E_gene的博客

本研究对人HeLa（宫颈腺癌），HepG2（肝细胞癌）和HEK293（胚胎肾）细胞系（ATCC）和原代小鼠胚胎成纤维细胞（MEF）（C57BL / 6，ATCC）进行基于抗体富集的RNA甲基化免疫沉淀测序（MeRIP-seq），在转录组范围定位m1A位点，并将其与Dimroth重排反应进行耦联以获得高分辨率m1A图谱。本研究通过RIP-seq鉴定SRSF6调控的可变剪切（AS）及其结合位点，揭示SRSF6在CRC样本中上调，并与不良预后相关，在体外和体内促进增殖和转移。m5C MeRIP-seq等。

与传统亚硫酸盐测序（BS-Seq）不同，ACE-seq不依赖于亚硫酸盐处理，而是通过酶促脱氨反应来区分未修饰的胞嘧啶（C）和5-甲基胞嘧啶（5mC），同时保护5hmC不被转化为尿嘧啶。此研究通过结合cfMeDIP-seq技术和机器学习，分析了215例样本的cfDNA甲基化组，包括患有肝癌或脑癌的个体样本（实验组）以及无癌症个体样本（对照组）。细胞游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）是指在生物体的体液中（如血浆、尿液、脑脊液等）自由存在的、非细胞内的DNA片段。

该研究通过全外显子组测序（WES）、简化基因组甲基化测序（RRBS）+氧化简化基因组甲基化测序（oxRRBS）及对应的转录组测序（RNA-seq）等多组学方法揭示了原发性和复发性膀胱癌的基因组、转录组、DNA甲基化组和羟甲基化组图谱，并鉴定出用于预测PD-L1表达的生物标志物。这种方法允许对cfDNA中的5hmC进行精确的定位和定量分析。右图：在1、3、7和10个传代的原始条件和4CL原始条件下培养的ESC，在不同基因组区域，原始多能基因，原始多能性位点以及印记基因启动子区域的DNA甲基化水平[2]

此外，Vpr还表现出降低组蛋白基因甲基化水平的特异性功能。研究对感染了HIV-1-Vpr或HIV-1-△Vpr的原代CD4+ T细胞进行基于单碱基分辨率的全基因组亚硫酸盐测序（WGBS），以分析Vpr在DNA甲基化变异中的作用。B-G. IGV基因组浏览器可视化HIV-1-∆Vpr和HIV-1-Vpr感染中CD19或MS4A1基因（B）、CD4或CD8A基因（C）、TGFB1或CD40基因（D）、ZNF683或JAK3基因（E）、CTCF或BATF基因（F）、RUNX1或PAX5基因（G）的WGBS数据。

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。真核生物的DNA并不是裸露的，而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。的研究成果，该研究使用母体哺乳期低蛋白饮食（LPD）的小鼠模型，研究LPD饮食如何通过卵母细胞的DNA甲基化变化及其基因调控等表观遗传影响子代的生存、生长、繁殖能力以及代谢健康，并探讨其跨代传递的潜在机制。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在早期哺乳动物胚胎中，线粒体氧化代谢增强是着床后生存和发育的重要特征；着床前期的线粒体重塑是正常胚胎发生的关键事件。在这些变化中，氧化磷酸化（OXPHOS）增强对于支持着床后胚胎的高能量需求至关重要，但线粒体氧化代谢的增强，同时也导致线粒体内大量ROS的积累，由此产生的线粒体氧化应激会破坏早期胚胎线粒体DNA（mtDNA）稳定性。

NOD小鼠泪腺中上调的Itgal、Icosl、Vav1和Irf4基因与T细胞介导的免疫反应密切相关，可能在SS相关干眼症的发病机制中发挥重要作用。本研究研究结果揭示了T细胞免疫相关基因的表观遗传调控在SS相关干眼症进展中的关键作用，并表明了DNA甲基化调控基因如Itgal、Vav1、Irf4和Icosl可能作为SS相关干眼症治疗的新靶点。(G) 与对照组4周龄小鼠相比，SS相关干眼症NOD小鼠Icosl（n=3）、Irf4（n=3）、Vav1（n=3）和Itgal（n=3）基因的MSP表征。

