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RSS订阅原创 freesurfer全过程梳理
free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。
2024-03-13 21:02:52
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原创 freesurfer形态学指标解析
autorecon1//自动化流程1，阶段1-5，预处理阶段-autorecon2//自动化流程2，阶段6-23，分割阶段-autorecon3//自动化流程3，阶段24-21，-----以下是大致的处理流程（详情看参考文件）①首先需要将文件按照层级结构进行整理，每一个被试以被试名为文件夹的名称，将T1文件放在被试ID命名的文件夹下。②recon-all一共包含31阶段，分为3个自动处理流程，可以通过命令进行选择，详细的描述过程请参见参考资料中的链接，在这里不进行描述。
2024-03-05 10:21:09
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原创 nii文件的质控QC/QA
②dwi图像：Ⅰ特别好Ⅱ可接受（10帧以内大幅度头动，在后续统计处理环节删掉）Ⅲ不可接受（超过10帧大幅度头动）原则：除了那些特别差的，其他的都可以跑出来看看，例如T1有些能跑出来分割配准，只是跑皮层重建不行。①fMRI图像：Ⅰ特别好Ⅱ可接受（volume水平不错，皮层重建慎重）Ⅲ不可接受（放弃）③T1图像：Ⅰ特别好Ⅱ可接受（轻微水波纹）Ⅲ不可接受（扫描不全，水波纹太差，对比度低）判断标准：①肉眼看，头动影响、是否扫全②头动指标：头动影响③可要可不要的先留下。（头动的体现-帧与帧之间的位移）
2024-02-27 10:20:22
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空空如也
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