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RSS订阅原创 freesurfer指令介绍二：Freeview
Freeview 是一个程序，用于查看和处理矢状面、冠状面和轴向面以及 3D 的结构、解剖扫描。该模块既可以使用程序化界面（https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeviewGuide/FreeviewGeneralUsage/FreeviewInterface），也可以使用指令运行。这里加载结构像orig.mgz，以及脑区分割文件aseg.mgz，随后使用look-up table格式显示，然后左半球灰质使用黄色显示。
2024-11-25 20:46:20
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原创 条形图介绍
*条形图（Bar Chart）是一种非常常见的数据可视化工具，主要用于比较不同类别或分组的数值大小。它适合展示类别型数据（也称为分类数据）或离散数据，尤其是当你想要展示不同类别之间的对比时。条形图通过垂直或水平的条状图形展示数值，条的长度或高度表示数值的大小。
2024-09-24 11:43:08
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原创 mlab: 几种colormap的介绍
nipy_spectral: 从紫色到红色到黄色到绿色的渐变，适合表示对称分布的数据，如气候数据中的变化。Spectral: 从紫色到红色到黄色到绿色的渐变，适合表示对称分布的数据，如地理数据中的气候变化。spectral: 从紫色到红色到黄色到绿色的渐变，适合表示对称分布的数据，如地理数据中的气候变化。gist_stern: 从深蓝色到绿色的渐变，适合表示从低到高的数据，如地理数据中的温度变化。PuBuGn: 从浅紫色到绿色的渐变，适合表示从低到高的数据，如地理数据中的气候变化。
2024-09-07 16:57:01
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原创 freesurfer指令介绍一：mri_vol2label、mri_vol2roi、mri_extract_label、mri_vol2vol
这个命令从分割文件aseg.mgz中提取出标签值为17的区域（例如左海马），并生成一个二值化的体积图像hippocampus_label.mgz，其中左海马区域的像素值为1，其他区域的像素值为0。上面的命令从aseg.mgz（自动分割的结构图像）中提取ID为17的区域（如左侧海马），并将其保存为标签文件lh.hippocampus.label。这个命令使用aseg.mgz标签图像，从T1.mgz体积图像中提取出海马区域，并将其保存为hippocampus_roi.mgz。–id：感兴趣区域的ID或值。
2024-09-03 22:06:42
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原创 freesurfer分割流程——recon-all 二 Scripts文件夹介绍
运行完recaon-all以后，如果发现终端输出报错或者显示警告，首先我们应该检查日志scripts文件夹下面的recon-all.log文件，看出错位置，解决问题。如果看到finished without error，该被试成功跑完了所有步骤。
2024-08-23 10:04:24
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原创 freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍
recon命令-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputpath{output_dir}下。
2024-08-23 09:58:28
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原创 freesurfer海马分为前、中、后海马
使用上一篇文章中提到的freesurfer自动分割流程分割海马，对于freesurfer7 使用segmentHA_T1.sh指令进行海马亚区的分割，对于T2图像也有对应指令，但是也有像我这种版本较低的情况，我使用的是freesurfer6，因此我使用的是freesurfer提供的一个较老的方法，利用的是recon-all的指令提供的一个选项，具体实现方法请参考上一篇文章。freesurfer的安装以及之前的处理流程这里不再详细解释，如果需要了解，请参考之前的文章或者freesurfer官网。
2024-08-22 16:14:30
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原创 freesurfer进行海马海马亚区分割
少数freesurfer模块需要使用matlab runtime package（MCR），可以不用安装matlab，使用freesurfer指令fs_install_mcr安装MCR就可以。但是我这里显示没有segmentHA_T1.sh指令，我使用了freesurfer官网提供的一个分割方法。对于freesurfer7，需要安装 MCR 8.4 (R2014b)，运行。对于freesurfer6，需要安装 MCR 8.0(R2012b) ，运行。考虑到参考目录的问题，可以运行指令，指定运行目录。
2024-08-21 16:23:32
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原创 origin 2021如何import数据：以excel为例
打开origin软件，在菜单栏>>Data>>Import from file>>Excel （也可选择自己使用的文件类型）如果没找到想要的数据类型怎么办？比如我之前没有excel选项，在Import from file栏中找到add/remove file types选项，点击，在进去的界面中选择想要的文件类型导入到菜单栏（→），然后OK即可。
2024-07-24 15:24:43
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原创 CAT12图像分割报错：错误使用 spm_slice_vol Cant open image file.
在使用CAT12跑图像分割时，报错：错误使用 spm_slice_vol Cant open image file.
2024-05-29 15:30:08
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空空如也
有限元对脑slice二维建模
2022-07-06
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