MSU转Uniprot转Entrez ID

最新推荐文章于 2024-11-07 23:42:12 发布
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#Bio

本文介绍如何使用PlantGSEA进行基因集富集分析，并通过DAVID平台完成基因ID转换过程。详细步骤包括登录DAVID网站，利用GeneIDConversion功能将UniprotACCESSION或UniprotID转换为ENTREZID。

PlantGSEA
DAVID
注意是Uniprot ACCESSION还是Uniprot ID
网站：https://david.ncifcrf.gov/并打开Gene ID Conversion

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Submit
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4 再点击ID conversion
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5 选择ENTREZ ID
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MSU.zip_MSU
09-23
【MSU.zip_MSU】是一个压缩包文件，其主要包含的内容是与MSU（Microsoft Update）相关的源程序功能模块和一些计算机模拟应用。MSU是微软公司提供的一个更新服务，用于向用户推送Windows操作系统和微软软件的最新更新...
MSU.rar_msu开发
09-19
在这一背景下，"MSU.rar_msu开发"资源包的出现，无疑为学习51单片机及其C语言编程提供了一个宝贵的工具和平台。 资源包中所包含的实验程序，涵盖了51单片机的基础操作到较为复杂的实际应用场景。从简单的I/O端口...
记录进行Uniprot转化为Entrez ID的过程
skyfall999的博客
04-26 6377
#在整理疾病相关基因的过程中遇到一些小问题，记录一下方便之后的查看。 目的：将得到的疾病相关靶标的Uniprot ACCESSION转化为Entrez ID. 使用的网站：https://david.ncifcrf.gov/并打开Gene ID Conversion 将自己收集到的Uniprot ACCESSION粘贴进下图中Step1的对话框： 在Step2中选择原始数据的数据类型； 在Ste...
Uniprot ID 批量转化成基因名
weixin_45656366的博客
01-25 6403
1.打开https://www.uniprot.org/（UniProt），选择ID mapping。2.输入蛋白名，选择转化名称类型，点右下角Map ID。4.进入结果界面后点击Download选择合适格式下载。3.跳转到匹配界面，匹配完成后点击Completed。
uniprot数据库转换ID功能
hgz2020的博客
08-16 2590
uniprot
生信数据库ID总结及转换方法
weixin_54199212的博客
03-18 1万+
生信数据库ID总结及转换方法（待补充）
RNAseq-GO、biomaRt转换ID
GeekFocus
11-18 5346
O.Sativa选用MSU或者RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，介绍一下MSU的ID，RAPDB的同理。The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiology.msu.edu/index.shtml）RAP格式为“Os-Chr-g-number”，MSU格式为“L
GeneToList – 基因名转换（ID convertion）网络服务器
最新发布
微生信
11-07 1554
随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名
MSIX.rar 从命令行提取msu / msp / msi / exe文件
07-22
标题中的"MSIX.rar 从命令行提取msu / msp / msi / exe文件"指的是一项技术操作，涉及到Windows系统中安装包格式MSIX的管理，以及如何通过命令行工具来处理不同类型的更新文件，包括.msu、.msp、.msi和.exe文件。...
GO分析-植物部分-水稻
ccc_bioinfo的博客
03-24 4301
最近忙毕业论文，有个植物学好友需要跑水稻的GO分析，我此前没做过，所以就研究了下，记录一下步骤。 朋友提供给了我58个基因。 1、id转换 58个基因为msu的命名格式，需要转换为entrezid，但是没有直接的办法，所以分两步转换。 （1）msu到uniprot的转换 http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/ （2）uniprot到entrezid或symbol https://david.ncifcrf.gov/ 结果：共58个基因，第一步剩余54个，
植物学中常用的数据库 | 汇总一
BioinfoDu
07-05 2067
拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库 http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page。CLIMtools：基于网络的研究拟南芥基因型、表型和环境相关性的交互式数据库工具。CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包。DSDecode：基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具。
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Accession number & GI & GeneID
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生信基础知识-Entrez ID（基因id转换）
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基因id转换
生信蛋白分析数据库与ID转换
aiia18的博客
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计算蛋白描述符——uniprot 批量下载蛋白fasta文件
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批量下载蛋白fasta文件 目的：计算蛋白特征 1、最初尝试：利用R getFASTAFromUniProt函数 library(Rcpi) # 处理fasta文件 rm(list = ls()) setwd('F:/R_work/protein/') filename_id = 'pro_id_all.csv' # 数据量：18864 id <- read.csv(filename_...
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引言 不论你是主攻基因的上下游关系，还是想鉴定在外界刺激下生物体的响应基因，亦或是仅仅想凑一个文章毕业，只要是涉及到活细胞，大都会涉及到RNA-seq。 RNA-seq的测序技术本身已经很成熟，同样一批处理过的样品，在不发生意外事故的前提下，不论送哪个公司，测序结果都大同小异。在这个前提成立的基础上，文章的层次主要由分析手法的高低决定。在一些高手手中，除了一些生物公司就会给做的QC之外，还要进行GO 分析，KEGG分析，PPI网络和代谢网络分析，因果推理，还会结合实验设...
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