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原创 灰质-白质组织对比（Gray-white matter tissue contrast，GWC）计算以及可视化
GWC是深层灰质与浅表白质（superficial white matter，SWM）之间T1加权信号强度的比值，已知髓鞘中的胆固醇是T1加权信号强度的主要影响因素，因此GWC大致反映了大脑皮层和浅表白质之间的髓鞘化差异。GWC代表灰白质交界处的模糊程度，较低的GWC表明灰质和白质交界处更相似和更模糊；较高的GWC表明灰白质分界更加清楚。据之前的研究报道，局灶性皮质发育不良、颞叶癫痫、帕金森病、强迫症、精神分裂症和自闭症谱系障碍中存在灰白质交界区GWC异常增高或降低。灰质信号强度和白质信号强度采集的示意图
2024-11-13 14:10:07
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原创 LGI-局部回旋指数的生成
局部Gyrification指数（lGI）的灵感来自经典的二维Gyrization指数（2D-GI，（Zilles等人，1988）），它是在二维冠状切片上描绘的脑软脑皮质总表面与大脑周长的比率。Freesurfer 中的方法（作为 -localGI 标志）基于 Marie Schaer 的“A Surface-based Approach to Quantify Local Cortical Gyrification”，该方法计算了整个皮质表面数千个点的局部回旋测量值（另见 HBM’07）。
2024-01-12 15:10:42
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原创 用freesurfer对扩散指标（FA，MD）进行VBA分析（基于体素的分析）-dt_recon
bbregister（创建mask.nii和register.lta）使用 FSL 的 eddy_correct进行涡流和运动校正，创建 dwi-ec.nii。可能需要 1-2 小时。5.将 FA 映射到 talairach 空间（创建 fa-tal.nii）将输入转换为 nifti（创建 dwi.nii）
2024-01-12 14:57:48
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原创 R语言-配对T检验-配对连线图（Paried_line plots），也称为前后配对图（Before-after plots）
【代码】R语言-配对T检验-配对连线图（Paried_line plots），也称为前后配对图（Before-after plots）
2024-01-09 21:32:45
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原创 R语言-受限三样次条回归RCS-基于logistic
临床上，因变量和临床的结局有时候不是线性关系，而回归模型有一个重要的假设就是自变量和因变量呈线性关联，因此非线性关系模型用回归分析来拟合受到限制。因此，一个更好的解决方法是拟合自变量与因变量之间的非线性关系，限制性立方(Restricted cubic spline，RCS)就是分析非线性关系的最常见的方法之一。
2024-01-06 18:25:31
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原创 影像组学-Pyradiomics-特征提取-合并文件-自动t/wilcoxon检验并保存结果
【代码】影像组学-Pyradiomics-特征提取-合并文件-自动t/wilcoxon检验并保存结果。
2023-12-25 22:26:21
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原创 文献复现--freewater-DTI-单壳数据的自由水成像
文献链接：https://www.nature.com/articles/s41598-021-86505-7。
2023-08-25 19:22:54
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原创 影像组学文章复现：ITHscore：通过多尺度放射学特征全面定量NSCLC肿瘤内异质性 ----小细胞肺癌肿瘤异质性评分
目的：通过计算机断层扫描（CT）图像量化非小细胞肺癌（NSCLC）的肿瘤内异质性（ITH）。方法：整合局部辐射特征和全局像素分布模式，开发定量ITH测量-ITHscore。在六个患者队列（n = 1399）中检查ITHscore与肿瘤表型，基因型和患者预后的关联，以验证其在表征ITH方面的有效性。
2023-08-23 10:42:45
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原创 纯代码安装GPU版本的tensorflow
1.直接用命令安装cuda和cudnn 打开conda prompt conda create -n tensorflow python=自己的python版本号 conda install -c conda-forge cudatoolkit=11.2 cudnn=8.1.0 对应的tensorflow版本，cuda，cudnn python -m pip install tensorflow-gpu==2.10.0 -i Simple Index 可能需要安
2023-08-22 19:51:38
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原创 R语言 BPNN 反向传播神经网络
algorithm = “rprop+”,# algorithm：用于指定算法,"backpop"为传统B-P算法,"rprop+"或"rprop-“为弹性B-P算法,分别表示采用权重回溯或不回溯,不回溯将加速收敛(默认为"rprop+”)stepmax = 10000,# stepmax：同样用于指定迭代停止条件,当迭代次数达到指定次数(默认100000次)时迭代终止。err.fct = “sse”,# err.fct：用于指定损失函数L的形式,"sse"表示损失函数为误差平方,"ce"表示为交互熵。
2023-07-21 13:50:02
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原创 R语言---支持向量回归+绘制ROC
library(dplyr) #mutate依赖环境library(magrittr) #%>%依赖str(data) #查看变量性质#转换变量dataGroupdatadataGroupdata#dataGroup−asfactordataGroup)dataGroup−asnumericdataGroup)
2023-07-17 01:01:12
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原创 R语言-小提琴图
font.lab = 1, #加粗主标题的字体。font.lab的取值范围是1到4，分别对应普通、加粗、斜体和加粗斜体。font.axis = 1, #加粗坐标轴字体。cex.names = 1.2, #增大字体。
2023-07-17 00:58:02
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空空如也
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