deepgener的博客

植物无性繁殖你知多少？文献导读：为植物无性繁殖表型变异提供了一种新的遗传解释文献介绍英文标题：Partial maintenance of organ-specific epigenetic marks during plant asexual reproduction leads to heritable phenotypic variation中文标题：在植物无性繁殖期间部分...

结肠细胞代谢如何塑造肠道菌群文献导读微生物组是宿主抵御病原菌的关键屏障，这主要是通过肠道菌群，结肠细胞和免疫细胞之间的交互作用实现的。结肠细胞和肠道菌群处于互利共生关系，一般情况下不会产生炎症反应，如果这种互利共生关系被打破，一些潜在的致病菌，如肠杆菌科中的一些细菌则会在肠道中兴风作浪–这就是我们所谓的肠道生态失衡。参考文献信息英文标题：Colonocyte metabolis...

一图读懂从江香猪 CM 仔猪（中国本土品种）比商品化杂交 LY 仔猪更能抵抗早期断奶应激引起的腹泻。在早期断奶前通过口服给药将健康 CM 中的粪便微生物群转移到 LY 仔猪中，从而产生抗腹泻作用。通过比较生理盐水和微生物转移 LY 仔猪肠道微生物群的相对丰度，鉴定并验证了L. gasseri LA39, L. frumenti是介导腹泻抗性的两种细菌种类。抗腹泻依赖于细菌分泌环肽 ...

微生物来源的乳酸促进肠干细胞介导的上皮细胞发育文章截图，图片来源：参考[1]导读肠道干细胞位于肠黏膜隐窝基底部，即基底隐窝是肠道干细胞的细胞库。正常情况下，位于隐窝基底部的肠道干细胞不断向隐窝顶部(肠腔方向)迁移，整个迁移过程大约3-5d，在迁移过程中肠道干细胞分化形成不同的肠黏膜细胞。————引用自《百度百科》[1]前段时间南京农业大学-动物医学院的庾庆华教授在《Cell Deat...

母乳喂养，有助婴儿身心健康文献导读母乳喂养指用母亲的乳汁喂养婴儿的方式。研究表明，用母乳喂养的婴儿在免疫力、智力、婴儿猝死症的发生、儿童期肥胖、过敏性疾病等方面似乎更健康。越来越多的证据证明母乳喂养对儿童健康有益，这方面的研究也在持续增加，也有不少关于母乳喂养能够预防肥胖、糖尿病，使宝宝更聪明的研究报道。然而，由于种种原因，还是会有不少妈妈无法保证一直纯母乳喂养，只能选择婴儿配方奶粉。...

炎症性肠病和肠易激综合征肠道微生物组组成及功能变化文献导读炎症性肠病是一组特定的肠道慢性疾病的统称，主要包括克罗恩病和溃疡性结肠炎—维基百科肠易激综合征是一组持续或间歇发作，以腹痛，腹胀，排便习惯或大便性状改变为临床表现，而缺乏胃肠道结构和生化异常的肠道功能紊乱性疾病—百度百科文献信息英文标题：Gut Microbiota composition and functional ...

宏基因组数据分析专题之展望与数据质控导读宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）是以特定环境下的微生物群落作为研究对象，对该样品中所包含的全部微生物总的DNA进行测序从而使人类可以研究微生物种群结构、物种分类，系统进化，基因功能活性、微生物之间以及微生物与环境之间的互作关系。因此，一定程度上来说，宏基因组测序摆脱了微生物分离纯培养的束缚，为环境微生物群落的研究提供了...

细菌分子靶向病毒DNA文献导读为了享受美丽的环境，从苏格兰山坡到热带丛林中，我们可能需要抵御常驻害虫。如果害虫种类多，最好采取广谱防御策略（如喷洒驱虫剂）。除了拥有大量针对特定病毒的更具体的防御之外，细菌可以使用一般防御手段来对抗它们的病毒捕食者。Kronheim et al曾在nature上报导了一种抗病毒防御系统，该系统可以保护一种以上的细菌种类。这些发现可能对我们理解细菌和病毒如何...

