RNAseq-GO、biomaRt转换ID

最新推荐文章于 2024-08-28 17:37:03 发布

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本文介绍了水稻基因ID的不同格式，如RAP和MSU，并详细解释了如何在多个生物信息学平台间进行ID转换，包括使用biomaRt包进行Ensemble Plants上的ID转换过程。

O.Sativa选用MSU或者RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，介绍一下MSU的ID，RAPDB的同理。The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiology.msu.edu/index.shtml）RAP格式为“Os-Chr-g-number”，MSU格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。

1 AGRIGO2 http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ 支持多种ID，包括MSU
2 RIGW http://rice.hzau.edu.cn/cgi-bin/rice2/enrichment 只支持水稻的转录本ID，可做KEGG
3 PlantGSEA http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/analysis.php 只支持MSU ID
4 PANTHER http://www.pantherdb.org/ 可视化漂亮。支持Uniprot ID。MSU ID转换为 Uniprot ID（PlantGSEA）
5 CARMO：http://bioinfo.sibs.ac.cn/carmo/result.php?job_id=1625924324108758969 只更新到 2015年，支持 LOC ID