未比对上的bam reads 处理

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于 2021-12-06 21:19:56 首次发布

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bam文件 flags 4代表read未比对上；

samtools view -f 4 *bam|less -S

提取

提取unmapped序列:

samtools view -b -h -f 4 *.bam > unmapped.bam

-h 文件包含header line;-f,提取;-b,输出为bam格式

###-F参数是过滤的意思（filter）；类似grep -v

samtools view -b -h -F 4 *.bam > mapped.bam

F意思为过滤掉以4为标签的序列

提取双端序列都mapping到参考序列（4+8）的结果

samtools view -bF 12 *.bam > mapped.bam

3.bam2fastq

bamToFastq -bam file_unmapped.bam -fq1 unmappedR1.fastq -fq2 unmappedR2.fastq

ref:https://www.jianshu.com/p/471a4fbcdd48

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz.md5
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz.md5
md5sum -c nt.gz.md5
md5sum -c nr.gz.md5
tar -xzvf nr.gz
tar -xzvf nt.gz

mkdir nr_db
mkdir nt_db
makeblastdb -in nr -dbtype prot -titl