mummerplot gnuplot 安装(nucmer)

可用ref:https://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2970729&do=blog&id=1174911

下载稳定老版本gnuplot v4.6.2

mkdir gnuplot && cd gnuplot

wget https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/4.6.2/gnuplot-4.6.2.tar.gz

tar -zxvf gnuplot-4.6.2.tar.gz

./configure --prefix=$PWD

make

make install

export PATH=/path/to/gnuplot/gnuplot-4.6.2/bin:$PATH

step1: run nucmer for alignment

nucmer --threads 32 --mum -D 5 -p

-D, --diagdiff=uint32 Set the maximum diagonal difference between two adjacent anchors in a cluster (5)

-p, 前缀

subject和query是序列,fasta

step2: filter alignment result

delta-filter -i 85 -l 8000 -o 85 .delta -1 > .best_delta

-i,最小alignment相似性阈值

-l,小写L,最小的alignment长度

-o 和-r,-q相关,可以理解为alignment coverage

-1,数字1,指定是否进行一对一的比对,一个位置(subject或query上)只找一个最佳的比对。特别是对大的基因组一定要加这个选项,否则会异常慢

step3: generate figure using mummerplot

mummerplot -p .best_delta -t postscript

采用上一步过滤后的结果.best_delta画图,这里生成的是ps格式的图,虽然-t可以指定png图,但是结果显示生成的png图分辨率太低。

-t 格式
-s small/large font and dot size

step4: convert ps format to png

/usr/bin/ps2pdf .ps .pdf

convert -density 300 .pdf .png

ps2pdf可以将ps格式的文件转pdf

convert是imagemagick包中的一个子程序,可将pdf转为png

### 不同操作系统上的 Gnuplot 安装方法 #### CentOS 上通过 YUM 源安装 Gnuplot 对于基于 Red Hat 的 Linux 发行版,如 CentOS,可以利用系统的包管理器 `yum` 来简化安装过程。只需执行如下命令即可完成安装: ```bash sudo yum install gnuplot ``` 这会自动解决依赖关系并安装最新版本的 Gnuplot 到系统中[^1]。 #### Windows 系统下的 Gnuplot 安装指南 针对 Windows 用户,推荐访问官方 SourceForge 页面获取最新的二进制分发文件。具体来说,在页面 https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/ 中选择适合当前操作环境(例如 64位 Windows)的可执行安装程序进行下载和安装。以版本 5.4.1为例,对应的安装文件名为 gp541-win64-mingw.exe[^2]。 #### 使用 Mumax3 配套安装于 Windows 10 当计划将 Gnuplot 应用于特定领域比如物理学模拟时,可能还会涉及到其他软件如 Mumax3 的联合部署。此时除了上述常规步骤外,还需确保两个应用程序之间能够良好协作。按照相关文档指导配置路径变量等设置,以便实现无缝集成工作流[^3]。 #### 解决 Linux 下无法启动的问题及额外组件支持 有时即使成功完成了基本安装流程,在某些情况下仍然可能会遇到无法正常运行的情况。这时建议进一步考虑安装 Maxima 这样的辅助工具来增强计算能力;同时确认已正确设置了 `$PATH` 变量指向 `/usr/local/bin` 或者相应目录,使得终端能识别到新加入的应用程序命令[^4]。
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