生信软件49 - 全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）比对与甲基化水平调用工具BSseeker2

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#bash #数据分析 #健康医疗

于 2025-07-31 17:12:10 首次发布

全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）比对与甲基化水平调用工具

1. BS-Seeker2简介

BS-Seeker2是一个多功能的管道，用于准确和快速比对亚硫酸氢盐处理的reads。BS-Seeker 2的下游分析建议用CGmapTools (https://cgmaptools.github.io/)。支持的库类型: 全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）与还原代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）。要求Python（版本2.6 +），pysam软件包（版本0.6.x）。支持的对齐工具： bowtie, bowtie2, soap。

github 地址： https://github.com/BSSeeker/BSseeker2

# 安装
# 下载最新版
wget -c https://github.com/BSSeeker/BSseeker2/archive/refs/tags/BSseeker2-v2.1.8.tar.gz
tar zxvf BSseeker2-v2.1.8.tar.gz

# 常见python2 conda环境
conda create -n BSseeker2 python=2.7.18
conda activate BSseeker2

2. Reads过滤模块： FilterReads.py

可选和独立的模块。一些读段在PCR期间将被过度扩增。这个脚本进行比对之前获得唯一比对的reads，在进行比对之前决定是否过滤读取。

python FilterReads.py \
        -i sample.fq \ # 输入qseq/fastq/fasta/sequence文件
        -o sample.filter.fq

3. 基因组索引构建模块：bs_seeker2-build.py

为BS-Seeker 2建立索引的模块。

# 使用bowite2为WGBS创建基因组索引
python bs_seeker2-build.py \
        -f genome.fa \
        --aligner=bowtie2 \
        -p ~/path/bowtie2/ \  # 指定bowtie2工具路径

# 使用Bowtie2为WGBS文库创建基因组索引，片段长度[40bp, 400bp]
python bs_seeker2-build.py \
        -f genome.fa \
        -l 40 \
        -u 400 \
        --aligner=bowtie2

4. 比对模块：bs_seeker2-align.py

用于在3-字母转化的基因组上映射读段的模块。

# Usage: bs_seeker2-align.py {-i <single> | -1 <mate1> -2 <mate2>} -g <genome.fa> [options]

# WGBS 文库 ; 比对到基因组
python bs_seeker2-align.py \
        -i WGBS.fa \
        --aligner=bowtie2 \
        -o WGBS.bam \
        -f bam \
        -g genome.fa

# 
# WGBS 文库 ; 比对到基因组, 双端PE模式
python bs_seeker2-align.py \
        -i WGBS.fa \
        -m 3