生信技能76 - 根据SNP列表提取SNP位点上下游的参考基因组fasta

根据SNP列表提取SNP位点上下游的参考基因组fasta

根据 SNP 列表列表提取参考基因组fasta文件中每个 SNP 上下游各指定bp大小（如500bp） 的序列，通过--upstream和--downstream参数可灵活调整提取的序列长度。

1. 依赖安装

# 安装依赖
pip install pandas pyfaidx

2. 提取方法

python extract_snp_fasta.py \
    --snp snp.txt \  	# SNP文件
    --fasta hg19.fa \   # 参考基因组fasta文件
    --output hg19.snp.fa \