deepgener的博客

一个基于宏基因组或扩增子序列预测代谢组的工具 - Melonnpan摘要菌群代谢组学，特别是在人类肠道中的代谢组学，开始提供一条新的途径来鉴定疾病中的功能和破坏的生态。然而，这些数据的成本很高，很难大规模获得，而扩增子或鸟枪法宏基因组测序数据对于成千上万的人群来说是现成的。在这里，描述了一个计算方法，以预测新的微生物群落中潜在的不可观察的代谢产物，给予一个模型上训练的配对代谢组和宏基因组。还...

使用细胞热移位测定法鉴定嘌呤核苷磷酸化酶作为奎宁的靶标文献导读：细胞热转变分析实验（CETSA）最初是为了帮助抗癌药物靶向研究而开发出来的方法，它是第一种广泛应用无标签方法来研究药物靶向完整细胞的方法。这项技术是根据热展开蛋白在细胞中迅速沉淀后通过监测heat challenge后剩余的可溶性蛋白来测量融化曲线的。这与使用纯化蛋白的经典热转移实验类似，配体结合通常导致蛋白稳定和熔融温度（tm...

组织脱蜡和组织清洗组织切片样本通过脱蜡处理（这里的脱蜡和HE脱蜡一样，脱至70%酒精溶液时停止，然后在流水中冲洗10 min)。10 min冲洗之后把切片放进クン酸水溶液中浸泡，クン酸用多少根据你的切片组织位置来判定（关键是要把组织全部浸泡到）。把步骤2中浸有切片组织的クン酸放在Micro wave 内加热直至クン酸溶液沸腾为止（600W的电磁炉一般3分钟即可），沸腾之后马上开始计时并且进...

标题：吲哚乙酸脱羧酶是一种甘氨酰自由基酶，催化恶臭粪臭素的形成文章截图文献导读厌氧细菌发酵芳香族氨基酸产生各式多样的代谢产物，并且保留了其稳定的芳香环结构（图1）。 由生活在人/动物肠道中的厌氧细菌产生，这些化合物可在宿主血液中积累，达到亚毫摩尔的浓度会具有全局生理或病理效应。 因此，详细了解这些发酵途径及其产品对人类健康至关重要。 许多发酵细菌能够分别降解芳香族氨基酸酪氨酸（Tyro...

肠球菌如何在哺乳动物肠道中定植导读肠道菌可以定植在哺乳动物的胃肠道(GIT)中，通常与宿主健康关联。但是肠球菌也会引起宿主的一些疾病。另外，肠球菌因为其固有的和可获得的抗生素抗性，所以在用抗生素治疗期间也可以进行增殖，导致其传播产生疾病。认识到能够在GIT中定植是肠球菌感染的先决条件，引起了研究人员利用肠球菌来研究生态位定植的机制的兴趣。本综述讨论了最近研究的一些主要发现，用于了解肠球菌...

道高一尺，魔高一丈之细菌耐药性文献导读抗细菌药是一类用于抑制细菌生长或杀死细菌的药物。在不引起歧义的情况下，抗细菌药也可简称为“抗菌药”，其中包括抗生素。它是由微生物（包括细菌、真菌、放线菌属等）所产生的具有抑制其它微生物生长、生存的次级代谢产物，以及人工化学方法合成或半合成的类似化合物。自1940年青霉素被首次发现以来，抗生素的种类已达几千种，在临床上常用的亦有几百种。它不仅能杀灭细菌，而...

肠道菌群的遗传基因构成对宿主寿命的影响文献导读近年，有关肠道菌群和宿主老化的研究越来越多。从生理角度来看，宿主体内不可缺失的一些物质是由肠道菌群所产生的，并且一些外源性的化学物质也需要通过肠道微生物的调节作用才能对宿主发挥作用。老年人体内肠道微生物组在不停地发生改变，但是有报道称通过饮食可调节肠道微生物组从而来改善其健康状况。今天呢，我就针对肠道微生物组的遗传物质构成对宿主寿命的影响来...

