watermel__的博客

假设对一段2000 bp（G：测序目标区域大小）的目标序列进行单端测序，得到1000条reads（N：读段数目），每条reads 200bp（L：读段长度），测序后把所有的reads比对到目标区域后，若2000bp的目标区域中有1800bp的位置至少有1个read覆盖到，而剩余的200bp没有任何read覆盖到，如果RNA-seq的目标是发现新的稀有的转录本，如noncoding RNA或mRNA新的可变剪接，考虑到这些转录本的低表达和建库方案产生的偏差，估计需要超过400 M reads。

https://blog.youkuaiyun.com/sinat_20177327/article/details/76062030

https://zhuanlan.zhihu.com/p/436711174

The alternative hypotheses：备择假设。The null hypotheses：零假设。

连锁不平衡粗俗的说就是：这几个基因耍流氓，喜欢抱团遗传，不再随机。而连锁不平衡衰减是指在基因组上，随着物理距离的增大，两个连锁的的等位基因的连锁程度不断减小。

单倍型：单倍体基因型的简称。遗传学上指在单条染色体上一系列遗传变异位点的组合。同源染色体：同源染色体，一个来自母本，一个来自于父本。

表达数量位置的基因座，它指的是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白表达水平的区域，其mRNA/蛋白质的表达水平量与数量性状成比例关系。定义：对于多个个体在全基因组范围的遗传变异多态性（SNP）进行检测，获得基因型，将基因型与表型进行统计学分析，根据显著性等关系筛选出最有可能影响该性状的遗传变异，目的是通过这种方法找出与变异相关的基因。eQTL分析的本质是以全部的DNA变异位点为自变量，轮流以每种mRNA表达量为因变量，用大量的个体数据做样本进行线性回归，得到每一个SNP位点和每一个mRNA表达量间的关系。

Genotype Data基因型数据

一、标题写法：例如：二、编辑基本语法1、字体格式强调我们可以使用下面的方式给我们的文本添加强调的效果强调 (示例：斜体)强调 (示例：斜体)加重强调 (示例：粗体)加重强调 (示例：粗体)特别强调 (示例：粗斜体)特别强调 (示例：粗斜体)2、代码3、代码块高亮4、表格 （建议在表格前空一行，否则可能影响表格无法显示）5、列表6、换行（建议直接在前一行后面补两个空格）7、引用

代码】R语言按照指定的顺序对dataframe进行排序。

S100A4(amarkerofmemoryTcells)SELL(amarkerofnaiveTcells）CiteFuseenablesmulti-modalanalysisofCITE-seqdataBioinformatics,2020。

intermediate monocytes : HLA-DR* [1-5] CD74[6]naive CD8 T cells : CCR7[7-8],TCF7[8],LEF1[8]naive CD4 T cells and naive CD8 T cells : CD45RA, CD62L, CD27, CD28, CCR9, CD31 and/or CD103 [9-13]myeloid DC: CST3, HLA-DPA1, HLA-DQB1[14]non-classical monocyt

首推：https://www.genecards.org/其次：https://asia.ensembl.org/index.html

https://www.sigmaaldrich.com/HK/zh/technical-documents/protocol/genomics/advanced-gene-editing/crispr-cas9-genome-editing

1 下载网址：https://cytoscape.org/download.html(windows已经安装了Java8)2 直接安装Cytoscape会报错，去网址https://adoptopenjdk.net/?variant=openjdk11下载openjdk11一路安装即可。3 再次安装Cytoscape还是会报错，但是选择locate,定位到刚刚安装的OpenJDK java的位置C:\Program Files\Eclipse Adoptium\jdk-11.0.13.8

https://zhuanlan.zhihu.com/p/49895905

https://www.jianshu.com/p/0694fcb77157

已经按照教程下载和配置好了jupyter notebook,在此推荐两个不错的教程：https://blog.youkuaiyun.com/qq_39165421/article/details/110874846https://blog.youkuaiyun.com/qq_42137895/article/details/104283459使用后台运行命令：nohup jupyter notebook --port 9999 2>&1 &然后在当前会话属性里面添加转移规则，这里的端口号是之前文件

安装 runipy pip install runipy终端执行ipynbrunipy <文件名称>.ipynb

Next-Generation Sequencing Analysis Resources（高通量测序技术分析资源）Pre-Requisites（基础要求）Intro to R (R简介)Introduction to Linux（Linux简介）Linux Exercise（Linux训练）Nano Tutorials（Linux编辑器 Nano教程）NGS Sequencing Technology and File Formats(高通量测序技术和文件格式)How Se