关于Freesurfer6.0海马体的分割环境以及步骤

最新推荐文章于 2025-02-08 09:14:00 发布
最新推荐文章于 2025-02-08 09:14:00 发布
阅读量3.6k 收藏 30
点赞数 4
分类专栏： hippocampus freesurfer6.0 Linux工具 文章标签： linux
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_44748946/article/details/114867432
版权

利用freesurfer6.0进行海马分割的步骤（亲测有效）：

在/usr/local/freesurfer路径下解压MatlabRuntime压缩包并把license.txt文件复制在该路径下 （此过程为搭建环境）

tar zxvf MatlabRuntime.gz

1，文件夹的命名规则：
在这里插入图片描述
要在/usr/local/freesurfer/subject/自己建的文件夹/mri/orig/*.mgz文件

注意：文件必须是001.mgz这种格式的，不是的话用下面的指令进行数据格式的转化
在这里插入图片描述

SUBJECTS_DIR=/media/clm/Data/chen_hippocampus_segment/control ##文件放的路径

cd $SUBJECTS_DIR

在/usr/local/freesurfer路径下跑
这里的bert是一个带替被试的文件夹，
eg：recon-all -all -s pat_zhaofengying -hippocampal-subfields-T1

recon-all -all -s bert -hippocampal-subfields-T1
最低0.47元/天 解锁文章
利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-06 1815
一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。MCR版本要求如下。注意如果安装不成功，请切换到 root 用户下。
使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记
weixin_52073820的博客
04-02 4921
前言 freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看 macOS系统：12.3 Monterey fresssurfer版本：7.2.0 freesurfer官网：freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai 一、安装freesurfer 目前最新版本为7.2.0，我安装的就是这个版本 打开fre
基于FreeSurfer的海马亚区分割
cc1609130201的博客
06-08 2465
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
freesurfer海马亚区的分割
weixin_51192938的博客
09-19 1434
freesurfer
fsl左右海马体分割+freesurfer合并
九久的博客
04-27 3263
文章目录背景bash直接运行python+nipype实现 背景 需要分割出海马体。可借鉴方法：深度学习（UNet分割），形态学上的开闭，fsl中的分割。 使用fsl种的分割时需要注意，fsl分割分为左海马和右海马 方法：使用fsl中的first命令进行分割。 先在终端输入first查看需要输入的参数： 可以看到-i 要从哪个文件进行提取， -k输出分割文件名称，-m 分割的标准文件（*.bmv），-l 做flirt时的变换矩阵。 关于*.bmv文件：fsl自带的，在fsl安装目录data/first下面
使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（详细版）
zQIANYUN的博客
11-23 4341
1、安装好matlab和freesurfer2、在目标位置创建文件夹3、开放权限4、将需要计算的nii文件放入文件夹。
freesurfer对结构像分割流程及批处理代码
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-21 3392
#!/bin/bash export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w T1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata #以下是所有步骤一起跑，list被试的文件名。 for subj in `ls $T1wdata` do recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcache do
基于FreeSurfer 7.1、6.0和5.3版本的脑部指标在多站点重测信度和兼容性研究
cc1609130201的博客
02-08 847
自动神经影像处理工具为提取脑部磁共振成像扫描特征提供了便捷和系统的方法。其中一个工具FreeSurfer提供了一个易用的流程来提取皮层和皮层下形态测量指标。FreeSurfer已经发布了超过25个稳定版本，不同版本被用于已发表的研究中。最新版本所产生的区域形态测量指标的可靠性和兼容性尚未得到实证评估。在本研究中，我们使用来自三个公共数据集的重复测试数据，以确定FreeSurfer 7.1、6.0和5.3版本中42个区域输出的版本内可靠性和版本间兼容性。7.1版本的皮层厚度与旧版本的兼容性较差，特别是在扣带回
3_海马分割_海马体分割_matlab磁共振_matlab_医学图像_
09-28
使用matlab实现脑磁共振图像的海马体分割
freesurfer海马分为前、中、后海马
AliceMeng20的博客
08-22 221
使用上一篇文章中提到的freesurfer自动分割流程分割海马，对于freesurfer7 使用segmentHA_T1.sh指令进行海马亚区的分割，对于T2图像也有对应指令，但是也有像我这种版本较低的情况，我使用的是freesurfer6，因此我使用的是freesurfer提供的一个较老的方法，利用的是recon-all的指令提供的一个选项，具体实现方法请参考上一篇文章。freesurfer的安装以及之前的处理流程这里不再详细解释，如果需要了解，请参考之前的文章或者freesurfer官网。
