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RSS订阅原创 Mac iterm2/ delete key doesn‘t work in vim
vim编译delete删除时出现^?,无法删除字符 各种寻医无果，尝遍百草之后找到解决方法 iterm3>profiles >edit profiles>keys>delete key sends ^H ☑️ 如下图，搞定
2021-01-08 22:12:39
702
原创 configure oh-my-zsh on server
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 备忘指南 configure oh-my-zsh(https://github.com/ohmyzsh/ohmyzsh)
2020-12-10 12:40:12
314
原创 c++编译pytorch layer
envs/py36/lib/python3.6/site-packages/correlation_cuda-0.0.0-py3.6-linux-x86_64.egg/correlation_cuda.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: _ZN6caffe26detail37_typeMetaDataInstance_preallocated_32E 这个错误查了好久…… 最后发现，要先import torch 再import co.
2020-05-19 23:58:34
1604
5
原创 gcc
For those who don't have root access and are in a conda environment, do this:conda install -c psi4 gcc-5
2020-05-16 21:47:00
288
原创 VScode连接Linux服务器
之前一直用pycharm，换了服务器一直装不上pycharm，郁闷之下换了vscode，真香。 配置稍微有点复杂，参见两篇博文 1。 在vscode上配置config，参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/64849549 2. 生成密钥加入到远程服务器，参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/46122014 这两篇写得很详细了，感谢！ ...
2020-05-13 21:22:34
1765
1
原创 tf编译pointnet2-master中sampling层
1 .\tf_ops\sampling\文件夹下 打开tf_sampling_compile.sh 修改几个参数 #/bin/bash /usr/local/cuda/bin/nvcc tf_sampling_g.cu -o tf_sampling_g.cu.o -c -O2 -DGOOGLE_CUDA=1 -x cu -Xcompiler -fPIC TF_ROOT=./venv/...
2019-10-16 22:11:59
1879
2
原创 python 二次规划（argmax）问题
求解argmax时用到二次规划，matlab中quadprog使用很简单，但是在python中这一类资料却很少，网上给出的大部分答案都是，但是对各个变量的说明几乎没有，我带入自己的变量时总是报错 def quadprog_solve_qp(P, q, G=None, h=None, A=None, b=None): qp_G = .5 * (P + P.T) # make s...
2019-10-13 21:35:12
1869
原创 安装特定版本的torch-linux
尝试运行https://github.com/jadore801120/attention-is-all-you-need-pytorch时出错，针对torch版本进行了修改。 torch官网上最新版本的torch支持的cuda最低版本为92，服务器上cuda版本为9.0，如果安装最新版的torch运行时会报错 The NVIDIA driver on your system is too...
2019-10-13 20:26:59
2520
原创 linux下安装多个python3.x
服务器上有3.5，但是需要3.6，3.5卸载了会导致别人的程序用不了，所以就打算再装一个3.6 sudo apt-get install software-properties-common sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/python-3.6 sudo apt-get update sudo apt-get install python3.6 ...
2019-09-25 16:43:18
1576
原创 Pytorch 使用 nii数据做输入数据
使用pix2pix-gan做医学图像合成的时候，如果把nii数据转成png格式会损失很多信息，以为png格式图像的灰度值有256阶，因此直接使用nii的医学图像做输入会更好一点。 但是Pythorch中的Dataloader是不能直接读取nii图像的，因此加一个CreateNiiDataset的类。 先来了解一下pytorch中读取数据的主要途径——Dataset类。在自己构建数据层时都要基于这个...
2019-07-05 18:22:14
5306
1
原创 c++路径拼接
需求：argv传入一个参数，string类型，需要与其他的string拼接成完整路径，且不改变传入的参数的值 strcat（a,b) 连接连个char*变量，但是会改变a的值，如果后面还要用a的原值会不方便 使用string类型的+=直接拼接，不改变原值 #include <direct.h> #include <iostream> using std::strin...
