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多模态就是同时测一个细胞的多个信息，多组学是指多个组学，不一定来源于同一细胞

一. 聚类的连接聚类分析用于对细胞进行分组并确定数据集中存在的细胞类型，但是聚类本身并不能告诉我们有关这些组之间如何相互联系的任何信息。在存在多种分化细胞类型的发育背景下，这些关系是令人关注的。 这些关系的某些方面可以从降维空间里聚类的邻近程度或从分配的细胞类型的已知生物学中推断出来，但这主要是基于直觉而不是数据中的信息。在scRNA-seq数据中计算发育轨迹的计算方法一直是早期scRNA-seq生物信息学研究的重点。在之前大部分发育轨迹的的分析中，一般使用Monocle包为细胞构建伪时序。但是，像这样的

假阴性错误（false-negative errors）:高水平的基因可能偶尔没有检测到假阳性错误（false-positive errors）:低水平表达的基因由于扩增偏差，可能显得过于丰富，导致假阳性错误批量效应（batch effect）：当实验设计不当的时，数据结果会显著受到批量效应的影响。批量效应是指在不同条件下测量总体产生不同的性质，且与研究中的生物或者科学变量无关。例如在周一运行一组实验，在周二运行另一组实验，或者两个技术人员负责不同的实验，或者使用两种不同批量的试剂，..

1.checkpoint：细胞周期检查点 （checkpoint）是细胞周期（cell cycle）中的一套保证DNA复制和染色体（chromosome）分配质量的检查机制。是一类负反馈调节机制。当细胞周期进程中出现异常事件，如DNA损伤或DNA复制受阻时，这类调节机制就被激活，及时地中断细胞周期的运行。待细胞修复或排除故障后，细胞周期才能恢复运转。2 .DNAdamage checkpoint：DNA损伤检查点，负责查看DNA有无损伤。3 .DNAreplication checkpoint : DN

PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cellsPAGA：图抽象通过生成单个细胞的拓扑结构并保存其映射来调节聚类和轨迹推断（在保留细胞图谱的基础上，完成细胞轨迹的推断，其实就是统一聚类和轨迹推断的空间结构）F. Alexander Wolf1 , Fiona K. Hamey2, Mireya Plass3,