FreeSurfer的安装教程
10-17
FreeSurfer的安装教程，如果有问题，欢迎留言，一定全力解决
使用freesurfer来划分脑区
12-08
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
centos6安装报错黑屏_FreeSurfer 6 Linux 安装教程
weixin_39624094的博客
12-21 654
官网地址：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferWikiFreeSurfer支持Linux和MacOS两种操作系统：Linux版安装步骤：Virtualbox 官网：https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads在Windows系统上安装Ubuntu系统：https://surfer.nm...
FreeSurfer皮层分割软件初学者学习必看内容
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
04-18 3520
1、linux书籍和笔记可见附件中，推荐学习linux的视频为：linux初学者必看 这个视频我认为对于初学者是很好的，学习周期大概2到3天即可。 2、freesurfer皮层分割的软件参考官网：FreeSurfer官方网站，这个官网详细介绍了从安装到使用的详细教材。 3、freesurfer中文的安装教材推荐看我的博客：安装教材 4、freesurfer同时可以看看B站的视频：视频，这个对于初学者也是很好的 5、还可以看看中文的文档：中文文档 ...
深度学习算法医学图像分割毕业论文【matlab】
坷拉博士
11-09 610
尽管经典的基于多图谱的分割（Multi-atlas based image segmentation，MAIS）方法和基于深度学习的方法都取得了很有前景的海马分割性能，但由于海马在AD 分析中的重要意义，仍需进一步的研究。然而，如何进一步提高海马分割的准确性仍是一项具有挑战性的任务。（a）整体的网络结构示意图；考虑到海马作为脑灰质结构，其包含海马的脑灰质图像能够作为先验知识和特征对改进海马分割存在潜在贡献，开发了一种具有整合海马灰质概率图的鲁棒性的级联深度学习框架改进海马分割，进一步提升海马分割精度。
Ubuntu1404下freesurfer6.0.0及补丁的安装
u012570044的博客
03-15 802
FreeSurfer System RequirementsSummary of Requirements:Operating System: Linux, macOSProcessor Speed: 2GHz at leastRAM: 8GB recommendedGraphics card: 3D graphics card with its own graphics memory &...
医学图像分割评价指标
Alexa_的博客
07-19 4415
医学图像分割评价指标
freesurfer 海马分割
最新发布
03-31
### 使用 FreeSurfer 进行海马体分割的教程 FreeSurfer 是一种广泛应用于神经影像数据处理的强大工具集，能够实现大脑结构的自动分割和量化。以下是关于如何使用 FreeSurfer 对海马体进行分割的操作指南： #### 1. 安装与配置 在开始之前，需确保已安装并正确配置 FreeSurfer 工具包。可以通过官方文档获取详细的安装说明[^3]。 ```bash export FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfer source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh ``` 上述命令设置环境变量以便访问 FreeSurfer 的功能模块。 --- #### 2. 数据准备 准备好待处理的功能磁共振成像 (fMRI) 或结构性磁共振成像 (sMRI) 数据文件。通常这些文件应为 DICOM (.dcm) 或 NIfTI (.nii/.nii.gz) 格式。如果原始数据为 DICOM 文件，则可以先将其转换为 NIfTI 格式以简化后续流程。 推荐使用的工具： - **dcm2niix**: 将 DICOM 转换为 NIfTI 格式的常用软件。 ```bash dcm2niix -o output_directory input_directory ``` --- #### 3. 自动化重建与分割 运行 `recon-all` 命令来执行完整的自动化重建过程，其中包括皮层表面提取、体积分割以及其他解剖学测量。此命令会生成多个输出文件，其中就包含了海马体的具体分割结果。 ```bash recon-all -i /path/to/input.nii.gz -subjid subject_name -all ``` 在此过程中，FreeSurfer 利用了其内置算法对不同脑区（包括海马体）进行了细致划分，并提供了相应的统计数据。 --- #### 4. 查看结果 完成重建之后，可借助 FreeSurfer 提供的可视化工具查看最终的结果。例如，通过 `freeview` 可直观展示各区域边界及其属性值；或者导出 CSV 表格形式的数据进一步分析。 ```bash freeview -v {subject_dir}/mri/brainmask.mgz \ -f {subject_dir}/surf/lh.pial:edgecolor=red \ {subject_dir}/surf/rh.pial:edgecolor=blue ``` 此外，还可以从统计报告中读取特定感兴趣区的信息，比如体积大小等指标。 --- #### 技术细节补充 当采用简单线性判别分析(LDA)[^1]评估模型表现时，建议结合非参数方法验证所得结论的有效性和稳健程度。同时考虑到个体间差异可能带来的影响，在实际应用阶段还需注意标准化预处理步骤的重要性。 --- ### 总结 综上所述，利用 FreeSurfer 实现海马体精准分割是一项相对成熟的技术方案。它不仅具备高度自动化的特点，而且还能提供丰富的定量描述信息支持科学研究需求。
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

小陈爱科研

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值