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RSS订阅原创 日捐一分钱可改善抑郁症状!?[特殊字符]
如果吃维生素和运动都能分别提升健康，那么当你只看健康的人群时，可能会发现吃维生素的人运动较少，运动多的人则不太吃维生素，这样就产生了一种虚假的负相关关系（实际上，两者本身可能并不相互影响）。当研究只关注COVID-19感染的人群（图中的深色方框COVID-19）时，实际上人为地将COVID-19感染状态变成了一个「碰撞变量（Collider）」，即它同时受到两个独立因素的影响：ACEI/ARB使用以及其他风险因素。，他们的研究结论（ACEI/ARB 不会影响 COVID-19 患者的死亡率）就更具可信度。
2025-03-14 18:37:11
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原创 日捐一分钱可改善抑郁症状!?[特殊字符]
如果吃维生素和运动都能分别提升健康，那么当你只看健康的人群时，可能会发现吃维生素的人运动较少，运动多的人则不太吃维生素，这样就产生了一种虚假的负相关关系（实际上，两者本身可能并不相互影响）。当研究只关注COVID-19感染的人群（图中的深色方框COVID-19）时，实际上人为地将COVID-19感染状态变成了一个「碰撞变量（Collider）」，即它同时受到两个独立因素的影响：ACEI/ARB使用以及其他风险因素。，他们的研究结论（ACEI/ARB 不会影响 COVID-19 患者的死亡率）就更具可信度。
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如果吃维生素和运动都能分别提升健康，那么当你只看健康的人群时，可能会发现吃维生素的人运动较少，运动多的人则不太吃维生素，这样就产生了一种虚假的负相关关系（实际上，两者本身可能并不相互影响）。当研究只关注COVID-19感染的人群（图中的深色方框COVID-19）时，实际上人为地将COVID-19感染状态变成了一个「碰撞变量（Collider）」，即它同时受到两个独立因素的影响：ACEI/ARB使用以及其他风险因素。，他们的研究结论（ACEI/ARB 不会影响 COVID-19 患者的死亡率）就更具可信度。
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原创 解析富集分析中的过表达分析（ORA）：原理、应用与优化
TLDR: 在基因富集分析中，超几何分布被用于评估特定功能基因集在差异表达基因列表中的过表达程度，而 Fisher 精确检验（Fisher’s Exact Test）正是基于超几何分布计算 p 值。本文详细解析超几何分布的数学原理、概率质量函数（PMF）、累积分布函数（CDF），并探讨其在富集分析中的应用，包括 R 语言实现、算法优化。什么是超几何分布基础概念超几何分布（Hypergeometri...
2025-03-12 12:33:58
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原创 EEG功能连接检测的优化策略与方法解析
TLDR: 本研究系统评估了EEG功能连接检测流程，发现LCMV波束形成结合MIM或TRGC可提供最稳健的分析方案，并开发了EEGLAB插件ROIconnect以助力研究者标准化EEG功能连接分析。 Pellegrini, F., Delorme, A., Nikulin, V., & Haufe, S. (2023). Identifying good practices for de...
2025-03-07 19:09:31
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原创 使用R包ellmer接入Deepseek
因为价格和付费方式等原因，LLM 模型的接入对于普通用户来说一直是一大挑战。然而，自从 Deepseek 把价格打下来后，那些曾经望尘莫及的功能终于成为现实。借助 ellmer，R 用户现在不仅可以轻松调用各大前沿大语言模型，还能实现从智能问答、工具调用到结构化数据提取的全方位应用。本文主要包括两个部分，第一部分（1-4）是基于ellmer文档的介绍，第二部分（5）是调用Deepseek尝试对富集...
2025-03-03 18:33:27
997
原创 ChatGPT Task功能初探
最近看到chatgpt出现了task功能，所谓OpenAI的第一个AI agent，马上就尝试了一下，建立一个HBM杂志订阅的任务，这里未对任务和输出进行细化。然后让它给一个完成的例子，它就开始降智型回答，HBM是OA杂志，你说没有access？让我怀疑该功能只是噱头，仅可做一些简单的日程规划和数据监测（比如演示的股票价格、天气等），于是不抱任何期待，直接放弃后续的任务细化。今天早上收到了它的提醒...
