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易基因科技
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易基因:RRBS及EWAS分析揭示同卵双生子与肾小球滤过率相关的DNA甲基化位点|疾病研究
近日,青岛大学公共卫生学院张东峰教授团队通过简化基因组重亚硫酸盐测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)和表观基因组关联研究(EWAS),分析了中国同卵双生子的DNA甲基化图谱,寻找与估算eGFR相关的甲基化位点和区域,并探讨了其因果关系。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度,在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率,是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。原创 2025-03-25 10:34:33 · 583 阅读 · 0 评论 -
易基因:WGBS+ChIP-seq技术揭示Cdx2转录因子在发育与稳态中的动态结合机制|NC/IF14.7
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。Cdx2是一个关键的转录因子,在小鼠肠道上皮细胞的发育过程中起着决定性的作用。它在胚胎期和成年期的肠道上皮细胞中都有表达,但其结合的基因组位点在发育和成年期有所不同。DNA甲基化是一种表观遗传修饰,通常与基因沉默相关。然而,某些转录因子(如Cdx2)可能更倾向于结合甲基化的DNA序列。转录因子通过结合发育阶段特异性的靶点并建立合适的增强子景观来引导组织发育。而DNA序列和染色质修饰会指导转录因子的基因组结合。原创 2025-03-20 09:44:30 · 852 阅读 · 0 评论 -
易基因:宏基因组学揭示猪粪与土壤中抗菌药物抗性基因与金属抗性基因的共存及共选择机制|项目文章
图3:在新鲜粪便(A)、沉积物(B)和土壤(C)中,抗菌药物抗性基因(ARGs)、金属抗性基因(MRGs)、可移动遗传元件(MGEs)和金属之间的网络分析。不同颜色的节点分别代表抗菌药物抗性基因(ARGs,红色)、金属抗性基因(MRGs,粉色)、可移动遗传元件(MGEs,绿色)和金属(蓝色)。节点的大小与节点之间的连接数量成正比。金属污染可能作为选择因子促进抗菌药物抗性的传播,尤其是在金属和抗菌药物负担较高的环境中,抗菌药物抗性基因(ARGs)和金属抗性基因(MRGs)的共选择已被证实。原创 2025-03-18 10:06:14 · 1598 阅读 · 0 评论 -
易基因:中农大曾祥芳团队WGBS+ChIP-seq揭示蛋氨酸在母胎免疫耐受和子宫内膜容受中的表观调控机制|Cell Rep
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。母胎免疫耐受是指母体免疫系统对胎儿抗原的耐受,避免对胎儿产生免疫排斥反应。子宫内膜容受性是指子宫内膜接受胚胎着床的能力。子宫内膜容受性和母胎免疫耐受是成功妊娠的两个关键过程。然而,营养所涉及的分子机制尚未被充分研究。蛋氨酸(methionine)是一种必需氨基酸,在甲基化、抗氧化、多胺合成和免疫调节中发挥重要作用。已有研究表明,蛋氨酸代谢紊乱可能导致胚胎发育障碍和生殖性能下降。原创 2025-03-11 09:47:57 · 562 阅读 · 0 评论 -
易基因:微量WGBS+ACE-seq揭示卵巢早衰的人卵丘细胞DNA甲基化与羟甲基化表观基因组图谱|项目文章
研究结果显示,POI患者的甲基化和羟甲基化水平显著升高,全基因组范围内表现出显著高甲基化和高羟甲基化区域,其中Genebody(基因体)区域的甲基化水平与基因表达呈负相关,尤其是在启动子区域。研究通过单碱基分辨率的DNA甲基化组和DNA羟甲基化组分析,探讨了POI患者人卵丘细胞(cumulus cells)的表观基因组特征,并进一步揭示这些表观遗传修饰变化与POI相关基因、卵巢功能基因以及表观遗传时钟基因的相关性。研究发现,POI患者的羟甲基化水平在某些区域显著升高,可能与基因表达的调控有关。原创 2025-02-18 10:14:09 · 663 阅读 · 0 评论 -
易基因:MeRIP-seq揭示METTL3-METTL14特异性重编程m6A RNA甲基化修饰并促进肿瘤进展|Sci Adv
