生信分析进阶17 - 肿瘤分数、拷贝数变异分析的ichorCNA封装

1. 肿瘤分数、CNA分析方法ichorCNA封装

通过自动化创建yaml文件配置文件（config.yaml和samples.yaml），通过snakemake运行ichorCNA分析肿瘤分数、拷贝数变异等。其中config.yaml存储了ichorCNA的参数信息，samples.yaml存储了分析的样本名称及对应的bam文件路径。

2. 基本用法

ichorCNA使用说明：https://github.com/broadinstitute/ichorCNA/wiki

# 克隆github项目
git clone https://github.com/broadinstitute/ichorCNA.git

# readCounter工具安装,  多BAM 文件中的reads进行计数
git clone https://github.com/shahcompbio/hmmcopy_utils.git
cmake .