FreeSurfer预处理结果文件含义

recon文件夹：

所有的预处理结果存放在recon中，recon含有所有被试的预处理结果，以及一个fsaverage的超链接文件夹，里面的文件是FreeSurfer的标准空间模板

 

在每个被试的预处理文件中有8个文件夹，主要关注前5个文件夹里面的内容

scripts文件夹：

记录了运行过程中的所有信息，可以直接看里面的recon-all.log文件，注意最后：finished without error

label文件夹：

• .ctab文件是颜色文件，指示了不同脑区的颜色表示（同一文件类型的不同文件是由不同地图产生的）
• .annot文件是地图文件，可以通过网页下载非freesufer指定的地图
• .label文件是组成.annot地图文件的单位，每一块不同颜色的脑区就是一个label文件

surf文件夹（freeview里面用load surface）：

• .pial文件是根据脑软膜重建出的皮层模型
• .white文件是根据白质灰质界面重建出的模型
• .inflated文件是膨胀成光滑脑的模型
• .area文件是皮层面积信息（.area.pial是灰质最外层的面积，.area是灰质平均层的面积）
• .fsaverage是将投到标准空间里的，没有.fsaverage的是在个体空间内的
• .fwhm是平滑后的结果（后面的数值指的是滤波器的宽度，越大越模糊，10-15的宽度处理后比较适合用于做统计分析）
• .thickness是皮层厚度
• .curv是曲率
• .sulc是沟的宽度
• .volume是体积

mri文件夹（freeview里面用load volume）：

• .mgz文件相当于.nii文件
• aparc是皮层分割
• aseg是皮层下分割（核团）

stats文件夹：

包含了可以直接使用的数据，可以直接用文本打开