小鼠Lgr5味觉干细胞分化由来的味觉类组织具有味觉全能性文献导读味觉细胞，与消化管上皮细胞同样是由内胚层发育而来不断地重复细胞凋亡以及新生的细胞。一般味觉细胞指的是存在于口腔内、舌上皮味蕾中的细胞（后被考证口腔上颚以及咽头也存在）。口腔内存在的味蕾犹如洋葱状（Figure.1），内包含100到150个味觉细胞。甜苦鲜酸咸五种基本味被五种产生相应味受体的味觉细胞所感知，而后通过味蕾基底...

细菌分子靶向病毒DNA文献导读为了享受美丽的环境，从苏格兰山坡到热带丛林中，我们可能需要抵御常驻害虫。如果害虫种类多，最好采取广谱防御策略（如喷洒驱虫剂）。除了拥有大量针对特定病毒的更具体的防御之外，细菌可以使用一般防御手段来对抗它们的病毒捕食者。Kronheim et al曾在nature上报导了一种抗病毒防御系统，该系统可以保护一种以上的细菌种类。这些发现可能对我们理解细菌和病毒如何...

宏基因组数据分析专题之展望与数据质控导读宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）是以特定环境下的微生物群落作为研究对象，对该样品中所包含的全部微生物总的DNA进行测序从而使人类可以研究微生物种群结构、物种分类，系统进化，基因功能活性、微生物之间以及微生物与环境之间的互作关系。因此，一定程度上来说，宏基因组测序摆脱了微生物分离纯培养的束缚，为环境微生物群落的研究提供了...

炎症性肠病和肠易激综合征肠道微生物组组成及功能变化文献导读炎症性肠病是一组特定的肠道慢性疾病的统称，主要包括克罗恩病和溃疡性结肠炎—维基百科肠易激综合征是一组持续或间歇发作，以腹痛，腹胀，排便习惯或大便性状改变为临床表现，而缺乏胃肠道结构和生化异常的肠道功能紊乱性疾病—百度百科文献信息英文标题：Gut Microbiota composition and functional ...

母乳喂养，有助婴儿身心健康文献导读母乳喂养指用母亲的乳汁喂养婴儿的方式。研究表明，用母乳喂养的婴儿在免疫力、智力、婴儿猝死症的发生、儿童期肥胖、过敏性疾病等方面似乎更健康。越来越多的证据证明母乳喂养对儿童健康有益，这方面的研究也在持续增加，也有不少关于母乳喂养能够预防肥胖、糖尿病，使宝宝更聪明的研究报道。然而，由于种种原因，还是会有不少妈妈无法保证一直纯母乳喂养，只能选择婴儿配方奶粉。...

微生物来源的乳酸促进肠干细胞介导的上皮细胞发育文章截图，图片来源：参考[1]导读肠道干细胞位于肠黏膜隐窝基底部，即基底隐窝是肠道干细胞的细胞库。正常情况下，位于隐窝基底部的肠道干细胞不断向隐窝顶部(肠腔方向)迁移，整个迁移过程大约3-5d，在迁移过程中肠道干细胞分化形成不同的肠黏膜细胞。————引用自《百度百科》[1]前段时间南京农业大学-动物医学院的庾庆华教授在《Cell Deat...

肺肠轴——看不见的Crosstalk文献导读肠道菌群是指存在于宿主肠道内的微生物，它参与了宿主多种重要的生理作用，如影响机体的营养代谢、调节机体免疫系统的发育与成熟及抗菌作用，因此肠道菌群又被人称之为"被遗忘的器官"。随着科学技术的发展，人们逐渐意识到到肠道菌群与全身各个系统的疾病的发生发展都存在着密切的关联，从而提出一些像"肠脑轴"，"肠肝轴"和"肺肠轴&q

用各种分子生物法分析婴幼儿肠道微生物中文标题：用各种分子生物法分析婴幼儿肠道微生物日文标题：各種分子生物学的手法による乳幼児腸内細菌叢の解析作者信息：中山二郎 (九州大学教授）通信作者：園元謙二通信地址：九州大学大学院农学研究院生物机能科学部门背景和目的许多研究表明益生菌可以改善或预防过敏性疾病。然而，在没有益生菌干预的情况下，研究过敏人群和非过敏人群细菌组成差异的研究并不...

