1. Samtools depth 根据指定bed文件,获取指定区域的覆盖度信息。 # 提取IDT xGen V1 HBA1 exon bed cat xgen-exome-hyb-panel-v1-targets-hg19.bed|grep -w HBA1 > hba.exon.bed # 提取HBA1 外显子的覆盖度 # -b: 提取depth的bed文件 samtools depth -b hba.exon.bed sample.sorted.bam > hba.exon.depth 2. Samtools fastq