MSU转Uniprot转Entrez ID

最新推荐文章于 2024-01-25 10:40:36 发布
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#Bio

本文介绍如何使用PlantGSEA进行基因集富集分析，并通过DAVID平台完成基因ID转换过程。详细步骤包括登录DAVID网站，利用GeneIDConversion功能将UniprotACCESSION或UniprotID转换为ENTREZID。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

PlantGSEA
DAVID
注意是Uniprot ACCESSION还是Uniprot ID
网站：https://david.ncifcrf.gov/并打开Gene ID Conversion

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Submit
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4 再点击ID conversion
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5 选择ENTREZ ID
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uniprot数据库转换ID功能
hgz2020的博客
08-16 1992
uniprot
生信数据库ID总结及转换方法
weixin_54199212的博客
03-18 9503
生信数据库ID总结及转换方法（待补充）
记录进行Uniprot转化为Entrez ID的过程
skyfall999的博客
04-26 6115
#在整理疾病相关基因的过程中遇到一些小问题，记录一下方便之后的查看。 目的：将得到的疾病相关靶标的Uniprot ACCESSION转化为Entrez ID. 使用的网站：https://david.ncifcrf.gov/并打开Gene ID Conversion 将自己收集到的Uniprot ACCESSION粘贴进下图中Step1的对话框： 在Step2中选择原始数据的数据类型； 在Ste...
Uniprot ID 批量转化成基因名
最新发布
weixin_45656366的博客
01-25 5296
1.打开https://www.uniprot.org/（UniProt），选择ID mapping。2.输入蛋白名，选择转化名称类型，点右下角Map ID。4.进入结果界面后点击Download选择合适格式下载。3.跳转到匹配界面，匹配完成后点击Completed。
RNAseq-GO、biomaRt转换ID
GeekFocus
11-18 4934
O.Sativa选用MSU或者RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，介绍一下MSU的ID，RAPDB的同理。The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiology.msu.edu/index.shtml）RAP格式为“Os-Chr-g-number”，MSU格式为“L
MSU.zip_MSU
09-23
【MSU.zip_MSU】是一个压缩包文件，其主要包含的内容是与MSU（Microsoft Update）相关的源程序功能模块和一些计算机模拟应用。MSU是微软公司提供的一个更新服务，用于向用户推送Windows操作系统和微软软件的最新更新...
MSIX.rar 从命令行提取msu / msp / msi / exe文件
07-22
标题中的"MSIX.rar 从命令行提取msu / msp / msi / exe文件"指的是一项技术操作，涉及到Windows系统中安装包格式MSIX的管理，以及如何通过命令行工具来处理不同类型的更新文件，包括.msu、.msp、.msi和.exe文件。...
MSU.rar_msu开发
09-19
在这一背景下，"MSU.rar_msu开发"资源包的出现，无疑为学习51单片机及其C语言编程提供了一个宝贵的工具和平台。 资源包中所包含的实验程序，涵盖了51单片机的基础操作到较为复杂的实际应用场景。从简单的I/O端口...
msu.rar_CMU msu_录像
09-24
【标题】"msu.rar_CMU msu_录像" 指的是一个关于CMU（Carnegie Mellon University）开发的录像存储单元模块（MSU）的源代码压缩包。这个模块专门设计用于Linux操作系统，核心功能是实现录像数据的高效、安全存储。 ...
msu_vmt.rar_msu_vmt
09-14
标题"msu_vmt.rar_msu_vmt"暗示了这是一个与"msu_vmt"相关的压缩文件，可能包含了该工具的执行程序。"rar"是常见的压缩文件格式，意味着这个文件已经打包，需要解压才能访问其中的内容。 描述提到"非常强大的图像...
GO分析-植物部分-水稻
ccc_bioinfo的博客
03-24 4062
最近忙毕业论文，有个植物学好友需要跑水稻的GO分析，我此前没做过，所以就研究了下，记录一下步骤。 朋友提供给了我58个基因。 1、id转换 58个基因为msu的命名格式，需要转换为entrezid，但是没有直接的办法，所以分两步转换。 （1）msu到uniprot的转换 http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/ （2）uniprot到entrezid或symbol https://david.ncifcrf.gov/ 结果：共58个基因，第一步剩余54个，
uniport ID 转换为 gene symbol（ID转换）
wt141643的博客
05-09 1万+
网站 ID转换网址 input 选择 uniprot accession output 选择 Gene symbol 一般一次转换不能超过1万个基因ID，数据量太大就转换不出来，如果一次转换太多，需要等待几分钟 操作示意图 输出结果可直接导出表格 输出结果 ...
生信蛋白分析数据库与ID转换
aiia18的博客
09-01 3154
蛋白质常用数据库提供了蛋白分析的许多极为重要的参数，也有助于药物的开发。
如何批量转换gi至ko
huangliangbo的专栏
02-02 3618
最近分析转录组数据，自己倒腾着做KEGG pathway的富集分析（许多转录组文章都是用KOBAS数据库http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do来做KEGG pathway的富集分析，但是该网站只能一次提交500条序列，如果差异表达基因超过500条就不能用该网站进行分析了）。得到了差异表达基因的gi号，如何快速将gi号映射为ko号是进行富集分析必须解决的问题。目前发现
计算蛋白描述符——uniprot 批量下载蛋白fasta文件
weixin_40408680的博客
04-19 1万+
批量下载蛋白fasta文件 目的：计算蛋白特征 1、最初尝试：利用R getFASTAFromUniProt函数 library(Rcpi) # 处理fasta文件 rm(list = ls()) setwd('F:/R_work/protein/') filename_id = 'pro_id_all.csv' # 数据量：18864 id <- read.csv(filename_...
Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)
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weixin_40739969的博客
04-17 11万+
对于这三种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看 先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来 library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。 基因集准备 data(geneList, package="DOSE") gene <- names(geneList)...
Metabolomics
GeekFocus
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R语言PCA分析
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07-06 1万+
princomp，prcomp及rda R中输入数据类型有两类，R mode和Q mode。一般来说数据每一列为一个变量（variable），每一行为一个数据（observation）。其中R mode的数据行数大于列数，是基于变量的分析；Q mode数据列数大于行数，是基于数据的分析。 Princomp和prcomp都是R自带的stats包中的函数。Princomp只能用于R mode，它基于协方差(covariance) 或者相关矩阵(correlation) 提取的特征(eigen)并进行特征值分解
PLS-DA
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07-06 1万+
ropls if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") #The following initializes usage of Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ropls") PLS-DA(Partial Least Squares Discriminant
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