freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍

已于 2023-02-19 12:10:10 修改
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分类专栏： FreeSurfer学习 文章标签： 功能脑图谱 人工智能
于 2022-03-14 00:15:00 首次发布
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版权
本文介绍了Freesurfer的安装、结构像分割流程及批处理代码，重点解析了分割输出结果，包括scripts、mri、suef、label和stats文件夹的内容，特别是stats文件中关于皮层厚度、曲率等形态学信息的详细说明。通过aparcstats2table工具可提取形态学数据进行后续分析。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍

在这里插入图片描述

freesurfer的安装

freesurfer的安装详见：freesurfer的安装指南

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码见： freesurfer批处理代码

主要有以下几个步骤：

在这里插入图片描述

freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍

export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w
</
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freesurfer指令介绍一：mri_vol2label、mri_vol2roi、mri_extract_label、mri_vol2vol
AliceMeng20的博客
09-03 480
这个命令从分割文件aseg.mgz中提取出标签值为17的区域（例如左海马），并生成一个二值化的体积图像hippocampus_label.mgz，其中左海马区域的像素值为1，其他区域的像素值为0。上面的命令从aseg.mgz（自动分割的结构图像）中提取ID为17的区域（如左侧海马），并将其保存为标签文件lh.hippocampus.label。这个命令使用aseg.mgz标签图像，从T1.mgz体积图像中提取出海马区域，并将其保存为hippocampus_roi.mgz。–id：感兴趣区域的ID或值。
freesurfer输出结果查看
xxx
09-16 2017
freesurfer输出结果查看
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04-08 1286
recon-all.log日志文件：可以打开看文档最下面的运行结果，检查看程序运行上是否报错。lh.pial：lh表示左脑，表示该病人根据其软脑膜勾勒出来的脑皮层模型。lh.area.fsaverage.mgh：灰质平均层所代表的面积。后缀为.catb:颜色表格，用来给.annot上色的。-gtmse.mgz.log:皮质下结构分割的。所有的模型信息都必须放在.fsgd后缀的文件中。lh.white：根据灰白质的交接绘制出来的。lh.area.pial：软脑膜层。lh.area.fwhm0：平滑。
freesurfer入门-试图理解freesurfer输出的数据
weixin_38878828的博客
07-22 2697
新手入门freesurfer尝试读懂输出的数据,目前就找到这些,之后有了新的理解或者找到了新的数据的说明再继续补充好了
基于FreeSurfer的海马亚区分割
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06-08 2488
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
freesurfer reconall结果文件介绍
KaSuo幻影的博客
08-24 2139
freeview -v \ good_output/mri/T1.mgz \ good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh..
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freesurfer对结构像分割流程及批处理代码
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-21 3404
#!/bin/bash export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w T1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata #以下是所有步骤一起跑，list被试的文件名。 for subj in `ls $T1wdata` do recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcache do
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准备好待处理的功能磁共振成像 (fMRI) 或结构性磁共振成像 (sMRI) 数据文件。通常这些文件应为 DICOM (.dcm) 或 NIfTI (.nii/.nii.gz) 格式。如果原始数据为 DICOM 文件，则可以先将其转换为 NIfTI 格式以简化后续...
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