watermel__的博客

人类参考基因中线粒体基因是以“MT-”开头的，而在小鼠中是以“mt-”开头的

目标：想使用cicero计算一下gene activity scores,根据cicero文档https://cole-trapnell-lab.github.io/cicero-release/docs/用这两句命令，安装cicero成功安装，然后按照教程跑pipeline，注意此时安装的cicero支持的是Monocle2版本运行到降维这步的时候，开始报错：后来知道是Monocle2的问题，我的数据集细胞数7万以上，Monocle2跑不了这么大的数据集，我决定安装适配Monocle3版本的ci

SC3 - consensus clustering of single-cell RNA-Seq data这是scRNA-seq聚类方法里面比较经典的聚类方法，在跑数据集的时候，几个一千多个细胞的小数据集没有报错，但是运行一个5000+细胞以上的数据集时，在这步：疯狂报错！！！就很无语，难道这种经典方法我都跑不通嘛！到了推理原因的时刻了First，小数据集上我能跑通，所以问题不是在这个方法上，应该是因为数据集大小的改变，哪些参数不合适了，我去看了SC3的手册：https://bioconducto

之前运行这步的时候报错了如下：后来发现原因是Ubuntu自动把R包更新到4.2版本，但是Rstudio版本没有更新，更新Rstudio即可,更新Rstudio的教程看此教程：。

这个问题真的困扰我许久！今日终于解决！其实非常简单！假如两个服务器上的隧道都是8787映射到8787那登录的网址分别是：http://localhost:8787/http://服务器IP:8787/

因为要使用cisTopic R包，故需要在服务器上配置的RStudio Server上下载该包(github)。https://github.com/aertslab/cisTopicdevtools::install_github("aertslab/cisTopic")library(cisTopic)一开始报错：Could not resolve host: api.github.com解决方法：1 去该网址https://websites.ipaddress.com/输入域名，得到域名