精神分裂症患者肠道微生物组调节小鼠谷氨酸-谷氨酰胺-GABA循环和精神分裂症相关行为.文献导读很多研究表明，MGB（菌群-肠-脑）轴的紊乱可能与 SCZ（精神分裂症）的发生有关。为了解决肠脑轴的发育与精神分裂症有关，本文采用16S rRNA的方法来比较 SCZ 患者和健康对照(HCs)的肠道微生物群落，以评估微生物微生态失调是否与精神分裂症发作或精神分裂症症状的严重程度有关。然后，将SCZ...

文献导读肠道菌群是指存在于宿主肠道内的微生物集合，它参与了宿主多种重要的生理作用，如影响机体的营养代谢、调节机体免疫系统的发育与成熟及抗菌作用，因此肠道菌群又被人称之为"被遗忘的器官"。随着科学技术的发展，人们逐渐意识到到肠道菌群与全身各个系统的疾病的发生发展都存在着密切的关联，从而提出一些像"肠脑轴"和"肠肝轴"等名词。肠脑轴背景介绍据统计，定植于人体肠道内数量约是人体细胞数量的...

脑肠轴必读综述 | 肠道菌群是如何影响人的情绪疾病呢？（一）导语我们先来了解下肠道微生物这个复杂的生态系统的潜力和发展。长期以来，物理学家们一直在寻求一种关于万事万物的理论，一种单一的、假设的、包罗万象的框架，用以解释和联系宇宙的所有物理方面，医学上可能在肠道微生物组中找到了自己的终极理论。人与微生物组-万物进化的新理论其实人可以看做一个超级生物体，人肠道中大约有10万亿个细菌存在，数...

微生物胆盐水解酶在粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染中的作用文献导读粪菌移植 (FMT) 可有效治疗复发性艰难梭菌感染 (rCDI)，但其使用存在缺陷，且它的作用机制仍未明。已经有研究表明，某些胆汁酸影响艰难梭菌的萌发，rCDI与胆汁酸代谢异常之间存在相关性，但其机制尚不清楚。本篇文章证明了肠道菌群来源的胆盐水解酶 (BSHs) 的缺失可以通过扰乱肠道胆汁代谢而倾向于发生CDI，并且BSH ...

共生菌群通过γδ T细胞促进肺癌的发展重点 肺癌发生与局部的紊乱和炎症有关 去除共生菌群抑制肺腺癌的发展 微生物群驱使肺癌中Vγ6+Vδ1+ T细胞的增殖和活化 γδ T细胞促进中性粒细胞浸润和肿瘤细胞增殖文献导读肺癌与慢性炎症联系紧密,但导致炎症的原因和具体的免疫介质尚未完全阐述清楚。肺是一种许多细菌群体定居的粘膜组织，通常肺癌病人的肺部感染与临床结果有关。作者证明局部微生...

基于全球人类肠道微生物组的细菌胆盐水解酶 (BSH) 基因的分类特征和种群模式文献导读BA （胆汁酸）由肝细胞中的胆固醇合成，之后进一步与氨基酸甘氨酸或牛磺酸结合形成胆盐并转移至肠道。此外，去结合的胆汁酸充当信号分子促进GLP-1的分泌，激活多种受体和影响不同的代谢物过程导致各种疾病。鉴于肠道微生物群在胆汁酸代谢中的重要作用，且胆盐水解酶（BSH）在胆汁酸介导的信号通路中也发挥重要作用，如...

胆碱：一种对公众健康来说的必需营养素文献导读早在1998年，胆碱被美国国家医学院（IMO）认为是一种必需的营养素，但是由于遗传多态性，胆碱的膳食需求量存在着显著的差异。胆碱对人体代谢起着广泛的作用，从细胞结构到神经递质的合成，因此胆碱的缺乏目前被认为会对肝脏疾病，动脉粥样硬化和某些神经性疾病有影响。胆碱存在于各种各样的食物中，蛋黄是美国饮食里最主要的来源。各个年龄阶段的人群对胆碱的摄入都...

Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染文献导读与16S rRNA测序相比，使用鸟枪法宏基因组测序不仅可以更加深入地了解样本中微生物的分类和功能，也可以避免PCR扩增带来的偏差。然而，对于来源于真核宿主的样本来说，宿主DNA的污染不可避免。因此，使用鸟枪法进行微生物宏基因组测序时，测序深度往往会受到很大影响。如果能在测序之前去除样本中的宿主DNA，使用鸟枪法对...

