watermel__的博客

jupyter notebook --ip=0.0.0.0 --allow-root

出现错误的时候，真的烦死了，反复出现：Jupyter |内核似乎已经死了。它会自动重启|(Jupyter | The kernel appears to have died. It will restart automatically |)后来发现：之前已经pip list anndata,后来又conda install anndata,产生了冲突，只要conda uninstall anndata就能立刻解决错误...

1.三元组转换到稀疏矩阵原始文件为三元组import numpy as npimport pandas as pdimport scipy.sparse as spdf=pd.read_csv('/home/***/JupyterNotebook/Multiomics_data/training_data/Final_RNA_sciCAR_A549_gene_count.csv',delimiter=',',engine='python')dflist_row=df['sample_inde

针对之前得到的相关系数矩阵做louvain聚类1.导入包2.读取.csv文件，并把n*n的相关系数矩阵转化成无向图的邻接表形式3.聚类数据集很大，结果很乱，要改进4.只输出需要的类中的细胞编号红圈处是聚类的类别名称。5.完整代码：import numpy as npimport pandas as pdimport networkx as nximport cylouvaingraph = nx.Graph()csv = open("GSE52529_fpkm_matri

 1.利用安装在服务器上jupyter notebook中的R核来执行R代码，要是已经配置好了jupyter notebook一直找不到R核,那就在jupyter notebook安装的环境中进入R环境再次进行配置，详见之前的教程：https://editor.youkuaiyun.com/md/?articleId=115184963 2.导入要使用的基因和细胞关系矩阵，我这里使用的是.csv文件，所以使用read.csv()函数进行读取。 3.因为R中的Peason相关性是针对列与列之间的关系，所以选取需要

1.配置R环境的环境一定是安装jupyter notebook的环境，我是在base环境下安装的jupyter notebook,那就一定要在base环境下执行R的这一系列操作，否则IRkernel::installspec(user=FALSE)执行这条命令的时候，会一直报错Error in IRkernel::installspec() : jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited wit

已经按照教程下载和配置好了jupyter notebook,在此推荐两个不错的教程：https://blog.youkuaiyun.com/qq_39165421/article/details/110874846https://blog.youkuaiyun.com/qq_42137895/article/details/104283459使用后台运行命令：nohup jupyter notebook --port 9999 2>&1 &然后在当前会话属性里面添加转移规则，这里的端口号是之前文件