2025-01-18 13:08:06
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原创 手搓一个广义线性模型(GLM)
广义线性模型（GLM）由Nelder 和 Wedderburn于 1972 年提出，并在McCullagh 和 Nelder于 1989 年的研究中得到了进一步发展。广义线性模型是对普通线性回归模型（Linear Regression Model）的扩展。它允许我们分析非正态分布的数据，比如二分类、计数或比例数据，而普通线性回归仅适用于连续、正态分布的响应变量。简单来说，GLM让我们可以灵...
2025-01-10 20:22:59
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原创 2024年终总结
2024年转瞬即逝，公众号疏于运营，2024年的推送列表如下：文献类解码神经肽：神经影像与进化研究的新探索结构连接能否成为精神病早期的功能预后标志？可卡因使用障碍：功能连接与多巴胺受体的关系群体神经科学中的社会公正：避免数据分析中的社会构建误用多维空间：理解复杂认知的关键开源数据类心率变异性生物反馈调节多模态数据集 (n=193, OpenNeuro获取)达拉斯全生命周期脑研究数据集 (n=464...
2025-01-01 09:34:58
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原创 解码神经肽：神经影像与进化研究的新探索
TLDR: 神经肽作为调控行为与生理功能的重要分子，其在脑中的分布和作用长期以来都未得到全面解析。本文通过基因转录数据的多层次分析，探讨了38种神经肽受体的全脑分布及其与功能连接、行为解码及进化轨迹的关联。研究结果揭示了神经肽受体在皮层与皮层下区域的显著梯度分布，以及其与代谢型神经递质受体在信号传递中的共定位关系。此外，神经肽信号被证明能够显著增强脑区的结构-功能耦合，并表现出从感觉-认知到奖赏-...
2024-12-21 11:24:03
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原创 心率变异性生物反馈调节多模态数据集(n=193, OpenNeuro获取)
近年来，心率变异性（HRV）作为情绪健康和心理韧性的关键指标，受到科学界的广泛关注。HRV不仅反映了自主神经系统的功能状态，还与情绪调节能力密切相关。为了深入理解心率与情绪之间的关系，美国南加州大学领导的一项随机临床试验（Heart Rate Variability and Emotion Regulation，HRV-ER）将心率变异性生物反馈（HRV biofeedback）作为干预手段，探索...
2024-12-15 11:39:33
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原创 富集分析：基因集有序关联检验（GOAT)
TLDR：该研究介绍了GOAT算法，一种用于预排序基因列表的基因集富集分析工具。GOAT通过自举法生成零分布，以提升计算速度和结果稳健性。相较于GSEA和ORA，GOAT能够在更短时间内识别出更多显著的GO类别，且其对基因效应量的处理更为灵活，适用于各种组学数据集。研究的模拟实验验证了GOAT在不同富集模式下的敏感性和稳健性，使用ROC曲线评估其性能，表明GOAT优于其他常用方法。该研究虽然不复杂...
2024-10-21 18:18:49
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原创 科研选题的过程与思维模式
https://doi.org/10.1016/j.molcel.2009.09.013科学研究的成功，往往始于一个好问题。那么，什么才是“好问题”？我们经常在科学界里听到对方法和成果的讨论，但对“如何选择问题”这一点却很少有直接的交流。大部分科学家被期望通过自身的悟性和向导师学习，自己摸索出这个答案。然而，这种缺少明确指导的情况，往往导致研究者为了能在重要期刊发表而挑选课题，进而获得职位和稳定的...
2024-10-15 22:35:12
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原创 熵(Entropy)：衡量混乱与秩序
本文是Rami Khushaba视频《Measuring Signal Complexity/Regularity》的笔记，内容略有补充，推荐看视频。熵是一个重要的概念，它帮助量化系统的无序或混乱程度。通过了解熵，可以深入认识诸如脑电图（EEG）、心电图（ECG）等生理信号的动态特性。1. 什么是熵？熵（Entropy）最早由克劳修斯提出，是一个用来描述系统“混乱”或“不确定性”的指标。熵可以看作...