E. RNA(粉色)的模型,包含待甲基化为m6A的腺苷(Ade)和下一个核苷酸,与WT METTL3(绿色或浅蓝色)和METTL14WT(橙色)或METTL14R298P(灰色)复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方(总数,黑色字体),而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方(特有,红色字体)。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks(图2A)和一个较高的m6A峰(相对EGFP的前5%)(图2C)的基因(n=258)进行的GO分析。原创 2025-02-11 10:10:20 · 346 阅读 · 0 评论 -
易基因:MeRIP-seq揭示METTL3-METTL14特异性重编程m6A RNA甲基化修饰并促进肿瘤进展|Sci Adv
E. RNA(粉色)的模型,包含待甲基化为m6A的腺苷(Ade)和下一个核苷酸,与WT METTL3(绿色或浅蓝色)和METTL14WT(橙色)或METTL14R298P(灰色)复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方(总数,黑色字体),而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方(特有,红色字体)。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks(图2A)和一个较高的m6A峰(相对EGFP的前5%)(图2C)的基因(n=258)进行的GO分析。原创 2025-02-11 10:06:00 · 964 阅读 · 0 评论 -
易基因:中国科学院孔庆鹏团队利用WGBS揭示长寿男性特有的DNA甲基化修饰机制/表观遗传时钟|Cell Rep
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。男性通常比女性寿命短,但长寿男性(long-lived men,LLMs)往往表现出更好的健康状态,包括良好的身体表现和较低的癌症风险。这种现象表明男性可能存在一种特定的长寿策略。DNA甲基化作为一种表观遗传修饰,在基因转录调控中起着重要作用,并与衰老和年龄相关疾病密切相关。已有研究表明,DNA甲基化在人类长寿中发挥重要作用,且两性之间存在甲基化模式差异,这可能与人类寿命的性别差异有关。原创 2025-02-06 11:38:25 · 965 阅读 · 0 评论 -
易基因:RRBS揭示中药材滇重楼DNA甲基化变化及花粉调控种子休眠的表观遗传机制|项目文章
测序分析结果显示,经过4°C低温处理的花粉(4-H)和25°C处理的花粉(25-H)分别产生46.68 Gb和34.22 Gb的数据,而经过-85°C处理的种子(85-Z)和4°C处理的种子(4-Z)分别产生71.76 Gb和74.4 Gb的数据(表1)。研究人员结合RNA测序(RNA-seq)和简化基因组DNA甲基化测序(RRBS)技术,分析了花药开裂和闭合过程中花粉和种子的基因表达谱以及甲基化变化,并研究了低温处理后的影响。酶1(enzyme1):NADH-泛醌氧化还原酶链5;酶2:质膜ATP酶4;原创 2025-01-23 10:43:13 · 979 阅读 · 0 评论 -
易基因:ACE-seq助力开发EDD-5hmC检测新技术 用于疾病诊断研究中精准定量5-羟甲基胞嘧啶|项目文章
本研究建立了一种靶向片段特异性DNA序列的5hmC定量方法,该方法具有极高的特异性、高灵敏度和临床适用性——EDD-5hmC检测法,该方法通过酶切富集糖基化的5hmC,然后利用APOBEC(载脂蛋白B mRNA编辑催化多肽样)介导的脱氨基作用,有效区分各种胞嘧啶(C)修饰状态,实现了极高特异性的5hmC定量,使非特异性扩增减少8M倍。(2)利用A3A酶特异去除C和5mC的氨基,使其转变成U,而5hmC保持为C,从而将5hmC和C/5mC区分开来。原创 2025-01-22 09:47:42 · 1060 阅读 · 0 评论 -
易基因:微量转录组测序揭示槟榔碱、咖啡因和尼古丁对神经系统转录水平的作用|项目文章
槟榔、咖啡和烟草的主要活性成分分别为槟榔碱(arecoline)、咖啡因(caffeine)和尼古丁(nicotine),这些物质通过影响中枢神经系统产生不同的生理效应,但目前对其神经机制的研究有限,尤其是它们对神经系统的相似性和差异性尚不清楚。本研究通过微量转录组测序(Smart-seq2)分析等揭示了槟榔碱、咖啡因和尼古丁均能影响小鼠NAc的基因表达,但它们的作用机制和对神经系统的潜在成瘾性存在差异。C-E. 槟榔碱(C)、咖啡因(D)和尼古丁(E)组中富集的关于神经系统和物质依赖通路;原创 2025-01-16 10:15:51 · 961 阅读 · 0 评论 -
