生信技能36 - 获取染色体短臂、长臂和跨短臂长臂的全部区带列表

已于 2024-01-16 21:44:18 修改
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： python 数据分析
于 2024-01-16 21:00:58 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/135634837
本文介绍了如何使用Python获取染色体CNV区域的区带信息，包括从'p15.32->p15.2'这样的短臂到长臂的全部区带列表，以及直接获取染色体如chr1的所有区带。内容涉及主程序方法和程序调用示例。

如何获取CNV开始位置和结束位置所在的染色体区带，可以参考以下本人文章，本程序涉及的cytoBand.txt与上述文章中cytoBand.txt一致。
生信技能30 - 获取CNV开始位置和结束位置所在的染色体区带

人类染色体的区带命名可以参考以下文章：
人类染色体命名的国际规则 (ISCN)

主程序方法（python）

如输入region = ‘p15.32->p15.2’， 可以输出区域内染色体上全部区带的名称，列表形式返回； 输入chrom = ‘chr1’, 可以返回1号染色体上全部区带的名称，同样以列表形式返回。

# 根据染色体编号和染色体区带获取全部区带列表
def getAllCytoBand(chrom: str
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