聚类教程：cisTopic——来自单细胞表观基因组学数据的顺式调控主题的概率建模

hyena_7

已于 2022-06-17 13:21:03 修改

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分类专栏： R RStudio Server 文章标签：聚类 r语言

于 2022-06-17 13:00:22 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/watermel__/article/details/125331498

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本文介绍了如何使用cisTopic对scATAC-seq数据进行聚类分析。在尝试运行聚类过程时遇到错误，由于R包升级至4.2版本，而Rstudio版本未同步更新导致。解决方法是更新Rstudio，具体步骤可参考相关教程链接。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

使用cisTopic对scATAC-seq数据聚类：

rm(list = ls())
library(dplyr)
library(patchwork)
library(reticulate)
library(data.table)
library(cisTopic)
mix_atac<-read.table('HT_p0_atac.tsv',sep='\t') #输入文件是cell(列)×peak(行)的count.注意：peak的格式必须是 chr染色体：start-end,不是这种格式要改一下
cisTopicObject <- createcisTopicObject(mix_atac,min.cells = 10