GeekFocus

原创 purge_dups

尽管可以通过runner程序调用，但喜欢自己写脚本，因此不安装python3和runner。purge_dups是用C语言编写，因此需要通过make来编译。脚本在scripts目录下，编译的程序在bin目录下。

原创 【NextPolish】【1】【2】

Motivation。

原创 Js php - notes

【代码】Js实现二级select联动。

原创 Pooling Sequencing

BSA（Bulked segregation analysis）即混合分组分析，也称分离群体分组分析，是指利用目标性状存在极端表型差异的两个亲本构建分离群体，在子代分离群体中，选取两组表型差异极端的个体分别构建混合池 ，结合高通量测序技术对混合样本测序，比较两组群体在多态位点（SNP）的等位基因频率（AF）是否具有显著差异，定位与目标性状相关联的位点并对其进行注释，研究控制目标性状的基因及其分子机制。相较于传统的遗传学研究方法（基因定位常用分析方法，小编已经安排上啦！

原创 Fst & Pi

Wright引入FST作为描述二倍体群体遗传结构的三个相关参数之一。

原创 snp calling software & methods

SNP-calling

原创 【同源重组】

z。

原创 【选择压力 Selective pressure】

Selective pressure

原创 【Genetic Load】

genetic load

原创 【LD 连锁不平衡】

https://www.sohu.com/a/234594093_761120

原创 【群体遗传学】 notes

随着遗传学的进步，对正选择的概念也有了更深的理解。②单向式选择：发生在环境条件朝一定方向变化的情况下，某一极端的个体被保存，另一极端的个体被淘汰，使种群中某等位基因频率逐代增加，而相对的等位基因频率则逐代减少，结果整个群体朝着一定方向变化。3)值得注意的是，基因漂变对于种群非常小的物种的基因型的频率的影响是很大的。基因漂移（genetic drift）实际上就是由于时间的变化和特定的随机事件，一个生物族群的某个特定的等位基因的频率（frequency）相较于其他族群的特定的等位基因的频率产生的变化。

原创 【Genetic Drift】

Genetic drift is a change in allele frequency in a population, due to a random selection of certain genes. Oftentimes, mutations within the DNA can have no effect on the fitness of an organism. These changes in genetics can increase or decrease in a popula

原创 sed（多行）替换/删除所有换行符（变一行）

语法解释：sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline，其实就是行的分隔符即换行符。连续两行执行一次sed命令，这样就可以把前一行的\n替换完成。（Ps：执行一次命令其实就是数据两两去除了中间的\n而已）语法解释：前边加上（:a;sed “s/要匹配的字符串/要替换成的字符串/g” test.gson。sed -i “s/拆分符/拆分符\n/g” test.gson。语法解释：匹配拆分符，换成拆分符+换行符即实现换行。

原创 【基因组可视化工具】 数百个 大全

github：https://github.com/cmdcolin/awesome-genome-visualizationweb：https://cmdcolin.github.io/awesome-genome-visualization/?latest=trueA list of interesting genome visualizers, genome browsers, orgenome-browser-like implementationsSee the new companion

原创 centos：安装gcc g++ 6以上

【代码】centos：安装gcc g++ 6以上。

原创 blast的-max_target_seqs？

之前大部分人都将这个参数的值设置为1，认为会输出最优匹配的一条，但是作者验证后发现，这是一个错误的用法，它输出的并不是最优匹配的一条结果，而是第一条较好的匹配结果；对于相同的比对任务，使用不同版本的数据库时，即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果，但是BLAST却返回不同的结果。该“bug”就是：-max_target_seqs参数返回的不过是前N个符合给定的E值的hit，而并不一定保证就是E值最低的N个hits。测试发现，blast没有哪个参数可以返回最优匹配的结果，最好的方式就是通过脚本过滤筛选！

原创 seqkit 用过的命令行记录

将只输出的序列的，指定每行输出的碱基数。将多行序列转换为一行序列。指定每行输出的碱基数。

原创 mummerplot gnuplot 安装（nucmer）

.

原创 BLAST word-size

原创 全面解读MinION纳米孔测序技术及应用

ONT

原创 sgRNAs&基因编辑

crispar

原创 word输入希腊字母

。

原创 EndNOTE X9 纪录

endnote

原创 python快速基础

/

原创 python脚本-输入输出-shell调用

python 脚本输入输出 sys.argv print

原创 测序数据饱和度分析

.