2024-10-13 15:25:10
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原创 超图来了，顶点们表示压力很大
TLDR: 本文介绍超图的基础概念。超图不同于传统图（2-均匀超图），它允许每条边（超边）连接任意数量的顶点，因此能更好地建模复杂的多对多关系。文章内容涵盖了图与超图的定义、超图的对偶性质、边的嵌套性、步行的长度和宽度等核心特性。此外，超图还与拓扑学、二分图、抽象单纯复形等数学结构有深厚的联系。这些概念不仅扩展了传统图论，还在数据分析、复杂系统和拓扑方法中有重要应用。本文编译自HyperNetx的...
2024-10-01 20:24:10
1324
原创 群体神经科学中的社会公正：避免数据分析中的社会构建误用
TLDR：有意思的观点。文章作者强调，使用群体神经科学大数据时，研究人员必须承担起伦理和科学责任，避免对边缘化群体造成进一步的污名化。通过像ABCD这样的开放数据集，研究人员应避免将种族、性别等简单化处理为独立变量，而是要纳入社会、文化和环境背景。作者建议采用社区参与和理论驱动的方法，以确保研究结果的公平性和准确性，并避免加剧社会不平等。10.1016/j.jadohealth.2024.07.0...
2024-09-27 21:21:33
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原创 结构连接能否成为精神病早期的功能预后标志？
TLDR: 该研究发现精神病首次发作的患者（未经药物治疗）脑部存在广泛的结构连接减少，尤其是前额叶-纹状体-丘脑系统的连接异常。基线时的脑部结构连接可以有效预测患者12个月后的功能恢复情况。研究表明，脑部结构连接的减少可能与精神病的病理过程相关，并可能反映神经发育异常。https://doi.org/10.1016/j.biopsych.2024.07.016code地址：https://gith...
2024-09-26 19:19:09
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原创 可卡因使用障碍：功能连接与多巴胺受体的关系
TLDR:该研究利用了OpenNeuro开源的成瘾成像数据集和Neuromap中的PET数据，探索了可卡因使用障碍 (CUD) 患者的大脑功能连接性与多巴胺D2/3受体密度的关系。结果揭示了可卡因使用障碍 (CUD) 患者的大脑功能连接性显著异常，主要表现为默认网络和控制网络的低连接性。这些变化与多巴胺D2/3受体密度高度相关，表明多巴胺系统在CUD中的关键作用。这些结果表明，CUD影响的不仅是...
2024-09-22 07:57:54
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原创 达拉斯全生命周期脑研究数据集 (n=464，OpenNeuro可获取)
对于从事数据挖掘的人来说，这个数据集应该并不陌生。相比于保存在 INDI 和其他地方的版本，OpenNeuro 上的 DLBS 数据集采用了 BIDS 格式，便于处理和分析，并且可以看到目前是有人在更新和维护的。获取地址：doi:10.18112/openneuro.ds004856.v1.0.1数据集简介Dallas Lifespan Brain Study (DLBS) 是一项始于2008年的...
2024-09-19 18:00:30
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原创 主成分分析中的幽灵振荡
TLDR:该研究深入探讨了主成分分析（PCA）在处理高维数据时可能生成的“幽灵振荡”现象。尽管PCA是最常用的降维方法之一，作者发现平滑性和时间或空间偏移会导致虚假的振荡模式。这些幽灵振荡并不代表数据的真实结构，而是PCA的数学特性造成的虚假结果。研究通过模拟和真实数据展示了幽灵振荡的生成机制，并提供了多种策略来区分真实振荡与幽灵振荡。https://doi.org/10.1073/pnas.2...
2024-09-08 13:39:57
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原创 多维空间：理解复杂认知的关键
TLDR: 这篇综述讨论了如何通过多种降维技术揭示认知科学中的潜在表征空间，并探讨了选择适合研究目标的嵌入算法时需要考虑的关键因素。看完后发现，除了图结构、排序数据的降维让人印象深刻外，其它部分似乎缺乏新意。许多内容(比如模型表现、如何选择模型)虽然重要，但在讨论中没有带来新的洞见，反而略显乏味。DOI:10.1016/j.tics.2024.07.0051.认知科学为什么需要多维空间认知科学常...
