seqkit 用过的命令行记录

原创 已于 2023-03-30 13:25:27 修改 · 480 阅读 · 0 ·
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于 2023-03-28 10:40:53 首次发布
seqkit是一个方便的命令行工具，用于对生物信息学中的DNA/RNA/蛋白质序列进行操作。它可以将多行的序列（如fasta格式）转换为单行，指定每行输出的碱基数目，并且只提取序列本身。例如，seqkitseq-w0可以将序列转换为单行，-l50则设置每行50个碱基，-s参数则只输出序列。

seqkit

将多行序列转换为一行序列

seqkit seq test.fa -w 0 > test_w.fa

指定每行输出的碱基数

seqtk seq -l 50 test.fa > test50.fa

只输出序列

seqkit seq test.fa -s -w 0 > test_seq.fa

将只输出的序列的，指定每行输出的碱基数

seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa
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