道高一尺，魔高一丈之细菌耐药性文献导读抗细菌药是一类用于抑制细菌生长或杀死细菌的药物。在不引起歧义的情况下，抗细菌药也可简称为“抗菌药”，其中包括抗生素。它是由微生物（包括细菌、真菌、放线菌属等）所产生的具有抑制其它微生物生长、生存的次级代谢产物，以及人工化学方法合成或半合成的类似化合物。自1940年青霉素被首次发现以来，抗生素的种类已达几千种，在临床上常用的亦有几百种。它不仅能杀灭细菌，而...

肠球菌如何在哺乳动物肠道中定植导读肠道菌可以定植在哺乳动物的胃肠道(GIT)中，通常与宿主健康关联。但是肠球菌也会引起宿主的一些疾病。另外，肠球菌因为其固有的和可获得的抗生素抗性，所以在用抗生素治疗期间也可以进行增殖，导致其传播产生疾病。认识到能够在GIT中定植是肠球菌感染的先决条件，引起了研究人员利用肠球菌来研究生态位定植的机制的兴趣。本综述讨论了最近研究的一些主要发现，用于了解肠球菌...

使用细胞热移位测定法鉴定嘌呤核苷磷酸化酶作为奎宁的靶标文献导读：细胞热转变分析实验（CETSA）最初是为了帮助抗癌药物靶向研究而开发出来的方法，它是第一种广泛应用无标签方法来研究药物靶向完整细胞的方法。这项技术是根据热展开蛋白在细胞中迅速沉淀后通过监测heat challenge后剩余的可溶性蛋白来测量融化曲线的。这与使用纯化蛋白的经典热转移实验类似，配体结合通常导致蛋白稳定和熔融温度（tm...

肺肠轴——看不见的Crosstalk文献导读肠道菌群是指存在于宿主肠道内的微生物，它参与了宿主多种重要的生理作用，如影响机体的营养代谢、调节机体免疫系统的发育与成熟及抗菌作用，因此肠道菌群又被人称之为"被遗忘的器官"。随着科学技术的发展，人们逐渐意识到到肠道菌群与全身各个系统的疾病的发生发展都存在着密切的关联，从而提出一些像"肠脑轴"，"肠肝轴"和"肺肠轴&q

肝肠轴——看不见的Crosstalk文献导读肠道菌群是指存在于宿主肠道内的微生物，它参与了宿主多种重要的生理作用，如影响机体的营养代谢、调节机体免疫系统的发育与成熟及抗菌作用，因此肠道菌群又被人称之为"被遗忘的器官"。随着科学技术的发展，人们逐渐意识到到肠道菌群与全身各个系统的疾病的发生发展都存在着密切的关联，从而提出一些像"肠脑轴"和"肠肝轴"等名词。背景介绍肠道微生物组

肠道微生物组相互作用的规则文献导读在人类中，生态位特异性胃肠道微生物组影响益生菌微生物的定植成功。使用预扰动自体粪菌移植可以使抗微生物扰动后的微生物组合成功最容易。文献信息英文标题：Rules of engagement in the gut micro biome中文标题：肠道微生物组相互作用的规则作者信息：Elze Rackaityte(第一作者）Susan V. Ly...

Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染文献导读与16S rRNA测序相比，使用鸟枪法宏基因组测序不仅可以更加深入地了解样本中微生物的分类和功能，也可以避免PCR扩增带来的偏差。然而，对于来源于真核宿主的样本来说，宿主DNA的污染不可避免。因此，使用鸟枪法进行微生物宏基因组测序时，测序深度往往会受到很大影响。如果能在测序之前去除样本中的宿主DNA，使用鸟枪法对...

CFTR调节Ivacaftor对肠道微生物和肠道炎症的影响文献导读囊性纤维化 (Cystic fibrosis, CF) 是一种可明显缩短患者寿命的遗传性疾病。导致短寿的原因主要是因为该病患者体内的肺、小肠、胰腺导管、汗腺以及生殖腺上皮细胞的一种氯离子通道——囊性纤维化跨膜传导调节因子 (cystic fibrosis transmembrane conductance regulat...

文献导读FER是CrRLK1L受体激酶家族的一个成员，最初被报道参与植物花粉管的伸长。后续报道FER具有一因多效的功能，参与细胞内的一系列反应。其中，FER也是RALF (RAPID ALKALINIZATIONFACTOR)这个多肽的受体。FER突变体fer-4与过表达RALF22或者RALF23具有相似的表型，均表现出植株生长受阻，对盐胁迫表现超敏。LRXs是一类细胞壁蛋白，在N端富含亮...

