生信技能71 - 获取barcode序列的碱基差异

最新推荐文章于 2025-06-15 19:27:14 发布
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： python 数据挖掘 数据分析
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1. 比较逻辑

循环比较全部barcode的碱基序列， 获取一对序列的汉明距离，解析后输出对应的差异碱基数至结果文件中。

2. 输入序列文件格式

输入文件文件，一共2列，分别表示barcode的名称及其对应的碱基序列， 输入的barcode长度要求相等，格式如下所示：

barcode1 TCGATGACG
barcode2 TCGATGATG
barcode3 TCGAGGACG

3. Python主程序

# compare_barcode.py
def calculate_hamming_distance(seq1, seq2):
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