用Python做生信分析--环境配置

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分类专栏： python 文章标签： python 开发语言 算法 笔记 c语言
于 2023-12-27 15:44:26 首次发布
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pandas 模块安装方法

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas

在这里插入图片描述在这里插入图片描述

查看pandas是否安装好，以及版本的查看
pip show pandas

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这篇文章的确认方法和步骤更加详细

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numpy 模块安装方法

python -m pip install numpy

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查看numpy是否安装好，以及版本的查看

①进入python后
②import numpy
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biopython模块安装方法

python -m pip --version
查看biopython是否安装好，以及版本的查看

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值得学习：知乎上关于biopython的一篇文章

jupyter-notebook（我比较喜欢用这个写代码

jupyter notebook快捷键

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代谢组数据分析（十五）：基于python语言构建PLS-DA分类预测模型
专注生信领域
07-16 2076
本教程阐述典型代谢组学数据分析工作流程，用于二元分类结果的研究。流程主要步骤如下：首先从 Excel 表格导入代谢物与实验数据，接着基于汇总 QC 进行数据清洗。随后借助主成分分析可视化检查数据质量，再开展两类单变量统计。之后运用偏最小二乘判别分析（PLS - DA）实施多变量分析，此过程涵盖模型优化（对比 R2 与 Q2）、置换测试及明确模型预测指标、确定特征重要性、对模型预测数据进行可视化。最终将统计表格导出至 Excel 表格，完整呈现从数据导入到分析结果输出的全过程。
生信技能3 - 生信流程中python程序的参数解析
LittleComputerRobot的博客
01-17 311
生信流程中python程序的参数解析
用Python实现生信分析——基序（Motif）识别详解
qq_41698317的博客
08-20 4180
在生物信息学中，基序（Motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留，因为它们在生物学功能中起着重要作用。例如，在DNA序列中，基序可能是一个转录因子结合位点；在蛋白质序列中，基序可能是一个具有特定功能的结构域。基序识别是指从一组生物序列中识别出保守的短序列片段，这对于功能预测、基因调控网络分析等研究非常重要。基序识别是生物信息学中的一个重要任务，能够帮助研究人员从序列数据中提取功能性重要的片段。
用Python实现生信分析——隐马尔可夫模型（HMM）在生物信息学中的应用详解
qq_41698317的博客
08-20 2931
隐马尔可夫模型（HMM）在生物信息学中有着广泛的应用，特别是在序列分析、基因预测、蛋白质家族识别等领域。通过使用HMM，我们能够识别和分析生物序列中的保守模式，从而揭示其功能和进化关系。
零基础玩转Python生物信息学：数据分析与算法实现
最新发布
qq_49491645的博客
06-04 1274
Python成为生物信息学首选工具的关键在于其易用性和丰富生态。本文系统介绍了生物信息学中Python的应用优势、环境搭建方法和核心编程技巧。为初学者提供完整开发环境方案。文章详细梳理Python基础语法（变量、流程控制、数据结构）和文件操作，重点推荐Biopython、pandas等专业库，并附有GC含量计算等实用案例。通过环境隔离、包管理和工具链配置建议，帮助读者快速构帮助读者快速构建高效的生物信息分析工作流，为后续高级分析奠定基础。
用python做生信_1 python生信入门
weixin_42453050的博客
02-12 2277
1. 解决的实际问题，计算人类参考基因组hg38每条染色体碱基数据ATCG的比例2. 计算人类参考基因组hg38的外显子区域碱基数量3. 目的是了解基础python语法4. 参考书目：python编程从入门到实践，参考视频资料见最底部打开python3vim 1.txt:wq ##Esc+ ：wq保存退出python3 # 打开python3f = open('./1.txt','r')for ...
生信分析Python编程高级技巧
LittleComputerRobot的博客
09-27 1061
Python处理生信分析流程配置文件4种方法
生信数据分析高效Python代码
LittleComputerRobot的博客
12-07 1085
【代码】生信数据分析高效Python代码。
经验分享｜生信数据分析R和python选哪个？