易基因:基于dRRBS技术的精液DNA甲基化年龄预测:全基因组标记鉴定和模型开发|项目文章
本研究表明dRRBS在大规模AR-CpG发现中的实用性,并为法医学应用提供了一个稳健的年龄估计模型和一个全面的精液特异性AR-CpG位点参考数据库。DNA甲基化(DNAm)在特定CpG位点上的5-甲基胞嘧啶(5mC)比例随年龄而显著变化,因此DNA甲基化是法医学中估计个体年龄的关键分子标记,然而,基于年龄相关CpG位点(AR-CpG)DNA甲基化标记的年龄预测模型在不同细胞类型和组织中的表现不一致,尤其是精子发生过程中独特的甲基化模式,导致体细胞模型在精液中的表现不佳。原创 2025-01-15 10:18:18 · 819 阅读 · 0 评论 -
易基因:关于用于干预研究的衰老生物标志物的专家共识声明 含DNA甲基化/表观遗传时钟
这些生物标志物在第二轮中由小组评估,包括:生理(胰岛素样生长因子1(IGF-1)、生长分化因子-15(GDF15)、葡萄糖、糖化血红蛋白(HbA1c)、胆固醇)、炎症(高敏C反应蛋白(hsCRP)、白细胞介素-6(IL-6))、功能(肌肉质量、肌肉力量、握力(HGS)、起立行走测试(TUG)、步速、站立平衡测试(SBT)、虚弱指数、认知健康、血压)以及遗传/表观遗传(端粒长度、DNA甲基化、表观遗传时钟)领域。(如肌肉质量、肌肉力量、握力、起立行走测试、步速、站立平衡测试、虚弱指数、认知健康、血压)和。原创 2025-01-09 10:01:19 · 1081 阅读 · 0 评论 -
2024项目文章精选:DNA甲基化、RNA甲基化(m6A/m5C)、ChIP-seq、单细胞转录组、宏基因组|年终盘点
原文解读:2024项目文章精选:DNA甲基化、RNA甲基化(m6A/m5C)、ChIP-seq、单细胞转录组、宏基因组|年终盘点2024年,易基因参与技术服务的研究成果层出不穷,涵盖DNA甲基化、RNA甲基化(m6A/m5C)、DNA与蛋白互作(ChIP-seq)、单细胞转录组、宏基因组等组学,小编精选几篇不同方向的论文与您一起来回顾。期刊:Cell Death & Differentiation 影响因子: IF 13.7 样本:小鼠 细胞本研究通过简化基因组甲基化测序(RRBS)和对应的转录组测序(RN原创 2025-01-07 10:00:14 · 1065 阅读 · 0 评论 -
易基因: Nature子刊:RRBS等揭示IDH1-R132H突变通过DNA甲基化加剧顺铂诱导肾毒性|项目文章
本研究结果表明IDH1-R132H突变通过增加Ndufa1启动子甲基化,抑制NDUFA1转录和表达,破坏NDUFA1与FSP1互作,从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将CoQ还原为CoQH2的能力,导致ROS和脂质过氧化物积累,进而加剧顺铂诱导的氧化损伤和铁死亡在肾小管上皮细胞中的发生。H. MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测Ndufa1和Ndufa1+/+-/-肾小管细胞的MitoROS生成、ROS产生和脂质ROS水平,显示Ndufa1缺失加剧了顺铂诱导的肾小管损伤。原创 2025-01-06 09:52:14 · 1106 阅读 · 0 评论 -
易基因: MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品种猪肌肉发育的m6A RNA甲基化差异|育种研究
联合分析MeRIP-seq和RNA-seq数据,鉴定出27个差异表达且m6A修饰基因,其中WFS1基因在LW和NX猪中通过m6A修饰被差异调控。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。原创 2025-01-02 10:46:24 · 1030 阅读 · 0 评论 -
易基因:单细胞WGBS揭示母源蛋白Pramel15调控早期胚胎发育的DNA甲基化重编程机制|NC/IF 14.7
