合并fq文件

最新推荐文章于 2024-01-15 16:49:54 发布
最新推荐文章于 2024-01-15 16:49:54 发布
阅读量2.5k 收藏 2
点赞数 1
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： linux 文章标签： linux
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/geekfocus/article/details/123076664

多个lane fastq.gz 文件

cat L1.R1.fastq.gz L2.R2.fastq.gz > sample.R1.fastq.gz
可以直接cat 多个fq.gz压缩文件
aosi1971的博客
09-12 4874
案例描述： 需要将Sample_test1_R1.fastq.gz和Sample_test2_R2.fastq.gz合并为test.fastq.gz 操作方法1： 先zcat再gzip zcat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz | gzip - > test.fastq.gz 1 操作方法...
linux合并fa文件_与你分享生信好用的单行命令
weixin_28949049的博客
12-28 670
刘小泽记录于 2019.5.10将Turner写的一些好用的单行命令与大家分享，原文还有许多可以去看https://github.com/stephenturner/onelinersAbout Fastq/fastafastq sequences length distribution => 得到fq文件中序列长度的分布$ zcat file.fastq.gz | awk 'NR%4 ==...
linux gz文件合并,快速合并多个fastq.gz文件
weixin_31956641的博客
04-28 1万+
案例描述：需要将Sample_test1_R1.fastq.gz和Sample_test2_R2.fastq.gz合并为test.fastq.gz操作方法1：先zcat再gzipzcat Sample_test_1.R1.fastq.gz Sample_test_2.R2.fastq.gz | gzip - > test.fastq.gz操作方法2：直接catcat Sample_test_...
linux fastQC 操作命令,Linux shell合并fastq测序数据/批量fastqc小脚本|merge|multiqc
weixin_42470362的博客
04-29 4279
合并fastq测序数据不同泳道的同一个样品测序数据经过质量检查QC后是可以合并的。本例中文件命名情况如下：示例文件名：83b_S156_L004_R1_001.fastq.gz，其中83b_S156是样品名，L004是泳道，R1是正向序列。这时候只需要用这个小脚本即可：ls *R1* | cut -d _ -f 1,2 | sort | uniq \| while read id; do \cat...
简单的merge fastq的小脚本
weixin_41869644的博客
04-07 3104
1.针对目录下的许多个fastq文件，现在需要每10个fastq合并成一个新的fastq文件。具体的shell脚本如下： c=($(cat fastq.list)) #当前目录下fastq文件相对路径的列表 a=$1 #fastq文件所在的文件路径 mkdir pass #建立输出文件夹 b=`ls ${a}/*q |wc -l` ...
Python-从Python高效处理FASTQ文件
08-10
从Python高效处理FASTQ文件
fq504.zip_matlab 路径
07-15
在`fq504.zip`的上下文中，DSmT的证据推理可能被用来合并不同来源的信息，为遗传算法提供更准确的路径评估。例如，可能有多个传感器提供了关于障碍物位置的数据，DSmT可以帮助综合这些信息，生成更可靠的障碍物地图...
SeqFu
weifanbio的博客
12-21 840
SeqFu SeqFu用于处理和解析来自FASTA / FASTQ文件的信息，支持压缩的输入文件。包括用于交错和解交错FASTQ文件，重命名序列以及计算和打印序列长度统计信息的功能。 SegFu相关使用方法来啦!!! 一、软件安装： conda install -c conda-forge -c bioconda seqfu 二、软件使用： 1.seqfu interleave 两个双端文件生成一个交错的fastq文件 seqfu ilv -1 file_R1.fq > interleaved.fq
分布式文件系统FastDFS
企业实战系列集 ●●● https://ximenjianxue.blog.youkuaiyun.com
09-08 7131
概述 FastDFS是一个开源的轻量级分布式文件系统，是我国一款开源的分布式文件系统 由阿里巴巴开发，其真题架构由跟踪服务器（tracker server）、存储服务器（storage server）和客户端（client）三个部分组成，主要解决了海量数据存储问题，特别适合以中小文件（建议范围：4KB < file_size <500MB）为载体的在线服务。 特点： 1>Fast......
fastp:超快速的多合一FASTQ预处理器（QCadapters整理过滤分离拆分合并...）
04-27
快 一种工具，旨在为FastQ文件提供快速的多合一预处理。 该工具是用C ++开发的，支持多线程以提供高性能。 来自STDIN的输入 存储未配对的PE数据读取 存储使过滤器失败的读取 仅处理部分数据 不要覆盖现有文件 将输出拆分为多个文件以进行并行处理 合并PE读取 过滤 质量过滤器 长度过滤器 低复杂度滤波器 其他过滤器 适配器 每次阅读按质量得分进行切割 PE数据的基础校正 整体修剪 polyG尾部修剪 polyX尾部修剪 唯一分子识别码（UMI）处理UMI示例 输出分割 通过限制文件数量进行分割 通过限制每个文件的行来拆分 过度代表序列分析 合并配对末端读取 所有选项 引文 特征 过滤数据前后的全面质量分析（质量曲线，基本含量，KMER，Q20 / Q30，GC比率，重复，衔接子含量...） 过滤掉错误的读数（质量太低，太短或太多N ...） 通过评估滑动窗口的平均质量（例如
G-FQZip：使用GPU对FASTQ文件进行无损基于参考的压缩
03-06
G-FQZip：使用GPU对FASTQ文件进行无损基于参考的压缩
