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要获取NIfTI文件中特定区域（如Desikan-Killiany或Schaefer 2018）的MNI坐标，您通常需要执行以下步骤：加载NIfTI文件：使用适当的工具（如NiBabel或其他NIfTI文件加载库）加载您的NIfTI文件。获取区域标签/标签图：对于Desikan-Killiany或Schaefer 2018，您需要获取相应的区域标签图像。这些图像通常是包含整个大脑的3D标签图，其中每个区域都有一个唯一的整数值。

人类连接组计划多模态脑区细分图谱（HCP-MMP）提供了对人类大脑皮层区域的非常有用的细分（Glasser et al. 2016a, b）。图谱是多模态的，因为每个区域都是根据四个标准的组合定义的，包括结构（T1加权/T2加权髓鞘含量和皮层厚度图）、静息态功能连接、基于任务的激活和拓扑地形组织。HCP-MMP v1.0图谱包含每个半球180个皮层区域，基于210名参与者的分析。

一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。MCR版本要求如下。注意如果安装不成功，请切换到 root 用户下。

freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍具体见：输出结果介绍。

原文链接：链接https://blog.youkuaiyun.com/zuzhiang/article/details/107562854

Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.05、Freesurfer7.1.1、MRtrix3、AFNI、ANTs的安装详解一、安装MRIcroN二、 FSL6.0.5完整安装与FSLeyes等Not Found修复Anaconda与虚拟环境（所有操作均在root下）获取最新版Anaconda3安装Anaconda3配置所有用户可用去掉恼人的base创建虚拟环境FSL与FSLeyes安装（所有操作均在root下)下载FSL安装FSL添加环境变量到/etc/bash.bashrc末尾 (ubuntu)或者

在可视化过程中，经常遇到Workbench自带的颜色不满足自己的需求，需要自定义自己的colorbar, 解决办法是制作一个新的label.gii文件即可解决。

大多数神经影像学研究的结果是在体积（例如，MNI152）或表面（例如，fsaverage）坐标系中报告的。体积坐标系和表面坐标系之间的准确映射可以促进许多应用，例如将 fMRI 组分析从 MNI152 投影到 fsaverage 以进行可视化或从 fsaverage 投影静息状态 fMRI 分区对 MNI152进行新数据的体积分析。Wu et al., 2018 评估了三种在 MNI152通过模拟上述应用的 Colin27 和 fsaverage 坐标系：将组平均数据从 MNI152/Colin27 投影到

如何使用freesurfer对T1w结构像进行分区指标的提取？——皮层面积，灰质体积，平均厚度，厚度标准差，平均曲率、高斯曲率、曲率指数、折叠指数

在跑freesurfer的过程中，我们需要检查日志文件夹recon-all.log 是否有 finished without error ，而有些exited with ERRORS，如果逐个打开每个被试文件夹Scripts的log日志检查，就显得工作量巨大。那么怎么才能提高我们的检查效率呢？因此我们可以查看日志内容的最后几行并将其重定向到一个文本文件中，只需检查重新定向的文本文件即可看哪些被试出错，哪些被试没错。...

论文里面我们经常看到2个指标的相关关系，如下图所示，那么怎么做置换检验，求出p值呢？其实原理很简单，就是旋转脑图的空间位置坐标，生成不同的脑图，然后再算相关关系，生成null model。spin的原理置换过程的示意图。 A) 作为说明，Desikan 地图集显示在原始空间（左上）和球面空间（右上）中。 每种颜色对应不同的区域。 球坐标被旋转（右中，右下）并投影回解剖表面（左中，左下）。 B）使用归一化互信息（NMI）估计原始分区和旋转分区之间的相似程度。 该统计数据的概率密度分布显示为 100

我们经常会遇到需要可视化网络，这就需要求感兴趣区域的三维空间的坐标，那到底怎么求呢？下面给出详细的代码？% Function to extract centroids of a cortical parcellation on the Freesurfer sphere. Runs on individual hemispheres.%% Requires read_surf.m and read_annotation.m functions, distributed with Freesurfe.

freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍freesurfer的安装freesurfer对结构像分割流程及批处理代码freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍scripts文件夹——存放日志文件mri文件夹——存放结构图像和分区模板图像suef文件夹——存储软脑膜表面，白质文件，把脑吹膨胀的软脑膜表面label文件——存储解剖模板，如DK模板和a2009模板stats文件——存储每个分区的灰质体积，皮层厚度，曲率等形态学信息皮层厚度曲率freesurfer的安装freesurf

使用 ANTs 进行 MRI 图像配准——安装，配准详细解答一、为什么要进行配准？二、使用 ANTs 进行配准（1）使用 ANTs 进行结构像配准(2）使用 ANTs 进行功能像配准ANTs软件的安装：ANTs安装一、为什么要进行配准？由于不同个体的大脑形态不同，为了比较不同个体在大脑结构和功能上的差异，需要先将不同个体配准到一个标准大脑模板上。配准的过程就对个体大脑图像进行变形，使得个体大脑与模板图像尽可能一致。在配准过程中不同个体大脑如何变得一致，同时又保留个体原有的差异？这是我一直没有理解的问题

#!/bin/bashexport SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1wT1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata#以下是所有步骤一起跑，list被试的文件名。for subj in `ls $T1wdata`do recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcachedo

本文是Ubuntu18.04系统上安装最新版的Freesurfer软件。以下是所有安装流程。安装过程——下载，解压freesurf，注册license文件Step1: 下载Freesurfer，该软件提供两种下载方式，第一种是直接去官网下载，地址为https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads.第二种就是在Ubuntu里使用命令下载：wget ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/free