近日,中国科学院生物物理研究所朱冰和张珠强团队共同研究发现,母源蛋白Pramel15通过泛素-蛋白酶体通路系统靶向DNA甲基转移酶1(DNMT1)进行降解,调节其在早期胚胎细胞核中的DNA甲基化水平,影响DNA去甲基化过程。KO,n=45)、2细胞胚胎(2C)(WT,n=67;b. 高含量图像显示有无Pramel15-mCherry诱导的DNMT1-GFP水平,通过多西环素(Dox)处理48小时(左),箱线图显示DMSO组(n=3973)和Dox组(n=3109)的统计结果(右)。进行三次生物学重复。原创 2024-12-31 10:49:39 · 671 阅读 · 0 评论 -
易基因: BS+ChIP-seq揭示DNA甲基化调控非编码RNA(VIM-AS1)抑制肿瘤侵袭性|Exp Mol Med
运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化和文库构建,然后进行高通量测序,通过将获得的数据与参考基因组精确比对,研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系,也可对多个样品进行差异比较。a-b. RIP-qPCR实验显示,在HUH1细胞中VIM-AS1过表达(a)和在THLE2细胞中VIM-AS1敲低(b)后,VIM-AS1和EPHA3 mRNA对IGF2BP1的结合亲和力。原创 2024-12-27 09:46:15 · 1341 阅读 · 0 评论 -
易基因:上海交大王琼团队揭示TGFβ-Smad信号通路和DNA甲基化在调控胚胎干细胞命运中的作用|NC
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。TGF-β超家族包括TGFβ、Activin、Nodal、BMPs等,通过受体丝氨酸/苏氨酸激酶传递信号,对细胞生长、分化、组织再生和癌变至关重要。Smad2和Smad3(Smad2/3)在TGFβ激活后被磷酸化,形成三聚体,可以与共同介质Smad4结合或不结合。原创 2024-12-03 10:02:05 · 957 阅读 · 0 评论 -
易基因:河大蒋建军教授BS-seq揭示底物特异性和蛋白稳定性促进植物特异性DNA甲基转移酶分化|Sci Adv
线上的数字表示域之间的氨基酸数量。”的研究论文,揭示了底物特异性和蛋白质稳定性如何驱动植物特异性DNA甲基转移酶分化,特别是CMT2和CMT3在进化过程中的底物特异性分化,阐明了CMT2和CMT3产生功能分化的表观遗传调控机制。H. 野生型(CMT2)和N端转换的CMT2(CMT3N-CMT2ΔN)转基因系在A. thaliana cmt2突变体中的蛋白水平免疫印迹。B. CMT2和CMT3之间的蛋白质序列同一性(左图)以及在开花植物中与+2鸟嘌呤(G+2)接触的残基和CMT2中的相应残基(右图)。原创 2024-11-26 10:53:33 · 886 阅读 · 0 评论 -
易基因:转录因子Pax5在多西紫杉醇耐药性神经内分泌样前列腺癌中的表观调控作用|Cell Death Dis
为鉴定可能对促进t-NEPC中神经特征基因表达重要的转录因子(TF),研究在NE样细胞系模型中进行了ATAC-Seq、乙酰化组蛋白ChIP-seq和RNA-seq测序,并分析了转录活跃且显著富集的神经内分泌样(NE样)癌特异性基因的启动子。研究团队通过分析患者基因表达数据库,并通过ATAC-Seq、乙酰化组蛋白ChIP-seq和RNA-seq等测序分析,探讨了Pax5作为转录因子在t-NEPC中的作用,以及其在神经内分泌样特征基因表达中的重要性。所有这些细胞系的RNA表达分析在RNA-seq之后进行。原创 2024-11-25 10:37:28 · 894 阅读 · 0 评论 -
易基因:动态RNA甲基化修饰及其在哺乳动物发育和疾病中的调控作用|中科院杨运桂团队综述
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。在已鉴定的170多种RNA核苷酸碱基的化学修饰中,RNA甲基化是存在于几乎所有类型RNA上的的主要表观转录修饰类型,并已被证明参与RNA代谢的整个过程,包括转录、 pre-mRNA可变剪切和成熟、mRNA出核、mRNA降解和稳定、mRNA翻译。由于高通量检测技术发展以及动态调控因子和识别蛋白的鉴定,RNA甲基化修饰在调控生物体正常发育以及RNA甲基化失调时各种疾病发生和发育异常的机制已越来越清晰。中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)杨运原创 2024-11-19 09:46:15 · 1072 阅读 · 0 评论 -
易基因:Nature:WGBS揭示最全正常人类细胞类型的综合DNA甲基化图谱
