blast的-max_target_seqs？

Shah, N., Nute, M.G., Warnow, T., and Pop, M. (2018). Misunderstood parameter of NCBI BLAST impacts the correctness of bioinformatics workflows. Bioinformatics.

杂志Bioinformatics以letter to the editor的形式刊发了来自美国马里兰大学计算机系的Nidhi Shah等人的一篇文章，报道BLAST中-max_target_seqs存在的“bug”(Shah et al., 2018)。
该“bug”就是：-max_target_seqs参数返回的不过是前N个符合给定的E值的hit，而并不一定保证就是E值最低的N个hits。

https://ibook.antpedia.com/x/146750.html
https://www.jianshu.com/p/7eb530bc1a9c

之前大部分人都将这个参数的值设置为1，认为会输出最优匹配的一条，但是作者验证后发现，这是一个错误的用法，它输出的并不是最优匹配的一条结果，而是第一条较好的匹配结果；更糟糕的是，产生的输出取决于序列在数据库中出现的顺序。对于相同的比对任务，使用不同版本的数据库时，即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果，但是BLAST却返回不同的结果。而且以不同的方式对数据库进行排序，也会导致在将max_target_seqs参数设置为1时，BLAST返回不同的“top hit”。原文如下：
To enable the efficient processing of large data sets, researchers frequently rely on shortcuts aimed at reducing the number of BLAST results that need to be processed. A common strategy involves using the ‘-max_target_seqs’ parameter of the NCBI BLASTþ suite. According to the BLAST