始化、驱动裁剪、编译烧录及串口Shell交互。通过实战指南帮助开发者快速掌握NuttX移植技巧,解决典型问题,适用于嵌入式系统开发。

tree8的博客 290

Origin作图——等高线图

最近做一个测试数据图,开始想通过用热图来展示,结果发现热图有很多的小方块,很难呈现出最好的效果,因为数据是有一层一层的递进效果,因此经过尝试后,发现等高线图是个好选择。 热图展示效果如下:其中有很多的小方块不适合,热图制图方法前面有记录。 下面展示等高线图制作方法。首先是导入数据,可以从excal导入,也可以直接复制进去。等方法。 选中要展示的数据,绘图----等高线图 选中箭头,确定。 双击图像,点击线,我们需要把线隐藏了. 双击图像,我们需要调色板,根据自己的选择,一般用调色板的颜色。

qq_42278015的博客 1万+

因果推断(二):因果推断涉及的ITE、ATE、CATE等效应

因果效应也称为**处理效应(Treatment effect)**是用于评判干预与否的结果差异的指标(处理变量对结果变量的影响)。比如在接受治疗组中,如果这些人不接受治疗,这组人接受治疗和不接受治疗的效应差异是多少。定义为实验组中每个个体的处理效应差异,比如一个个体在接收治疗和不接受治疗的两个处理方式的健康程度得分的差。但是一个人因为不可能。比如我们想探究接受治疗的男性用户和不接受治疗的男性用户的平均效果差异就是CATE。前面说ITE是无法观测的,是因为一个人不能同时接受治疗又不接受治疗,这里关键的就是。

Y1n的博客 3710

高效低功耗设计:PMOS电子开关在墨水屏与ADC采样电路中的创新应用

本文深入探讨了PMOS电子开关在低功耗设计中的创新应用,特别是在墨水屏和ADC采样电路中的关键作用。通过详细分析PMOS的导通机制和近乎零静态功耗特性,展示了其在待机低功耗场景下的显著优势,并提供了实用的电路设计技巧和元器件选型建议,帮助工程师实现极致的功耗优化。

weixin_29193359的博客 159

开源网格划分软件-Gmsh二次开发教程 (4)网格生成与控制​

​本章将深入讲解Gmsh的网格生成技术,包括全局/局部网格控制、边界层生成、自适应细化等,并提供完整的代码示例。

ZQGG的博客 1472

34、高效探索柔性蛋白质环构象空间的算法

本文介绍了一种高效探索柔性蛋白质环构象空间的算法,通过种子采样和变形采样两种技术,同时满足运动学闭合和避免空间位阻冲突的约束条件。种子采样能够在闭合无冲突构象空间中广泛生成构象,而变形采样则可以对“有趣”区域进行更密集的探索。实验结果表明,这两种方法在不同大小和受限程度的蛋白质环上均表现出色,运行时间在可接受范围内。相关算法已集成到工具包LoopTK中,可在https://simtk.org/home/looptk获取。

moon9的博客 127

QGIS004:【05矢量属性表】-保留字段、删除字段、添加唯一值索引字段、添加字段到属性表、添加自增量字段、添加XY字段到图层、文本型转浮点型、重构字段、重命名字段

摘要:QGIS矢量属性表工具箱包括保留字段、删除字段、添加唯一值索引字段、添加字段到属性表、添加自增量字段、添加XY字段到图层、文本型转浮点型、重构字段、重命名字段等选项,本文介绍各选项的基本操作。

qq_31762031的博客 2310

vue2/3 - H5 移动端网页中调用手机摄像头扫描二维码 / 条形码功能,在h5手机网页里调起相机摄像头进行二维码或条形码扫描效果详细教程(详细示例组件源码,一键复制开箱即用!)

vue扫描二维码条形码,vue网页调用摄像头扫二维码条形码,vue移动端如何实现调用相机扫描二维码,vue移动端扫一扫功能,vue怎么做移动端h5扫一扫功能,vue识别二维码和条形码,vue实现点击按钮调用摄像头扫码,vue调用本地摄像头实现拍照功能,Vue中如何进行二维码生成与扫描,如何实现vue在手机浏览器中调用摄像头实现扫描二维码功能,VUE项目移动端H5调用摄像头扫码,vue项目中实现H5调取摄像头,网页调用摄像头实现二维码扫描功能,vue调用手机摄像头,vue在调用摄像头扫码,vue自定义打开摄像

✅ 精选推荐文章 1万+

STM32F407中文手册

STM32f407中文手册 本参考手册面向应用开发人员,提供有关使用 STM32F405xx/07xx、STM32F415xx/17xx、 STM32F42xxx 和 STM32F43xxx 微控制器存储器与外设的完整信息。STM32F405xx/07xx、STM32F415xx/17xx、STM32F42xxx 和 STM32F43xxx 构成一个微 控制器系列,各产品具有不同的存储器大小、封装和外设。有关订购信息以及器件的机械与电气特性,请参见数据手册。有关 ARM Cortex™-M4F 内核的信息,请参见《Cortex™-M4F 技术参考手册》。

WINCC7.3破解文件

WINCC7.3硬件够破解文件,有需要的下载!WINCC7.3硬件够破解文件,有需要的下载!

Probability and Statistics - 4th edition

Probability and Statistics - 4th edition

VB摄像头监控

该VB模块可对摄像头捕获的画面进行录像等,可在创建的窗口进行控制

上一篇: 生信分析进阶15 - 从GTF文件提取起始密码子、终止密码子、外显子剪切供体和受体
下一篇: 生信技能73 - 三代测序Nanopore和PacBio-HiFi/CCS原始数据过滤及可视化
生信与基因组学
博客等级 码龄9年 7201粉丝 257原创
评论
成就一亿技术人!
拼手气红包6.0元
还能输入1000个字符
 
 条评论被折叠 查看
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付:10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

生信与基因组学

每一份鼓励是我坚持下去动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付:¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值