生信技能39 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg38参考序列及其索引

生信与基因组学

已于 2024-06-14 10:56:19 修改

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签：数据分析 python

于 2024-01-26 21:20:58 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/135453519

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本文详细介绍了如何从UCSC下载hg19染色体Fasta序列，通过解压、合并染色体文件及使用bwa构建参考序列索引的步骤，适合生物信息学数据分析。

hg19人类参考基因组的序列和BWA索引构建参考以下文章：
通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg19参考序列及其索引

1. UCSC hg38文件下载

# 染色体序列
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.chromFa.tar.gz
# 染色体长度文件
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.chrom.sizes
# md5校验文件
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/md5sum.txt

# 检查chromFa.tar.gz完整性