转载 R语言字符串拼接 变量输出

变量中 字符串拼接

原创 linux 记录

awk 分隔符awk默认分割符是空格。awk的分隔符还分为两种，“输入分隔符” 和 “输出分隔符” 。（1）输入分隔符：英文原文field separator，简称FS。默认空白字符(即空格)，awk默认以空白字符为分隔符对每一行进行分割。内置变量FS,使用-v选项。awk -v FS='\t' '{}' file　　（2）输出分割符：英文原文output field separator，简称OFS。Linux ifref: https://blog.youkuaiyun.com/m0_50668851/

原创 bam 行删除

https://blog.youkuaiyun.com/liangbilin/article/details/108977163samtools view -H test.bam | sed -e ‘s/SN:([0-9XY])/SN:chr\1/’ -e ‘s/SN:MT/SN:chrM/’ | samtools reheader - test.bam > test.CHR.bam报错采用 转sam 删除samtools view *.bam -O SAM > *.samsed再转bam报

原创 合并fq文件

多个lane fastq.gz 文件cat L1.R1.fastq.gz L2.R2.fastq.gz > sample.R1.fastq.gz

转载 Linux脚本传递参数

一、Shell 特殊参数解释首先来看几个特殊变量：$0, $#, $*, $@, $?, $$, $_#!/bin/bashecho $0 # 当前脚本的文件名（间接运行时还包括绝对路径）。echo $n # 传递给脚本或函数的参数。n 是一个数字，表示第几个参数。例如，第一个参数是 $1 。echo $# # 传递给脚本或函数的参数个数。echo $* # 传递给脚本或函数的所有参数。echo $@ # 传递给脚本或函数的所有参数。被双引号 (" ") 包含时，

原创 如何解决Excel分数变成日期

https://jingyan.baidu.com/article/e4d08ffd91b32b0fd2f60dec.html当在excel单元格输入分数时，如果是分子或分数刚好适合是月日的，会自动变成日期格式，比如，在B13单元格输入2/3，光标跳到另一个单元格时（按下回车键），B13单元格会自动变成2月3日。直接把单元格设置为文本格式的。要注意的是，要先把单元格设置为文本格式后再输入分数。（先把目标列设置为文本再粘贴或者输入）如果先输入分数再设置单元格为文本格式的话，单元格内容变成了数字。

原创 Linux注释

单行#多行使用 :<<! ！:<<!fileContent=`cat $filename`i=0for line in $fileContentdo fileList[$i]=$line ((++i))done!使用语句 if false then fiif falsethen echo "1:" echo "2:" echo "3:"fi

原创 Linux删除 指定数目行【或者所有行】删除光标到行首

转到文件结尾G转到第9行9G删除所有内容(先用G转到文件尾)，使用：:1,.d删除第9行到第200行的内容(先用200G转到第200行)，使用:9,.d删除说明：vi中，“.”当前行，“1,.”表示从第一行到当前行，“d”删除...

原创 DAVID-GO-记录

https://david.ncifcrf.gov/home.jsp2. upload data3. analysis4. results5. plotbarplot(data,showCategory = 15,title = "test")

原创 R - history

改变x坐标方向+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.5, vjust = 0.5))

原创 MSU转Uniprot转Entrez ID

PlantGSEADAVID注意是Uniprot ACCESSION还是Uniprot ID网站：https://david.ncifcrf.gov/并打开Gene ID Conversion12Submit34 再点击ID conversion5 选择ENTREZ ID6

原创 未比对上的bam reads 处理

查看bam文件 flags 4代表read未比对上；samtools view -f 4 *bam|less -S提取提取unmapped序列:samtools view -b -h -f 4 *.bam > unmapped.bam-h 文件包含header line;-f,提取;-b,输出为bam格式###-F参数是过滤的意思（filter）；类似grep -vsamtools view -b -h -F 4 *.bam > mapped.bamF意思为过滤掉以4为标签的序

原创 Linux 【kill】 【stop】 【continue】 job

Kill All Stopped Jobs LinuxShow jobs with PIDjobs -lHow to Bring Background Job to Foregroundfg %1Jobs Command Options-n – This shows the jobs that have changed their status since the last notification. For example, a job that has changed from a ru

原创 RNAseq-GO、biomaRt转换ID

O.Sativa选用MSU或者RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，介绍一下MSU的ID，RAPDB的同理。The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiology.msu.edu/index.shtml）RAP格式为“Os-Chr-g-number”，MSU格式为“L