接下来研究以细胞类型特异性方式差异甲基化的基因组区域,作者将205个样本分为39种特定细胞类型,每种细胞类型的前25个差异性未甲基化区域构成了一个包含1246个标记的人类细胞类型特异性甲基化图谱(图3)。本研究的图谱最有前景的用途可能是混合细胞类型样本的片段级去卷积,允许在癌症和其他疾病患者的血浆中高灵敏度的鉴定cfDNA的起源组织。研究人员在特定细胞类型中鉴定差异甲基化区域,以揭示细胞类型特异性的生物过程,定义细胞身份,并促进甲基化生物标志物的发展,以鉴定循环cfDNA片段的细胞起源。原创 2024-11-12 10:36:04 · 371 阅读 · 0 评论 -
易基因:Cell子刊/IF14:表观基因组-微生物组轴揭示肠道菌群的宿主调控|深度综述
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。肠道菌群(gut microbiome)是影响宿主基因表达的表观遗传效应因子。最近的研究表明,宿主能够通过表观遗传变化影响其肠道菌群,包括影响免疫基因的宿主基因表达、肠道屏障功能以及通过非编码RNA的组蛋白和DNA修饰。对宿主生物的表观遗传修饰与其相关肠道菌群构成或活性之间的动态互作研究表明,宿主有机会通过导致基因表达和非编码RNA活性变化的表观遗传改变来塑造其微生物组。本文利用微生物组诱导的表观遗传变化,综述了宿主表观遗传调控其肠道菌群的潜力,原创 2024-11-08 10:06:01 · 1412 阅读 · 0 评论 -
易基因: RNA-BS揭示动物不同发育阶段的mRNA m5C甲基化图谱和调控机制|Nat Commun
表中将高甲基化DMRs和上调DEmiRs相关的下调基因显示为红色,将低甲基化DMRs和下调DEmiRs相关的上调基因显示为蓝色,将高甲基化DMRs和下调DEmiRs相关的上调基因显示为绿色,将低甲基化DMRs和上调DEmiRs相关的下调基因显示为橙色。易基因提供全面的表观基因组学(DNA甲基化、DNA羟甲基化)和表观转录组学(m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C)、染色质结构与功能组学技术方案(ChIP-seq、ATAC-seq),详询易基因:0755-28317900。原创 2024-11-05 14:53:14 · 1128 阅读 · 0 评论 -
易基因: RNA-BS揭示动物不同发育阶段的mRNA m5C甲基化图谱和调控机制|Nat Commun
从无脊椎动物到人类的谱系,观察到两波m5C调控创新:更高等动物在mRNA的5'端获得由NSUN2介导的顺式m5C位点,同时伴随着更具结构化的5'UTR区域的出现;为了克服这一挑战,2019年研究人员基于富集mRNA的RNA亚硫酸盐测序(BS-seq)可以稳健的鉴定和定量分析mRNA m5C位点。为理解mRNA m5C的分布、功能和进化,中山大学张锐、徐艳文、周灿权团队和浙江大学戈万忠团队利用RNA-BS测序技术对6个动物物种样本进行分析,以构建不同发育阶段的mRNA m5C的定量图谱。原创 2024-11-05 13:56:34 · 510 阅读 · 0 评论 -
易基因:Aging Cell/IF8:卵巢发育和衰老的m6A 甲基化揭示RNA稳定性和染色质状态调控
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。卵巢是女性重要的生殖器官,也是最早表现出衰老迹象的器官之一,通常在35岁左右开始,卵巢衰老(ovarian aging,OA)是导致与年龄相关的不孕问题的重要因素,包括卵泡数量和卵子质量的逐渐下降,对女性生育能力构成威胁。m6A是一种普遍存在的RNA表观遗传修饰,已在多种生理和病理背景下显示出重要作用。m6A与组蛋白修饰之间的调控机制以及m6A在卵巢发育和衰老中的作用尚不清楚。原创 2024-10-29 09:59:54 · 947 阅读 · 0 评论 -
易基因:Nat Commun:ATAC-seq等揭示恒河猴大脑高分辨率解剖区域的转录组和开放染色质图谱
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。真核生物的DNA并不是裸露的,而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。原创 2024-10-24 10:42:57 · 934 阅读 · 0 评论 -
易基因:癌症中的cfDNA羟甲基化:检测方法及临床应用 | 精准医学