python向服务器上传fq文件,利用biopython给fastq文件添加标签基因并合并fastq文件
weixin_32824711的博客
08-10 666
#!/usr/bin/python# -*- coding: utf-8 -*-# @Date : 2017-03-06 22:46:45# @Author : XYZ (superxyz@vip.qq.com)# @Link : www.bubblefertilizer.com# @Version : 1.0from Bio import SeqIOfrom Bio.Seq imp...
生信脚本练习（8）合并文件 ①
49
08-07 722
这道题有难度，要把这三个文件合并到一起。文件一 1 161514631 T C|0.132632|(272,140,47,16) 2 222301193 A C|0.078624|(260,115,23,9) 3 89259567 A C|0.043716|(200,150,8,8) 4 55979552 G A|0.211921|(236,12
FASTQ 文件压缩格式有哪些？
long_1998的博客
01-15 1890
FASTQ 文件是用于存储测序数据的一种格式，它包含了大量的文本信息，因此通常占用大量的存储空间。与 gz 压缩相比，其耗费的运行时间大致相同，但却节省了超过一半的存储空间。可以将多个目录或文件打包成一个大文件，同时还可以透过 gzip/bzip2/xz 的支持，将该文件同时进行压缩。值得注意的是，根据 tar 打包出的文件是否压缩有不同的称呼，如果仅是打包。，与 gz 相比，不仅所需运行时间较少，还取得了更好的压缩效果。的支持进行压缩/解压缩，此时压缩文档名应为 *.tar.gz；
生信必会格式：Fasta & Fastq 简介及转换
热门推荐
生信学习
11-20 2万+
FASTA和FASTQ文件，其实还是文本文件，用于存储序列信息。平时为了存储方便，节省空间，所以变成了GZ的压缩文件（二进制文件，不能直接用head、less等命令直接查看）。之前没有好好记笔记，现在补上😑。
不会编程，如何进行批量操作
xxxie_的博客
07-27 311
想要批量完成工作，又不想学习编程怎么办，其中一个好办法就是花钱找人帮忙，谈钱伤感情，那还是学习一些技能吧，下面介绍不会编程如何进行批量操作。 通配符“*” 通配符是批量操作中最重要的内容，通配符代表任何数据的内容，例如想要查看# #显示出当前目录下所有以.fq.gz结尾的文件，就可以使用通配符 ls -1 *.fq.gz #删除当前目录下所有以.log结尾的文件 rm -rf *.log 管道符“...
linux中fq格式转fa,fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
weixin_29800175的博客
05-12 6462
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决。实在是提升效率，整合流程中十分好的工具。本文是对Seqkit官方介绍(https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/)的学习，参考学习的过程中可以对照着官方文档中的例子进行操作学习。熟练的运用关键还是需要多练习，搭建分...
测序数据质量统计软件fastqc,multiqc
qq_27390023的博客
09-28 1060
简单用法 fastqc test1.fq # 处理一个文件 # -t ${threads} # 处理多个文件 fastqc *fq ls *fq|xargs fastqc 利用循环语句 for file in $(ls *fq);do fastqc $file;done for file in `ls *fq`;do fastqc $file;done # 后台执行，并行处理 for file in `ls *fq`;do fastqc -t 2 $file &;done 打开结
双端测序合并
最新发布
03-25
### 双端测序合并工具与方法 在生物信息学领域，双端测序（Paired-end sequencing）是一种常见的高通量测序策略。这种技术能够提供更丰富的序列信息以及更高的基因组组装质量[^1]。为了有效利用这些数据，通常需要通过特定的软件和算法来完成读取对之间的合并处理。 #### 常见的双端测序合并工具 以下是几种广泛使用的双端测序合并工具及其特点： 1. **PANDAseq** PANDAseq 是一种用于合并 Illumina 高通量测序仪产生的短片段双端读数的程序。该工具采用贝叶斯统计模型评估可能的重叠区域，并具有较高的准确性[^2]。 2. **FLASH (Fast Length Adjustment of SHort reads)** FLASH 能够自动检测最佳重叠长度并将成对末端读数拼接成长单个连续区段。其主要优势在于快速运行速度和灵活参数设置能力[^3]。 3. **PEAR (PAirend Read Merger)** PEAR 提供了一种高效的解决方案来进行高质量配对末端读数的合并操作。相比其他同类工具而言，它能够在保持低错误率的同时实现更高比例的成功合并[^4]。 #### 数据预处理步骤 在应用上述任何一款具体工具之前，原始 FASTQ 文件一般都需要经过初步的质量控制流程，包括但不限于去除低质量碱基、修剪适配器污染等环节。这一步骤对于确保最终分析结果可靠性至关重要[^5]。 ```bash # 使用 fastp 进行质量控制 fastp --in1 read1.fastq.gz --in2 read2.fastq.gz \ --out1 trimmed_read1.fq.gz --out2 trimmed_read2.fq.gz \ -h report.html -j json_report.json ``` #### 实际案例演示 假设已经完成了基本的数据清理工作，则可以按照如下方式调用 FLASH 来执行实际的双端读取合并任务： ```bash flash input_trimmed_R1.fastq.gz input_trimmed_R2.fastq.gz -o output_prefix ``` 此命令会生成多个输出文件，其中最重要的是包含成功合并后的序列集合 `output_prefix.extendedFrags.fastq`[^6]。 ---
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值