生信技能57 - Samtools获取指定外显子区域depth和提取BAM文件序列

1. Samtools depth

根据指定bed文件，获取指定区域的覆盖度信息。

# 提取IDT xGen V1 HBA1 exon bed
cat xgen-exome-hyb-panel-v1-targets-hg19.bed|grep -w HBA1 > hba.exon.bed

# 提取HBA1 外显子的覆盖度
# -b: 提取depth的bed文件
samtools depth -b hba.exon.bed sample.sorted.bam  > hba.exon.depth

2. Samtools fastq