2024-09-01 10:49:23
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原创 非均匀采样的大脑皮层表面模板可能导致结果偏差
TLDR:本文介绍了一项关于表面功能磁共振（fMRI）分析中潜在偏差的研究。研究发现，当前使用的表面网格存在顶点间距不均匀的问题，这种不均匀性在fMRI数据从MNI空间映射到高分辨率表面网格时产生，并在后续的平滑处理中变得更加明显，使得脑沟区域出现高相关性。这种偏差会影响功能分区、测试重测信度和个体识别等一系列后续分析结果。doi:https://doi.org/10.1101/2024.07...
2024-08-17 09:41:09
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原创 onavg| 均匀采样的大脑皮层表面模板
TLDR:这项研究开发了一个新型的大脑皮层表面模板（onavg），通过更均匀的顶点分布显著改善了多变量模式分析（MVPA）和表示相似性分析（RSA）的结果表现。相比于传统模板，onavg模板不仅提高了电影时间点分类任务的准确性，还增强了参与者之间的大脑反应模式的一致性。同时，使用onavg模板还大幅降低了计算时间，提升了数据处理效率。DOI:https://doi.org/10.1038/s4...
2024-08-11 11:25:57
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原创 Network Correspondence Toolbox (NCT)| 使用Dice指数评估网络特异性
TLDR: 本文介绍了一个名为网络对应工具箱（NCT）的新工具，原理是Dice系数+Spin Test，用于通过定量分析比较新的神经影像结果与多个现有大脑网络图谱之间的空间对应关系，从而促进研究结果的标准化和可比性。doi:https://doi.org/10.1101/2024.06.17.599426近年来，神经科学的研究表明，大脑的宏观动态可以分解为一组功能性网络。然而，这些网络的空间拓扑...
2024-08-10 10:42:22
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原创 网络富集显著性检验NEST(?)
https://doi.org/10.1002/hbm.26714背景一般情况下，研究者通过评估统计量较大的脑区与功能网络重叠的情况，或者计算网络的体素占比，来确定行为和功能网络的相关性。NEST能检测行为表型和大脑表型的相关性是否富集在特定的功能网络中。例如下图????(a)计算vertex-wise的皮层厚度与年龄相关得到相关系数图(vertex-wise)，可以使用NEST检测这些相关富集在哪些功...
2024-06-21 19:06:15
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转载 [转]Eprime的Timing Mode和PreRelease
以下内容来源于：张婕, & 吕勇. (2016). 计算机化心理学实验中的时间精度问题——以 E-Prime 为例.心理研究,9(5), 15-21.https://m.fx361.cc/news/2016/1213/16440668.html可点击文末*阅读原文*直达Pre-ReleaseE-Prime为每一个呈现刺激的控件提供了Pre-Release的属性，该属性允许在当前刺激终止...
2024-04-15 19:41:34
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原创 用ENIGMA-toolbox作图
之前一直使用ggseg呈现结果，最近想试一试其他绘图工具。ENIGMA-toolbox有所了解，绘图功能看起来门槛不高，所以就试着用它呈现一些结果。Matlab版本的ENIGMA-toolbox直接使用就是SurfStat的功能绘图，Python版本的绘图功能应该是根据SurfStat的绘图思路进行改写的。下载和安装参照官网不再赘述。需要注意的是该工具包依赖的numpy和pandas版本较老，若不...
2024-03-29 21:20:07
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原创 梯形法计算AUC
基于图论的分析中，一般会使用一系列不同的阈值将连接矩阵二值化，计算某个网络或节点的属性指标，之后计算曲线下的面积作为该指标的“平均值”。hmm, 这个相对已经标准化的流程也可以做个示意图提升一下文章的档次?!正想说Network Metrics那里可以对不同指标稍作展示，发现放到了补充材料中。(https://t.co/lnFDXTJ7Nn)虽然常用的软件(比如gretna)是可以自动输出曲线下面...
2024-01-21 17:57:38
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原创 [转]上海交通大学医学院附属精神卫生中心科研团队招募科研助手一名，协助成瘾方向研究...
