freesurfer全过程梳理

简介

free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。

为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。

freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作

recon-all过程介绍

-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。

-----我们的输入只需要一个高质量的T1图像

-----首先得到一个去颅骨的大脑mask（右上角为文件名，下同）

-----大脑mask范围内的的大脑被分割

-----估计两个半球的白质和灰质之间的界面位置，这些表面估计值存储在名为 ?h.orig 的文件中。然后更精确的估计为?h.white（白质边界）。然后继续往外拓展得到?h.pial（灰质边界）。

-----进一步膨胀成？h.inflated文件