将6只100日龄的雌性三黄鸡根据腹部脂肪比例被分为高脂组（n=3）和低脂组（n=3），并对其腹部脂肪组织进行MeRIP-seq和RNA-seq分析。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

将6只100日龄的雌性三黄鸡根据腹部脂肪比例被分为高脂组（n=3）和低脂组（n=3），并对其腹部脂肪组织进行MeRIP-seq和RNA-seq分析。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。单细胞及微量样本的DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术。传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。易基因建立了一系列微量及单细胞甲基化检测方法，可对于不同项目需求，个性化提供检测方案，在全基因组、简化基因组、靶基因等范围开展甲基化检测。

RNA-BiS-Seq和RNA-Seq的综合分析表明，与对照组相比，NSUN2基因敲除CRC细胞中ENO1的m5C甲基化和mRNA水平显著降低（图3G）。RT-qPCR分析和Western Blot分析结果表明，NSUN2敲低和基因敲除显著降低了CRC细胞中ENO1 mRNA（图3H）和蛋白水平（图3I），而NSUN2过表达则结果相反（图3H、I）。同样的，在AOM/DSS诱导的Nsun2+/+小鼠中观察到的组织学异常中ENO1的水平也高于Nsun2-/-小鼠（图3P）。

本研究揭示了c-di-AMP与感应N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）调节因子DasR的结合，表明c-di-AMP和GlcNAc信号之间存在直接关联。GlcNAc不仅在细胞表面结构中扮演基础性角色，还作为一种调控从细菌到人类多种细胞过程的主要营养物质和信使分子。研究还表明，增加的c-di-AMP水平能够变构激活DasR，使其作为GlcNAc利用的主要抑制因子，抑制DasR介导的GlcNAc信号级联反应，并导致红霉素生产菌（Saccharopolyspora erythraea）发育转换和抗生素合成的一致性增强。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。食管癌（EC）是最常见的胃肠道恶性肿瘤之一，食管鳞状细胞癌（ESCC）是EC的主要组织学亚型，约占新EC病例的88%，大多数发生在东亚和中亚。与晚期ESCC的预后极差相比，早期ESCC（如黏膜内ESCC）和前体病变（如上皮内瘤变，IEN）可以通过内镜下整块切除术实现近100%的五年疾病特异性生存率，从而无需系统性治疗。因此检测早期食管鳞状细胞癌（ESCC）和癌前病变对于提高生存率至关重要。

2020年10月8日，中国科学院广州生物医药与健康研究院/生物岛实验室秦宝明教授团队和Miguel A. Esteban课题组在Nature Communications杂志发表了题为"JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency"的研究论文，该成果揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程中协同调控转录新机制，深圳易基因提供本研究中的部分测序分析服务。对重编程发挥怎样的作用。

这种微观线虫具有复杂的生命周期，具有植食性（以植物为食）和菌丝体（以真菌为食）的发育阶段，以及不同的生命周期，包括繁殖和扩散周期（图1A）。全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基（C碱基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。易基因全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶，在超声波打断基因组DNA片段的两端连接接头序列，连接产物通过重亚硫酸盐处理将未甲基化修饰的胞嘧啶C转变为尿嘧啶U，进而通过接头序列介导的 PCR 技术将尿嘧啶U转变为胸腺嘧啶T。

N6-甲基腺苷（m6A）是一种丰富的内源性化学修饰，对RNA的剪接、翻译、定位和稳定性起着关键作用。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。2015年，位于硬脑膜的脑膜淋巴管（meningeal lymphatic vessels，mLVs）被发现，构成了广泛的淋巴引流网络，以清除大分子废物和炎症介质，直接免疫细胞转运，并协调中枢神经系统（CNS）的免疫反应。