2019-06-18 17:02:27
13570
1
原创 Caffe+VS2015+CUDA10+RTX208显卡
由于工程原因，需要使用VS2015，可是微软版本的Caffe使用VS2015无法编译。 在这里写一个基于BVLC的官方版本的Caffe编译过程 caffe：https://github.com/BVLC/caffe/tree/windows cuda9：自行下载并安装（开始用的是cuda10，编译过了运行总是出问题，最后换成了cuda9，现在想想可能cuda10也可以，但是懒得换回去了） ...
2019-06-13 14:52:09
1913
1
原创 Caffe测试：输入任意一张图片抽取任意一层的feature map，借助MemoryDataLayer
基于extract_feature.cpp修改 extract_feature.cpp是根据prototxt进行测试，因此需要将数据转成特定的格式放入datalayer，一般都是lmdb。 但是在实际应用中，将数据先转成lmdb很麻烦，本文意在实现直接读入3D数据，输入到网络中进行测试，输出一个3D特征图，不需格式转换。 本文的输入数据是三维图像，截成二维的slice进行训练，但是在测试的时...
2019-05-31 14:35:09
475
原创 windows-caffe下unet实现
在keras框架下训练unet，结果很好。但是在caffe框架下训练U-Net，效果总是不理想。思来想去只有两个地方不一样： 1. loss function的不同 2. 上采样的实现 1. 对于loss function： caffe使用的是sigmoidcrossentropy，keras是binarycrossentropy 其实这两个是一个东西：只不过caffe把最后一层s...
2019-05-07 15:28:10
2003
3
原创 caffe添加loss层
1 写好要添加的层的hpp cpp cu文件，cu文件非必需，看是否需要cuda加速 2 hpp文件放在include/caffe/layers文件夹下 3 cpp和cu放在src/caffe/layers文件夹下 4根据添加的层是否包含参数，更改caffe/src/proto下的caffe.proto 需要添加参数，则找到 // LayerParameter next available lay...
2019-04-19 15:48:52
421
原创 Caffe 训练UNET中deconvolution层初始化困难问题
写在开头，珍爱生命，远离Caffe 在keras上做了一个很简单的分割任务，使用unet完成，基本上10个iteration之后accuracy就会到0.96，一个epoch之后accuracy达到0.99。需要在caffe上复现，但是效果一直不理想。 GitHub上下载了一个caffe版的unet，由于医学图像的格式不适合转成jpg，于是我用了hdf5层 layer { name: ...
2019-03-25 15:01:37
1296
1
原创 win10 Anaconda python 中 SSL模块无法正常使用
pip install 时报错 ……that require TLS/SSL,howeverthesslmoduleinPythonisnotavailable…… 添加环境变量 D:\Anaconda3; D:\Anaconda3\Scripts; D:\Anaconda3\Library\bin 三个都需要添加 ...
2019-03-19 17:35:22
6436
10
原创 caffe中python层的使用
将写好的python layer放在 $CAFFEROOT\examples\pycaffe\layers (caffe 的example文件夹） 然后将上面的文件夹添加到环境变量，可百度如何添加环境变量，重启后生效 caffe.exe train --solver=.\solver.prototxt 报错：no module named site 在环境变量中添加PYTHONHOME...
2019-03-11 15:14:02
826
6
原创 anaconda3+keras，anacona2+caffe一起安装
caffe要用python2，keras要用python3，于是一起安装。 先安装了anaconda2，对应python2.7. 再安装anaconda3的时候可以在conda2里面创建一个新的环境。 1.如图，在anaconda2下面的env中新建一个py3的文件，将conda3装在这里面，在安装时不添加环境变量，不register as python3 ，就是两个对号全不选。 2.安装好以后...