亲爱的朋友们，在这个充满未知和挑战的科学世界里，我们团队正在寻找一位热爱探索、勇于承担的伙伴。你是否渴望在数据的海洋里航行，寻找那些隐藏在数据背后的奥秘？或者，你对那些听起来高大上的研究充满好奇？如果你对心理学、精神病学等领域有所涉猎，如果你认为自己做事认真、善于沟通，那么不妨考虑加入我们。我们提供的不仅仅是劳务报酬，还包括难得的科研经历，或者也是一次弥足珍贵的劝退。王小波或许会说：“世界如此复杂...
2024-01-17 20:40:11
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原创 嵌套交叉验证(Nested CV)
最近，突然想要用R来搞搞机器学习，这让我想起了一个被尘封的草稿，当初让我放弃使用R做嵌套交叉验证的想法。于是，决定好好完善一番再发出去。有些事情不捋清楚，它就会在将来的某个时候等着你，让你心神不宁。先从交叉验证开始。交叉验证交叉验证(Cross Validation; CV)用于检验机器学习的模型表现，选择模型。如下图显示的便是一个3-fold CV。其中loop都使用了相同的随机森林(RF)模型...
2024-01-14 22:17:45
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原创 非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用
2022年的存货，也是之前NMF推送中留的坑。>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在生物信息学和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。作者展示了NMF从癌症相关的微阵列数据中检测生物信息的能力。R包NMF中很多内容都受到了这篇文章的影响，比如默认算法Brunet 2004，甚至输入的矩阵形式采用的都是feature...
2024-01-06 12:38:06
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原创 2023年终总结
迟到的年终总结。本已打算放弃，但是为了和往年保持队形，还是决定记录一下。当我翻看23年公众号发表记录时，不禁感叹其惨淡无光，只能对自己说，2024年再接再厉吧。虽然每年都这么说，但总觉得希望就像路边的野花，不管多少次被踩碎，它还是会在不经意间绽放。教程/技术类Ubuntu22.10安装和配置R/FSL/FreesurferR|使用ggrepel添加文字标签为治疗酒精成瘾，他们选择在大脑里植入电极。...
2024-01-04 22:15:23
488
原创 GitHub上传文件：原来技术和耐心都需要升级
把数据上传GitHub，就像那种开箱魔咒，你永远不知道里面会出现什么！echo "GitHub，你为什么要这样对我？!"首先，我尝试了网页版上传，谁知道那东西竟然像个挑食的小孩：一次性不让上传超过100个文件，而且每个文件大小不能超过25MB。echo "25MB? 你当我上传的是情书吗？!"不甘心，我又尝试了VS Code的remote repository功能，能打开远程的repo，但当我想上...
2023-10-30 22:19:08
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原创 Neuroimage编辑集体出走另办新刊
昨天刚收到NI的返修意见，一觉醒来发现Neuroimage的编辑集体出走了。办OA期刊几乎是只赚不赔的生意，特别是像NI这样的Top期刊，有很好的市场。在该则声明中，Elsevier在最后一次回应中，拒绝了编辑们降低APC的要求，表明"market forces support the curent APC"，在Elsevier的眼中大家趋之若鹜，有钱为什么不赚。而另一方面，文章作者，编辑和审稿人...
2023-04-18 10:40:06
370
原创 SigClust计算聚类的显著性
评估聚类效果的指标非常多，甚至有工具包clusterCrit提供了多种内部和外部评价指标。外部指标：Czekanowski_Dice, Folkes_Mallows, Hubert, Jaccard, Kulczynski, McNemar, Phi, Precision, Rand, Recall, Rogers_Tanimoto, Russel_Rao, Sokal_Sneath1, Soka...
2023-03-27 12:19:49
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原创 归档|美国博后J1访问学者签证[2019]
流程：1. 拿到DS2019 a. 根据要求购买了一年的人身意外险2. 注册账号并填写DS160表3. 交SEVISI9014. 预约/付费由于不是旺季，所以预约还是算顺利。拿到ds2019距离项目开始只有2周时间，预约上时间还是有点紧张。最搞笑的事情是为了刷slot，自己写了刷新脚本，账号直接被冻结了72小时????。账号解冻之后居然直接就预约到了最近的，也没有申请加急。6. 面签带了一堆材料，签...
2023-03-27 12:19:49
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