文献导读开花植物在受精以后如何调控胚胎的发育以及阻止植物在受精前就启动发育程序的相关分子机制目前还不清楚。在前人报道过的MiMe(有丝分裂取代减数分裂)系统中通过CRISPR–Cas9敲除3个减数分裂相关基因REC8, PAIR1 andOSD1可以获得无融合的二倍体的雄配子和雌配子（见图1）。而作者在之前的研究中发现在雌配子中异位表达来自于雄配子的BBM1基因可以促进雌配子不经过受精作用就...

生命早期为何影响终生菌群构建及疾病易感性文献导读在出生前，肠道缺乏活菌。一旦胎膜破裂，新生儿的体表暴露于环境细菌下， 在出生后早期，微生物群表现出较高的个体间差异和较低的多样性，并受到母体接触和环境的强烈影响。持续的环境暴露稳步增加多样性，最终导致一个成熟和相对稳定的微生物群。最近的研究表明，出生后期和婴儿早期是免疫细胞成熟和稳态的一个特别重要的时间窗口。在这些研究中，出生后早期接触微生物对...

哺乳动物肠道微生物群的传播模式文献导读所有哺乳动物与细菌相关，影响宿主的消化，免疫和神经内分泌。然而，微生物群内特定细菌谱系在宿主之间传播的途径仍然知之甚小。在过去，生命进化的研究只集中在基因从父辈到子辈之间，即垂直向上传递。这一过程对于地质历史时期生命之树的发展与分化起到了非常重要的作用。再垂直的基因转移中，每个新物种全部的基因材料都源自于一个共同单一的祖先。但在横向的基因转移中，新物...

患者接受抗生素治疗之前，请先复制保存一份你的粪便样本！文献导读：抗生素在患者中的使用可能会导致人肠道中长期定殖的细菌发生改变。由于肠道菌群的改变会增加一些疾病患病的风险，因此抗生素治疗都可能是短期收益与长期风险之间的一场博弈。文献介绍英文标题: Reconstitution of the gut microbiota of antibiotic-treated patients ...

胆汁酸在健康和疾病患者中与糖代谢的关系文献导读胆汁酸是一种两性分子（有亲水性的也有疏水性的），可以形成一种微团（Micelle），促进肠道中营养物质、脂质及亲脂性维生素的吸收、乳化和转运。最近，胆汁酸也被报道可以作为一种信号分子，参与多效应生理生化反应，比如葡萄糖和能量代谢。胆汁酸的产生和分泌可以参考我以前的分享[1]，此处不再赘述。文献简介原标题：Bile acids in glu...

预防I型糖尿病，从婴儿时期肠道菌群出发文献导读人肠道菌群会随着年龄、饮食，用药等因素变化而发生改变。目前，人类从出生到老年这一阶段的肠道菌群的动态变化仍缺乏清晰认识。婴儿期到儿童期这个时期被认为是人肠道菌群形成的关键阶段。此外，这一阶段的微生物和免疫之间的互作被认为是与后期多种疾病相关，特别是胰岛自身免疫（IA）或I型糖尿病（T1D）。文献简介英文标题: The human g...

通过生物工程技术提高水稻胚乳营养价值进而改善人体健康文献导读通过生物工程技术提高水稻胚乳营养价值，进而改善人体健康文献介绍英文标题：From Golden Rice to aSTARice: Bioengineering Astaxanthin Biosynthesis in Rice Endosperm中文标题：从黄金大米到赤晶米：水稻胚乳中虾青素的生物合成期刊：Molec...

由膳食纤维选择性促进的肠道细菌缓解二型糖尿病文献导读肠道微生物群通过碳水化合物发酵产生短链脂肪酸（SCFA）而使人受益，并且SCFA产生缺陷与2型糖尿病（T2DM）相关。研究人员进行了一项随机临床研究，特别设计了等能量饲料，与粪便霰粒细胞宏观基因组学一起，显示一组选定的产SCFA菌株被膳食纤维所促进，并且大多数其他潜在的SCFA产生菌在T2DM患者中减少或未改变。当纤维介导的SCFA产...