2019-03-01 13:35:17
448
原创 再战caffe
距离上次装caffe已经三年了，至今仍然无法忘记被caffe支配的恐惧…… 本来已经装过了，各种坑也都踩过了，但是万万没想到，公司的网太lj了，只能手动装Nuget库，于是又折腾了两天…… 言归正传 错误提示 ./include/caffe/common.hpp:4:32: fatal error: boost/shared_ptr.hpp 没有那个文件或目录没有那个文件或目录，因为网络原因无法...
2019-02-27 11:22:45
1181
2
原创 终于搞懂了Keras中multiloss的对应关系
1. 终于搞懂了loss之间的对应关系 model = Model(inputs=[src, tgt], outputs=[y, flow]) #定义网络的时候会给出输入和输出 model.compile(optimizer=Adam(lr=lr), loss=[ losses.cc3D(), losses.gradientLoss('l2')],...
2019-02-26 16:11:48
2397
原创 医学图像读写python
绝大多数格式的医学图像 import SimpleITK as sitk def readimg(path): img = sitk.ReadImage(path) data = sitk.GetArrayFromImage(img) data=data.transpose([1,2,0]) # sitk读取图像channel会转到第一维 # note...
2019-02-26 15:56:45
2480
原创 linux 使用遇坑
1. import tensorflow 出错 已经安装了tensorflow，但是import 还是出错 出错原因：tensorflo不支持python3.6以上版本，服务器上的python是3.7版本的 使用 pip install python=3.5 安装3.5版本的即可 2. jupyter notebook 密码忘记，改密码 jupyter notebook --gen...
2018-10-30 22:13:30
234
原创 matlab画箱线图
figure; bone_class_f=[female_organ3(:,j);female_organ4(:,j);female_organ5(:,j);female_organ6(:,j)];% combine into a column G_f = [zeros(size(female_organ3(:,j)))+1;zeros(size(female_organ4(:,j)))+2;...
2018-08-09 22:00:15
16263
1
原创 Linux Freesurfer脑数据分割
1. 安装见官网 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall 注意每次使用之前都要设置环境变量 ## bash $> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer $> source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh ...
2018-06-28 20:18:27
9016
9
原创 linux flownet1.0 训练flying chairs数据集全过程
flownet编译见前一篇 1. 下载flyingchairs数据集 wget http://lmb.informatik.uni-freiburg.de/data/FlyingChairs/FlyingChairs.zip unzip FlyingChairs.zip 2. 将数据集分成1：6，做为训练集和测试集，注意两幅图和flo之间的对应关系 train.proto...
2018-06-10 19:04:46
4718
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原创 Linux caffe+flownet1.0 +flownet2.0
1. 安装caffegit clone https://github.com/BVLC/caffe/pull/6176 # github 下载caffe cd caffe cd到caffe文件夹下 ls # 看一下都有什么文件 sudo cp Makefile.config.example Makefile.config 复制 sudo vim Makefile.config #不加vim可...
2018-06-08 23:19:10
1407
原创 Python 函数求导
from sympy import *x = symbols("x") # 符号x，自变量y = -pow(10,-11)*pow(x,6) + pow(10,-8)*pow(x,5) - 4*pow(10,-6)*pow(x,4) + 0.0006*pow(x,3) - 0.0428*pow(x,2) + 1.7561*x + 16.528 #公式dify = diff(y,x) #求导pri...
2018-06-06 12:11:44
62009
4
原创 Win10 Pytorch Flownet
1. 安装anaconda2. 在anaconda下安装pytorch链接: https://pan.baidu.com/s/1qe4Dxvv-84N_irJRFNg9ow 密码: wsmt进入上面下载文件的上级目录，目录不能有中文，执行下面代码conda install numpy mkl cffi conda install --offline pytorch-0.1.12-py36_0.1....
2018-06-06 00:48:02
1764
1
原创 MiKTeX参考文献的使用
1. 在谷歌学术、百度学术中搜索论文，获取BibTex的引用格式 复制上述代码，在当前文件夹下新建txt，将上述代码粘贴过去，并重命名为ref.bib(举例）。 2. 设置参考文献格式 在\begin{document}的后面加入 \bibliographystyle{IEEEtran} 也可以是其他格式。 3. 告诉LaTeX生成参考文献列表 .
