生信软件48 - 差异甲基化区域（DMR）识别的DNA 甲基化分析工具methylpy

methylpy 是一个用于分析亚硫酸氢盐测序（Bisulfite Sequencing, BS-seq）数据的 Python 库，专门针对哺乳动物基因组的 DNA 甲基化分析设计。它提供了从原始测序数据处理到差异甲基化区域（DMR）识别的完整流程，尤其适用于处理低输入量样本（如单细胞或胚胎）的甲基化数据。

可实现计算单个 CpG 位点或基因组区域的甲基化水平，识别低甲基化区域（LMRs）和高甲基化区域（HMRs）；差异甲基化分析（DMR calling），支持多样本比较；生成甲基化热图、箱线图和基因组浏览器视图，将甲基化区域注释到基因、启动子或功能元件等。

2. 安装

依赖要求cutadapt （>=1.9） 用于原始读取修剪；picard （>=2.10.8） 用于 PCR 重复去除；samtools （>=1.3）；wigToBigWig 用于格式转换。

####### conda安装（推荐）#######
conda env create --name methylpy
conda activate methylpy
conda install -y -c bioconda -c conda-forge methylpy    

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/wigToBigWig

####### github安装 #######
# clone项目
git clone https://github.com/yupenghe/methylpy.git
cd methylpy/
python setup.py install

3. 测试数据下载

wget http://neomorph.salk.edu/yupeng/share/methylpy_test.tar.gz
tar -xf methylpy_test.tar.gz
cd methylpy_test/
python run_test.py

4. 基本用法

4.1 基本分析流程

# 1. 构建转换后的基因组参考
m