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。在精准肿瘤学时代,异常的遗传和表观遗传学变化鉴定促进了癌症诊断、管理和治疗方式的改变。DNA羟甲基化(5-羟甲基胞嘧啶,5hmC)是一种新兴的表观遗传修饰,由TET酶通过氧化5-甲基胞嘧啶(5mC)形成。DNA羟甲基化表现出组织和癌症特异性模式,在DNA去甲基化和基因调控中至关重要。5hmC检测方法的最新进展,以及在游离细胞DNA(Cell-Free DNA,cfDNA)中鉴定5hmC,表明了游离细胞5hmC作为癌症生物标志物的潜力。本文探讨了D原创 2024-10-22 09:44:20 · 1198 阅读 · 0 评论 -
易基因:MeRIP-seq等揭示m6A RNA甲基转移酶METTL3抑制剂在体内和体外抑制前列腺癌进展 | 医学研究
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。前列腺癌(Prostate cancer,PCa)是全球男性中最常见的恶性肿瘤之一,也是导致男性癌症死亡的第二大原因。尽管雄激素受体(Androgen receptor,AR)信号通路在前列腺癌进展中至关重要,但长期雄激素剥夺治疗(androgen deprivation therapy,ADT)最终会失败,导致致命的去势抵抗性前列腺癌(CRPC)。目前,AR靶向治疗的抗性导致前列腺癌的治疗仍存在挑战,寻找新的治疗靶点变得尤为重要。原创 2024-10-15 10:51:17 · 969 阅读 · 0 评论 -
易基因:J Hazard Mater/IF12.2:RRBS揭示农药诱导胰腺全基因组DNA甲基化跨代改变与代谢表型相关
本研究表明,发育过程中暴露于一定浓度的抗雄激素类除草剂Linuron后,会诱导雄性传递的胰腺DNA甲基化模式的跨代改变。在关键代谢基因中检测到差异甲基化区域(DMRs),包括重要的2型糖尿病标记物(tcf7l2和adcy5)、胰腺导管腺癌(plec)以及调控钙信号的基因,这些基因可以影响胰腺的外分泌和内分泌功能。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度,在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率,是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。原创 2024-10-11 10:33:59 · 1061 阅读 · 0 评论 -
易基因: Nat Commun:中南大学曾朝阳/熊炜/龚朝建团队利用ChIP-seq等揭示头颈鳞癌免疫逃逸机制|项目文章
DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。总之,本研究展示了HPV通过circE7驱动的表观遗传修饰促进HNSCC免疫逃逸机制,并提出了联合使用抗PD-1和抗TIM-3抑制剂的HNSCC潜在免疫治疗策略,这种联合治疗选择可以增强HNSCC免疫疗法的效果,为头颈鳞癌免疫治疗提供了新靶点和潜在治疗策略。CAL27和HN30细胞进行circE7过表达,或SCC090和SCC154细胞circE7敲低,然后与人原代T细胞共培养6小时,加入5μg/mL抗PD-1或抗PD-1/TIM-3。原创 2024-10-09 10:43:38 · 1012 阅读 · 0 评论 -
易基因: cfMeDIP-seq揭示cfDNA甲基化高效区分原发性和转移性前列腺|Nat Commun
最近,细胞游离甲基化DNA免疫沉淀与下一代测序(cfMeDIP-seq)的发展为分析cfDNA甲基化组提供了一种有效的方法。易基因提供全面的表观基因组学(DNA甲基化、DNA羟甲基化)和表观转录组学(m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C)、染色质结构与功能组学技术方案(ChIP-seq、ATAC-seq),详询易基因:0755-28317900。F-H. TCGA(F)、CPGEA(G)和WCDT(H)队列中高GR-DMR甲基化组中下调基因的生物学过程(BP)的基因本体(GO)富集分析。原创 2024-10-08 11:42:44 · 1480 阅读 · 0 评论 -
易基因:eLife:早期中度产前酒精暴露(PAE)和母体饮食介导子代DNA甲基化变化 | WGBS研究
为研究早期中度PAE和富含甲基供体(HMD)饮食在妊娠期间对子代DNA甲基化和行为结果的影响,作者采用包含四个处理组的小鼠模型(H2O-NC组、PAE-NC组、H2O-HMD组、PAE-HMD组),旨在评估酒精暴露与对照组小鼠相比对子代DNA甲基化的影响(图1)。与正常食物(NC)相比,HMD与运动活性增加相关,这通过非配对t检验在(a)开放场测试(N=104)、(b)物体识别测试(N=108)、(c)高架十字迷宫测试(N=88)和(d)物体位置测试(N=98)中显著增加的总行进距离来表明。原创 2024-09-26 10:32:20 · 978 阅读 · 0 评论 -
