使用freesurfer软件parallel并行recon-all

1. 安装parallel

sudo apt install parallel

2. 设置结果输出路径

cd /home/user/test
export SUBJECTS_DIR=`pwd`#保存在当前user的test文件夹下

3. 查看cpu性能，查看电脑逻辑处理器的核数（同时能处理结构像文件的个数，如第4步的num对应，如有20个逻辑处理器，可以--jobs 16）

cat /proc/cpuinfo | grep "processor" | sort -u | wc -l

4. parallel

ls *.nii.gz | parallel --jobs 6 recon-all -s {.} -i {} -all -qcache

# ls *.nii.gz` : 列出所有SubXXX.nii.gz文件
# 列表传递给parallel
# parallel --jobs num` : 使用num个线程进行并行运算
# s {.}: 表示每个数据文件夹命名为sub01.nii
# -i {}: 选项提示使用ls命令的输出作为并行命令的输入
# -qcache 自动高斯平滑
# -threads num, num为线程数

5. 检测cpu温度及运行的进程

sudo apt install lm-sensors


sensors #查看温度

top #查看进程