生信练习生
04-07 915
越来越多新的分析方法都是基于python的，建议R有一定基础的（指熟悉基本操作和常见R包的使用）的同学也尝试使用一下python。简单分享一下刚开始需要学习和注意的点（本人也是刚入门，不是专业的……这里需要注意python版本问题，有些包只在特定的python下才能安装运行，具体看每个包的教程，一般来说按照Tutorial安装都会成功。（3）常见报错的解决方法：这个得具体分析了，我遇到的主要问题还是前期环境配置以及使用过程中文件格式的问题。3.python和R的文件转换。1.python的使用。
用Python实现生信分析——序列比对（Sequence Alignment）详细讲解
qq_41698317的博客
08-17 2627
局部比对（Local Alignment）是指在两条序列中寻找相似的局部区域进行比对。它允许我们在长度不相等或部分相似的序列中找到最相似的片段。局部比对尤其适用于在大多数序列差异较大但在某些部分具有高度相似性的情况下。
python生物信息分析_用python做生物信息数据分析（1-环境准备）
weixin_39549899的博客
12-03 1139
写在前面四五年前，接触生物信息的时候，阴差阳错，我选择用perl。事实上，直到嫌我，我还是认为我当初的选择，完全正确！。在做一些小文本的快速处理上，perl在我看来，从来最优最快当然，进步往往来自于颠覆；如果你不革自己的命，那么自然有人来革了你的命。进入博士课题组之后，我们整体商量，最后定下来，课题组的官方编程语言为Python(当时，我强烈建议使用python)。原因有很多，但是perl毕竟是p...
生信学习--使用circle-map提取eccDNA
m0_63679102的博客
10-04 1474
本文介绍了生信软件Circle-Map的使用，以及在使用过程中遇到的一些问题
生信分析脚本
04-16
RNA数据格式转换脚本 在linux系统上使用python进行RNA数据格式转换
一文解决 | Linux（Ubuntn）系统安装 | 硬盘挂载 | 用户创建 | 生信分析配置
BioinfoDu
07-24 1618
注意：我们文章中只是总结了一部分内容，很多详细的内容，都需要自己有正对性的设置，大家可以尽情地“度娘”。中，@九筒同学的教程，这个教程他在23日刚做了更新，比较全面，我们就直接引用他的教程即可。若是这个教程，无法满足您的需求，那么你也可以继续查找其他的教程，在网上一搜索，会有很多个教程。用户还需要一个密码。是一个用于更改用户密码的命令，或者具有管理员权限的用户可以更改其他用户的密码。对于制作启动盘的工具更多，我们这里只是进行介绍我们本次安装时所使用到的工具，其余的工具，大家可以结合自己实际情况而定。
SCRNA-seq 生信分析的R语言环境搭建
04-28
好的，用户现在想了解如何使用R语言搭建单细胞RNA测序（scRNA-seq）的生物信息学分析环境。首先，我需要回忆之前用户提到的内容。用户之前提到过conda环境搭建... renv::init() # 生成隔离环境配置文件 ``` --- ###
python 生信分析_提速Python！无论生信分析还是数据分析
weixin_39724441的博客
12-21 783
提速Python运算速度对于生物信息来说非常重要，因为大部分情况下，我们需要自己写代码来提取数据和处理格式，再加上生信领域内的原始数据动辄几千万行，最少也得数万行的基因注释，所以最快地拿到想要的结果才是老板们想要的。解释型语言(python,perl等)的平均速度远远不如编译型语言(C,C++,Java等)，但解释型语言胜在语法简单明了，代码量少，效率高，很快能处理数据、分析并得到结果，虽然没法比...
用Python实现生信分析——序列搜索和比对工具详解
qq_41698317的博客
08-19 2006
序列搜索和比对工具在生物信息学中用于在大型序列数据库中搜索与查询序列相似的序列，并进行比对分析。这些工具可以帮助研究人员识别与目标序列相关的已知序列，从而推测其功能、结构和进化关系。：最常用的序列搜索工具，能够快速找到与查询序列相似的序列。FASTA：另一个常用的序列搜索工具，与BLAST类似，但在算法和性能上有所不同。
用Python实现生信分析——序列进化分析详解
qq_41698317的博客
08-22 1709
序列进化分析是生物信息学中的一项核心任务，通过比较不同物种或个体的DNA、RNA或蛋白质序列，研究它们之间的进化关系。序列进化分析可以揭示物种之间的亲缘关系、基因的进化过程、功能保守性等。序列进化分析是理解生物进化和功能保守性的重要工具。通过使用多序列比对和进化树构建，我们可以揭示物种或基因之间的进化关系。在本次讲解中，我们详细介绍了如何使用Biopython和ClustalW进行序列进化分析，并分析了运行结果。
python做生物信息学分析_Python从零开始第五章生物信息学①提取差异基因
weixin_34737066的博客
03-02 4996
目前来说，做生物信息学的人越来越多，但是我觉得目前而言做生信的主要有三类人：老本行是做实验的，做生信可能是为了辅助研究或者是为了发paper(有非常多的临床生选择趟生信这波水)主要是做生信的，主要涵盖高通量测序数据分析，组学数据分析等等，专门从事生物学数据分析的这群人，其大部分也是本科生物狗作为强大的生力军，以调包写R，python为主。那么这群人就要熟悉看各种包的tutorial以及如何进行常规...
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