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RSS订阅原创 cisTopic——从scATAC-seq数据中同时识别细胞状态和顺式调控主题的R包
这是一篇木得感情的测试记录，里面很多细节还没来得及琢磨~~~~~简介主页： https://github.com/aertslab/cisTopiccisTopic——从scATAC-seq数据中同时识别细胞状态和顺式调控主题的R包。cisTopic是一个用于从单细胞表观基因组学数据同时识别顺式调控主题和细胞状态的R Bioconductor package。它依赖于Latent Dirichlet Allocation (LDA)算法，这种算法是一种有效的用于文本挖掘的贝叶斯方法，将相似主题和相关
2020-09-16 14:47:33
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原创 ActivePathways--整合多维组学通路分析
概述功能：ActivePathways可通过集成多个分子数据集和路径注释来提高系统对健康和疾病中细胞组织的理解。软件安装：https://github.com/reimandlab/ActivePathways分析原理：如果想了解更多，可参考这篇文章。输入文件ActivePathways的输入文件只需要两类，一个是p-values（这里的P值可以是差异基因表达、基因必要性、突变或拷贝数变异负荷等的显著性P值）的数值型矩阵（该矩阵不能包含缺失值），另一个文件是一个GMT格式的基因集（作者建议使用G
2020-07-15 11:20:16
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原创 pdfkit selenuim PhantomJS, 将html保存为pdf的几种方法
html to pdf 你都遇到了什么坑？下面简单介绍我接触过的三种方法方法一：pdfkit1. 安装pdfkitpip install pdfkit2. 安装wkhtmltopdfwget https://github.com/wkhtmltopdf/wkhtmltopdf/releases/download/0.12.4/wkhtmltox-0.12.4_linux-generi...
2019-08-30 18:09:55
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原创 图片类型转换：pdf png jpg tif 等图片格式之间的相互转换
linux convert : 图片格式转换轻松搞定注意这种方法是linux 环境下完成的哦安装imagemagick:apt-get -y install imagemagickconvert -version 查看版本安装后可能因为权限问题无法使用，比如出现以下ERROR：ImageMagick not authorized to convert PDF to an image...
2019-08-30 17:03:38
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原创 如何区分PCA PCoA NMDS LDA t-SNE?
如何区分PCA PCoA NMDS LDA t-SNE?简介： 本文介绍PCA PCoA NMDS LDA t-SNE四种降维方法之间的差别，以及应用一、基本概念1. PCAPCA（Principal Components Analysis）即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中；然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差在...
2019-08-30 15:56:48
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原创 python 爬虫之抓取猫眼电影排行榜top100
爬虫：抓取猫眼电影排行榜top100简介： 使用requests 及正则表达式完成 ( python3)import requestsimport refrom requests.exceptions import RequestException ## 用来处理异常import jsonfrom multiprocessing import Pool ##多线程使用headers...
2018-11-23 13:46:50
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原创 R: 使用CHAMP包进行甲基化数据的差异分析(QC, CNV, DMP, DMR等)
CHAMP: 甲基化数据的差异分析本文介绍如何使用CHAMP包对自己的甲基化数据进行分析(QC, CNV, DMP, DMR等)包的安装setwd('E:/wu/R')#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")##if faild, try the follow...
2018-10-29 17:14:16
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原创 R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器
使用R包clusterProfiler 进行富集分析与可视化clusterProfiler官方网址：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.htmlID 转换功能函数：bitr;bitr_kegg功能：实现GeneSymbol, GeneID, Ensembl,UniprotID, nc...
2018-10-25 13:21:07
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原创 使用Cytoscape 的BinGO插件绘制GO通路关系图
Cytoscape：BinGO插件实战绘图目标很多文章中你会看到有下面这种GO通路间关系的网络图，它是怎样绘制的呢？（图片摘自以下文章：https://link.springer.com/article/10.1186/1471-2229-12-222绘图实战步骤Cytoscape 软件的安装首先你需要安装专业绘图软件Cytoscape, 免费下载地址：https://cytosca...
2018-10-12 13:43:11
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原创 使用R包topGO绘制GO有向无环图
GO有向无环图topGO 官方说明链接：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html实战代码##R脚本biocLite("topGO")biocLite("ALL")biocLite('hgu95av2.db')biocLite('Rgraphviz')library(topGO)library...
2018-10-12 13:03:04
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空空如也
空空如也
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