标题：细菌性脲酶引起克罗恩病患者的肠道菌群失调导读肠道菌群组成受到很多环境因素（内外环境）的影响，如饮食、抗生素使用、肠道炎症及致病菌的侵入等；术语’dysbiosis’指的是与宿主疾病状态相关的微生物组成发生改变，也叫肠道菌群失调；一个患有IBD (溃疡性结肠炎或者克罗恩病)的病人的肠道菌群特征通常是变形菌门的菌丰度普遍更高。尽管肠道炎症可以导致肠道菌群组成发生改变，但是反过来...

从肠道菌群”看“癌症导读人类肠道是一个庞大而多样的微生物群落的家园, 由大约1000种细菌组成。肠道菌群与其宿主存在共生关系, 在宿主的营养, 免疫, 代谢中起决定性作用。越来越多的研究揭示了肠道生态失调或一些特殊细菌与各种癌症之间的关联。本文将从三方面讨论：（1）肠道菌群如何诱发癌症（2）粪菌移植（FMT）如何潜在治疗癌症（3）FMT应用在癌症上的安全性一图看懂（1）肠道菌群如何诱...

深度解析肠道菌群与肥胖文章导读肥胖导致的患病率在过去几十年中以惊人的速度增长，据估计，全球超过44%人口超重，超过3亿人受到病态肥胖的影响。肥胖是多种疾病共存的主要危险因素，包括Ⅱ型糖尿病、非酒精性脂肪肝和缺血性心血管疾病。因此，肥胖流行对人预期寿命，生活质量和保健费用有着深远的影响。那么到底是什么导致了肥胖在不超过一代人里迅速增长呢？本文是转化医学大奖得主Christoph A. T...

利用工程设计的脱落酸受体控制植物用水文献导读时至今日，全球气温变暖和淡水资源的贫乏严重制约了农业生产。因此开发出节水型作物，进而提高农业用水利用率，具有非常重要的现实作用。ABA是一种植物激素,在水缺乏时，其受体感受到ABA信号通过控制叶片气孔的闭合，减少植物的蒸腾作用流失的水分，可以提高作物的耐逆性。作者认为可以通过改造ABA的受体，使其感受到农用化学品如双炔酰菌胺（广泛用于防治大多数卵菌...

文献导读在我们以前的认知里，线粒体遗传一般都是母系遗传。通常个体只含有一种mtDNA基因型（源于母亲），所有的线粒体基因组在遗传上大致相同（同质性）。 然而，在许多线粒体疾病中，正常和突变的母体等位基因共存，这被称为异质性。一个携带有低水平异质性线粒体基因组，临床上没有任何症状的女性，可能把她的致病基因传递给她的后代，导致严重的线粒体功能基因组紊乱和病症。例如当一个人线粒体基因组 m.8993T...

标题：微生物组学研究的机遇与挑战导读在过去的几年中，微生物组的研究大大地改变了我们对人类生物学的理解。人体内存在着数以万亿计的微生物，远高于人体细胞的数目，这些微生物对人体健康不可或缺。随着微生物组学研究的深入，人们逐渐了解微生物如何介导消化和疾病过程到发现与癌症，帕金森氏症，自闭症和抑郁症相关的新观点。微生物组学研究的兴起，似乎为人类对疾病的认知打开了另一扇大门。虽然微生物组学研究火热...

人体微生物组和幼儿成长—前1000天及以后文献导读早期胃肠道内微生物组在免疫，内分泌，代谢和其他宿主发育途径中起关键作用，在早期发育阶段的不利环境，例如食物来源，病原菌的感染和抗生素的使用都有可能破坏这种最佳的微生物生态演替，从而导致生长和发育在整个生命过程和世代之间产生缺陷。在这里研究者评述了人类微生物组在生命前1000天的动态变化。研究者使用生长模型来描述从受孕到2岁为止过程中微生...

基于全球人类肠道微生物组的细菌胆盐水解酶 (BSH) 基因的分类特征和种群模式文献导读BA （胆汁酸）由肝细胞中的胆固醇合成，之后进一步与氨基酸甘氨酸或牛磺酸结合形成胆盐并转移至肠道。此外，去结合的胆汁酸充当信号分子促进GLP-1的分泌，激活多种受体和影响不同的代谢物过程导致各种疾病。鉴于肠道微生物群在胆汁酸代谢中的重要作用，且胆盐水解酶（BSH）在胆汁酸介导的信号通路中也发挥重要作用，如...