肠道微生物组相互作用的规则文献导读在人类中，生态位特异性胃肠道微生物组影响益生菌微生物的定植成功。使用预扰动自体粪菌移植可以使抗微生物扰动后的微生物组合成功最容易。文献信息英文标题：Rules of engagement in the gut micro biome中文标题：肠道微生物组相互作用的规则作者信息：Elze Rackaityte(第一作者）Susan V. Ly...

Lancet Diabetes Endocrinol | 低碳水化合物饮食对2型糖尿病患者受用吗？文章导读低碳水化合物饮食作为2型糖尿病管理的策略，长期以来一直为科学界和大众所关注，但该话题仍存在很大争议。主要表现在低碳水化合物定义的差异是常见的混淆因素，就如低碳水化合物饮食处方的范围可以从生酮饮食（一般每天 <50g 碳水化合物）到食物中可含有自碳水化合物的 45 %能量。此外，包...

胃肠道内的NADPH氧化酶类和活性氧信号通路导读活性氧类(Reactive oxygen species, ROS)，起初被分类为是一种有氧代谢产生的毒性副产物，被称为是一把双刃剑。当考虑到宿主防御和氧化还原信号以及受到炎症和退行性疾病的威胁时，ROS被认为是必不可少的。NOX/DUOX NADPH氧化酶类是产生ROS的唯一来源，因为其表达的广泛性和调控的复杂性使得ROS可以在细胞内和细...

肝肠轴——看不见的Crosstalk文献导读肠道菌群是指存在于宿主肠道内的微生物，它参与了宿主多种重要的生理作用，如影响机体的营养代谢、调节机体免疫系统的发育与成熟及抗菌作用，因此肠道菌群又被人称之为"被遗忘的器官"。随着科学技术的发展，人们逐渐意识到到肠道菌群与全身各个系统的疾病的发生发展都存在着密切的关联，从而提出一些像"肠脑轴"和"肠肝轴"等名词。背景介绍肠道微生物组

一图读懂从江香猪 CM 仔猪（中国本土品种）比商品化杂交 LY 仔猪更能抵抗早期断奶应激引起的腹泻。在早期断奶前通过口服给药将健康 CM 中的粪便微生物群转移到 LY 仔猪中，从而产生抗腹泻作用。通过比较生理盐水和微生物转移 LY 仔猪肠道微生物群的相对丰度，鉴定并验证了L. gasseri LA39, L. frumenti是介导腹泻抗性的两种细菌种类。抗腹泻依赖于细菌分泌环肽 ...

写在前面：本文阅读需要花费17分钟，篇幅较长，但是干货满满。为满足不同读者需求，想了解文章重点，请点击“一图读懂”，想了解文章中实验技术路线和图文精析，请继续往下看（PS：想做好科研，没有捷径）文章截图文献导读缩短猪的屠宰周期和提高母猪繁殖性能的早期断奶策略已普遍应用于养猪生产过程中，然而，早期断奶引起的应激经常会导致仔猪腹泻，会增加仔猪的死亡率和降低生长性能。因此，寻找抗生素替代品...

综述 | 胆汁酸-肠道菌群在肠道炎症和肿瘤生成中的生理学机制导读胃肠道癌症的发病机制涉及到广泛且复杂的基因-环境相互作用。人类胃肠道中寄居着种类多样的共生细菌以及其它微生物，统称为微生物区系。宿主的基因组和微生物的基因组共同产生各种各样的代谢物，可以作为重要的信号分子和能量物质。这些动态集合的小分子代谢物，也称为代谢组， 与宿主的互作可调控免疫系统，代谢表型，增加罹患各种疾病的风险以及影响...

由膳食纤维选择性促进的肠道细菌缓解二型糖尿病文献导读肠道微生物群通过碳水化合物发酵产生短链脂肪酸（SCFA）而使人受益，并且SCFA产生缺陷与2型糖尿病（T2DM）相关。研究人员进行了一项随机临床研究，特别设计了等能量饲料，与粪便霰粒细胞宏观基因组学一起，显示一组选定的产SCFA菌株被膳食纤维所促进，并且大多数其他潜在的SCFA产生菌在T2DM患者中减少或未改变。当纤维介导的SCFA产...

