freesurfer对结构像分割流程及批处理代码

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已于 2022-03-11 15:24:32 修改

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分类专栏： FreeSurfer学习文章标签： freesurfer recon-all 结构像分割

于 2021-10-21 22:10:57 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/xj4math/article/details/120896017

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本文详细介绍了FreeSurfer软件在结构像分割中的应用，包括使用freesurfer进行结构像分割的流程，重点展示了批处理代码的核心命令`recon-all`，并提供了如何并行运行该命令以提高效率的方法。

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码

概述
freesurfer对结构像分割流程
freesurfer批处理代码
recon-all 并行运行

概述

FreeSurfer 是一个能够分析结构 MRI 图像的软件。换句话说，您可以使用 FreeSurfer 来量化大脑特定区域的灰质和白质的数量。您还可以计算不同组织类型的皮层厚度、曲率和灰质体积，表面积等测量值。

freesurfer对结构像分割流程

下面给出freesurfer批处理流程：
在这里插入图片描述

freesurfer批处理代码

下面给出批处理代码，核心命令recon-all.

#!/bin/bash

export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w
T1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata

#以下是所有步骤一起跑，list被试的文件名。
for subj in `ls $T1wdata`
do
       	recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcache
done

recon-all命令详解：