Linux Freesurfer脑数据分割

最新推荐文章于 2025-05-21 13:48:53 发布

evanna-y

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分类专栏： linux

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/sudakuang/article/details/80848472

本文介绍了在Linux系统中使用Freesurfer进行脑数据分割的步骤，包括环境变量设置、测试例程、解决权限问题、去脑壳操作以及遇到的错误和解决方案。通过批处理脚本和归一化处理，实现对大脑数据的有效预处理。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1. 安装见官网

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall

注意每次使用之前都要设置环境变量

## bash
$> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
$> source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

一劳永逸在/bashrc中设置也可以，我选择每次都设置，没有原因

2. 测试例程

$ cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz .
$> mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz
...
reading from sample-001.mgz...
TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
i_ras = (-0, -1, -0)
j_ras = (-0, 0, -1)
k_ras = (-1, 0, 0)
writing to sample-001.nii.gz...