通过生物工程技术提高水稻胚乳营养价值进而改善人体健康文献导读通过生物工程技术提高水稻胚乳营养价值，进而改善人体健康文献介绍英文标题：From Golden Rice to aSTARice: Bioengineering Astaxanthin Biosynthesis in Rice Endosperm中文标题：从黄金大米到赤晶米：水稻胚乳中虾青素的生物合成期刊：Molec...

胆汁酸在健康和疾病患者中与糖代谢的关系文献导读胆汁酸是一种两性分子（有亲水性的也有疏水性的），可以形成一种微团（Micelle），促进肠道中营养物质、脂质及亲脂性维生素的吸收、乳化和转运。最近，胆汁酸也被报道可以作为一种信号分子，参与多效应生理生化反应，比如葡萄糖和能量代谢。胆汁酸的产生和分泌可以参考我以前的分享[1]，此处不再赘述。文献简介原标题：Bile acids in glu...

title: 回归专题-1 | 线线性回归基础导读① 线性回归（又称线性模型），通过一个或者多个预测变量（X）来预测定量结局变量（Y）[1]。② 目标是建立一个数学公式，将y定义为x变量的函数。统计模型一旦建立，就可以通过对新加入的变量进行预测。③ 回归模型的建立，需要评估估计模型的性能。也就是说，需要知道通过回归模型预测新加入的变量的准确性如何，准确性越高，说明该模型的构建是成功的。...

Cell：人体内菌群如何进化适应宿主环境？（综述）文献导读目前，已经有很多研究使用宏基因组技术描述微生物组在不同选择压力下所经历的菌群水平变化. 但了解菌群在这样的系统中如何进化也很重要。因此，需要考虑的是：菌群在多大程度上以特定宿主的方式进化，包括外源物质和宿主饮食等许多因素都可能使个体具有独特的选择压力，表现为特定于个体的突变特征。文献介绍英文标题： Multiscale Evo...

患者接受抗生素治疗之前，请先复制保存一份你的粪便样本！文献导读：抗生素在患者中的使用可能会导致人肠道中长期定殖的细菌发生改变。由于肠道菌群的改变会增加一些疾病患病的风险，因此抗生素治疗都可能是短期收益与长期风险之间的一场博弈。文献介绍英文标题: Reconstitution of the gut microbiota of antibiotic-treated patients ...

哺乳动物肠道微生物群的传播模式文献导读所有哺乳动物与细菌相关，影响宿主的消化，免疫和神经内分泌。然而，微生物群内特定细菌谱系在宿主之间传播的途径仍然知之甚小。在过去，生命进化的研究只集中在基因从父辈到子辈之间，即垂直向上传递。这一过程对于地质历史时期生命之树的发展与分化起到了非常重要的作用。再垂直的基因转移中，每个新物种全部的基因材料都源自于一个共同单一的祖先。但在横向的基因转移中，新物...

生命早期为何影响终生菌群构建及疾病易感性文献导读在出生前，肠道缺乏活菌。一旦胎膜破裂，新生儿的体表暴露于环境细菌下， 在出生后早期，微生物群表现出较高的个体间差异和较低的多样性，并受到母体接触和环境的强烈影响。持续的环境暴露稳步增加多样性，最终导致一个成熟和相对稳定的微生物群。最近的研究表明，出生后期和婴儿早期是免疫细胞成熟和稳态的一个特别重要的时间窗口。在这些研究中，出生后早期接触微生物对...

植物无性繁殖你知多少？文献导读：为植物无性繁殖表型变异提供了一种新的遗传解释文献介绍英文标题：Partial maintenance of organ-specific epigenetic marks during plant asexual reproduction leads to heritable phenotypic variation中文标题：在植物无性繁殖期间部分...

粪菌移植到底是谁在起作用？文献导读“粪菌移植”（Fecal microbiota transplantation，FMT），其定义是，将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗。在国际合作组对此词进行统一之前，也被少数人称为Fecal transplantation、Fecal bacteriotherapy和Intestinal micro...