对21个ESCC组织、5个非恶性食管鳞状（NESQ）组织、12个EAC/GEJ肿瘤组织和7个非恶性GEJ（NGEJ）组织在内的两种不同食管癌亚型及其相应的非恶性组织，共计45例食管样本的WGBS数据进行分析，并开发一种新的sequence-aware方法鉴定大范围的PMD，揭示肿瘤样本中PMD甲基化水平和基因组分布的高异质性。通过在这些DMRs中进行结合motif分析，展示了细胞类型特异性转录因子HNF4A维持了其在正常细胞中产生的结合位点，同时在食管腺癌中与新的合作伙伴如FOSL1共同建立新的结合位点。

比较MET_IUGR组和MET_NBW组时，DMC位于X染色体上，有5864个高甲基化和3434个低甲基化DMC（图4B和D），结果表明补充MET后回肠甲基化水平增加。与MET_NBW组相比，MET_IUGR组的基因甲基化状态降低，低甲基化基因在分子功能类别中倾向于在钙铁结合中富集，在细胞成分类别中倾向于在细胞表面基因中富集（图5B）。在MET_IUGR组和MET_NBW组中，共有1887个甲基化基因被鉴定为差异表达基因，其中包括CON_IUGR组中的1233个高甲基化基因和1406个低甲基化基因。

本研究作者开发了一种基于CRISPR-Cas13d的编辑系统，名为重编程m5C修饰系统（reengineered m5C modification system，简称RCMS），用于特定转录本中的靶向m5C甲基化和去甲基化。研究揭示了RCMS的广泛功能，允许在跨RNA靶标中进行精确的位点特异性m5C掺入或去除。G-I. 使用dCasRx-NSUN2编辑器在NSUN2-/-细胞系中靶向m5C甲基化后，利用深度序列HiTOM分析tRNAVal的m5C38、m5C48和m5C49位点的m5C比率（n=3）。

添加NCL精油可以提高全株玉米青贮的有氧稳定性，通过防止酸度下降、温度和pH值上升、酵母和霉菌计数增加，维持乳酸和乙酸含量（图4，表2），以及降低Lysinibacillus、Bacillus、Paenibacillus、Clostridium、Aspergillus等菌属的相对丰度，从而抑制了有氧恶化过程中的微生物活动（图5）。》为题的研究论文，该研究通过多组学分析方法，深入探讨了青贮饲料的好氧变质过程，并提出了一种新的策略来改善青贮的有氧稳定性，这对于动物生产和环境保护具有重要意义。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。mRNA中的N6-甲基腺苷（m6A）和DNA中的5-甲基胞嘧啶（5mC）对于调控基因表达和调节植物生长发育具有关键功能。然而，m6A和5mC之间的互作是一个难以捉摸的领域，在植物中的机制尚不清楚。2023年11月23日，中国农业大学贺岩教授课题组以“RNA m6A modification facilitates DNA methylation during maize kernel development“为题在《Plant Physiol》杂

运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。》杂志发表研究论文，文章通过染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）等实验首次对弓形虫乳酸进行了全面分析，并对Kla的调控潜力进行了深入剖析，为阐明弓形虫生物学特性和寻找新的杀虫靶标开辟了新的途径。PTM，蛋白翻译修饰；

此外，5-aza-dC-2'-脱氧胞苷（5-aza-dC，一种DNA甲基转移酶抑制剂）处理FNLs后，叶片中上述通路中6个库源相关基因的DNA甲基化水平降低，RFO合成通路中的棉子糖合成酶（CsSTS）基因表达、酶活性和棉子糖含量上调，从而增加果实长度和干重。图5：5-aza-dC-2'-脱氧胞苷（5-aza-dC）处理后FNL中胞嘧啶-5 DNA甲基转移酶（C5-MTase）和DNA去甲基化酶（dMTase）的表达谱。图3：与库源调控相关的代谢通路中差异甲基化区域和差异表达基因的比较分析。