易基因:N6-甲基腺苷(m6A)修饰在家畜生长发育和繁殖性状中的调控作用研究进展 | 全面综述
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。通过甲基转移酶对真核RNA的N6-甲基腺苷(m6A)进行可逆调控是影响RNA代谢的一种重要表观遗传事件。因此,m6A甲基化在调控动物生长、发育、繁殖和疾病进展中发挥着至关重要的作用。本文回顾了m6A甲基化修饰的最新研究进展,并讨论了其在家畜生长、发育和繁殖性状中的调控作用,展望了m6A甲基化修饰在塑造经济重要性状中的研究前景。m6A的基本调控机制m6A修饰是一种常见的RNA修饰类型,其可以改变RNA分子的化学属性和空间结构,从而影响其功能性。m6原创 2024-09-24 15:34:39 · 940 阅读 · 0 评论 -
易基因:组学研究:MeRIP-seq等揭示m6A甲基化及调控因子在食管胃结合部腺癌(AEG)中的作用和调控机制
(K-L) 流式细胞术分析显示IGF2BP3-KD OE-19 (K) 和 SK-GT4 (L) 细胞在sub-G0-G1期、S期和G2-M期细胞周期阶段的百分比(n = 3)。(G-H) RIP-qPCR显示转染了FTO和ALKBH5的dm6ACRISPR系统的OE-19细胞中CDC25A 3' UTR的m6A修饰(G)和IGF2BP3(H)的富集。(C-D) IGF2BP3-KD OE-19 (C) 和 SK-GT4 (D) 细胞在未涂层Transwell实验中的定量分析(左)和代表性显微照片(右)。原创 2024-09-20 10:36:10 · 1196 阅读 · 0 评论 -
易基因:单细胞甲基化+转录组多组学分析揭示哺乳期母体低蛋白饮食对子代的跨代传递|项目文章
Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。的研究成果,该研究使用母体哺乳期低蛋白饮食(LPD)的小鼠模型,研究LPD饮食如何通过卵母细胞的DNA甲基化变化及其基因调控等表观遗传影响子代的生存、生长、繁殖能力以及代谢健康,并探讨其跨代传递的潜在机制。原创 2024-09-19 10:23:39 · 1219 阅读 · 0 评论 -
易基因:Adv Sci:ACE等揭示产前不良环境暴露通过DNA羟甲基化变化介导子代自闭症|国人佳作
最后线粒体α-酮戊二酸(α-KG)合成的关键酶IDH2和TET酶的辅因子α-KG,在1-NP组的胎儿前脑中减少(图7M–O)。分析α-KG对1-NP引起的中间神经元迁移相关基因表达减少的影响(图8G–I),结果表明,妊娠期间补充α-KG缓解了1-NP在胎儿前脑中引起的Sema3F、Nrg1和Erbb4减少(图8G–I)。此外,研究还表明补充α-酮戊二酸(α-KG,TET酶的辅因子),可以逆转1-NP诱导的中间神经元迁移相关基因特定位点的低羟甲基化,缓解中间神经元迁移延迟并改善由1-NP引起的自闭症。原创 2024-09-11 11:25:52 · 1239 阅读 · 0 评论 -
易基因:Exp Mol Med:ChIP-seq等揭示Foxo1-YAP-Notch1轴在疾病进展中的表观调控作用——重编程STING介导的先天免疫
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。非酒精性脂肪性肝炎(nonalcoholic steatohepatitis,NASH)是一种慢性肝脏疾病,其特征是肝脏中脂肪积累、炎症和纤维化。干扰素基因刺激因子(stimulator of IFN genes,STING)是一种细胞质DNA传感器,与NASH中的炎症激活有关。先天免疫激活对于NASH进展期间引发肝脏炎症至关重要,然而免疫调节分子如何识别脂肪生成、纤维化和炎症信号的机制尚不清楚。原创 2024-08-27 10:17:52 · 1238 阅读 · 0 评论 -
易基因:MeRIP-seq+RNA-seq揭示家禽(鸡)脂肪沉积中的m6A RNA甲基化调控机制|项目文章
将6只100日龄的雌性三黄鸡根据腹部脂肪比例被分为高脂组(n=3)和低脂组(n=3),并对其腹部脂肪组织进行MeRIP-seq和RNA-seq分析。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。原创 2024-08-01 13:58:46 · 842 阅读 · 0 评论