2018-01-04 21:26:30
2030
原创 Windows 安装itk
安装参考： http://blog.youkuaiyun.com/wenqian1991/article/details/21281119 编译helloWord的时候出错。 CMake Error at CMakeLists.txt:4 (find_package): By not providing "FindITK.cmake" in CMAKE_MODULE_PATH this proj
2017-11-29 17:52:41
1817
转载 互信息配准
http://blog.youkuaiyun.com/hujingshuang/article/details/47910949
2017-11-11 18:00:32
1155
1
原创 linux服务器下基于caffe的flownet搭建
sudo git clone 网址 要用Python2.7版本！！！要用Python2.7版本！！！要用Python2.7版本！！！ Linux的权限不太懂，反正每个命令前都要加sudo sudo vim才可以更改文件。 一、依赖库 sudo apt-get install libatlas-base-dev sudo apt-get install libprotobuf-dev
2017-11-03 20:00:55
869
原创 jupyter notebook, permission denied 解决方法
jupyter notebook想要新建文件夹，permission denied 解决： 一句话：$ chmod 777 /pathtoyourfile/ 修改文件权限 其他详细权限见： http://blog.youkuaiyun.com/bmbm546/article/details/6875972 sudo jupyter notebook找不到命令的解决 sudo jupyter ...
2017-10-20 18:36:06
32625
原创 Windows下使用linux
github上下载的多是.sh脚本，不装虚拟机，使用Windows自带bash运行sh文件 设置-更新与安全-针对开发人员选项中，启用"开发人员模式" 控制面板\所有控制面板项\程序和功能,打开"启用或关闭 Windows功能",勾选"适用于Linux的Windows子系统(Beta)" 重启电脑命令行运行lxrun /install /y开始安装 下载的文件在%l
2017-10-10 14:08:50
1736
转载 互信息（mutual information）
http://blog.youkuaiyun.com/pipisorry/article/details/51695283
2017-09-29 17:09:50
5246
转载 拉格朗日乘数法求条件极值（最大熵）
作为一种优化算法，拉格朗日乘子法主要用于解决约束优化问题，它的基本思想就是通过引入拉格朗日乘子来将含有n个变量和k个约束条件的约束优化问题转化为含有（n+k）个变量的无约束优化问题。拉格朗日乘子背后的数学意义是其为约束方程梯度线性组合中每个向量的系数。 如何将一个含有n个变量和k个约束条件的约束优化问题转化为含有（n+k）个变量的无约束优化问题？拉格朗日乘数法从数学意义入手，通过引入拉格
2017-09-29 15:55:16
27511
6
原创 caffe参数理解
solver.prototxt net: "vggface_mycmd/vggface_train_test.prototxt" test_iter: 365 test_interval: 500 iter_size: 4 test_initialization: false display: 40 verage_loss: 40 base_lr: 0.00005 lr_p
2016-09-07 20:10:57
5801
原创 caffe 准确率一直震荡，从0到0.6反复
可能原因： 猜测版，未经证实，如有虚言，不要怪我…… 一、学习率太大，一般说法，但是通过lr policy调试学习次数很多之后应该不会出现这种情况吧 二、solver里的test interval* train batch size 应该>=train image 总数，保证全部图片循环一轮之后再测试。之前我就是test interval设的太小了，导致accuracy一直震荡……
2016-08-29 12:30:15
7875
原创 windows下caffe训练自己的图片前期准备lmdb
已经接近崩溃状态…… 8分类，准确率一直低于0.5并且准确率一直在震荡，从0升到0.5在退回去…… （一）准备图片 ①lmdb/leveldb格式 a) 使用编译出来的convert_imageset.exe D:\caffe\Build\x64\Release\convert_imageset.exe D:\caffe\MyProject\lung\train\ train.tx
2016-08-24 15:37:45
3335
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