此研究还分析了印记基因的DNA甲基化水平，发现GFP+BMCs印记基因启动子区的DNA甲基化水平略高。同时，此研究发现这些印记基因在GFP+和GFP-BMCs中的表达水平相似，这表明在用4CL ESCs生成的猴嵌合体中没有明显的基因组印记缺失，且与此研究观察到的猴原始ESCs中的DNA甲基化水平大大高于ICM中的DNA甲基化水平是一致的（图4）。图3. 在1、3、7和10个传代的原始条件和4CL原始条件下培养的ESC，在不同基因组区域，原始多能基因，原始多能性位点以及印记基因启动子区域的DNA甲基化水平。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年，易基因参与的DNA甲基化研究成果层出不穷，小编选取其中5篇不同方向的论文与您一起来回顾。01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面 （cell / IF 64.5）02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物 （Biomarker Research / IF 11.1）03、WGBS等揭示SOX30甲基化在非梗阻性无精症中的表观遗传调控机制 （

将本研究中活性(TPM≥20)和非活性(TPM< 20)基因体甲基化分布与已发表的猪FGO和MII及小鼠FGO和MII的RNA-seq和DNA甲基化数据进行比较，发现猪卵母细胞中活性和非活性基因体的甲基化水平普遍较高，而小鼠卵母细胞在(伪)批量重复和单细胞水平下的非活性基因甲基化水平较低、活性基因甲基化水平较高。此外，与II型卵母细胞相比，I型卵母细胞中与细胞死亡和凋亡相关的基因表达水平相似或更低，表明在I型卵母细胞中观察到的有限的基因表达不能归因于其不健康状态。

DNA甲基化是表观遗传学研究中，修饰最为稳定，含量最为丰富，对基因调控最为活跃、途径最为广泛的一种修饰。全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)可以精确检测每一个胞嘧啶的甲基化水平，该技术检测范围最广，定量检测最准确，但存在费用高的问题。针对上述技术问题，易基因发明了一种多基因区域的DNA甲基化检测方法及其探针设计，同时针对扩增产物，构建了一种快速文库建库方法，减少酶种类的使用和简化反应流程，以解决现有技术中基于DNA甲基化多基因扩增的临床检测应用成本高，时间长，效果有限等的问题。

该研究通过对水牛的生发泡（germinal vesicle，GV）卵母细胞、中期Ⅱ（metaphase II，MII）卵母细胞以及体外受精（in vitro fertilization，IVF）胚胎的7个关键阶段（受精卵、2细胞、4细胞、8细胞、16细胞、桑椹胚和囊胚内细胞团(inner cell mass ，ICM)）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞全基因组重亚硫酸盐测序（scWGBS）分析，绘制了水牛植入前胚胎的转录组和DNA甲基化图谱。图2：水牛PED过程中的DNA甲基化图谱。

深圳市易基因科技有限公司提供本研究的DNA甲基化测序（WGBS）分析服务。

该研究以ccRCC患者的DNA为对象，通过简化基因组重亚硫酸盐测序（RRBS）等技术方法，鉴定出ccRCC患者的ccRCC早期诊断和预后的DNA甲基化生物标志物

总结近期易基因染色质免疫共沉淀测序合作研究成果，并就DNA-蛋白质互作研究思路进行总结。

本研究通过对结直肠癌组织（肿瘤组织和癌旁组织）进行全基因组水平上的多组学测序（ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序），提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱，通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用，发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子，揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录因子，为结直肠癌的研究提供了重要的表观基因组数据和新的关键调控因子。顶部的绿色轨迹表示HCT116中的H3K27ac信号，底部的黑色和灰色线分别表示肿瘤和癌旁组织的平均信号。

因此叶酸可能会影响烟粉虱中的组蛋白甲基化。叶酸的补充使–HBt烟粉虱中H3K9me3的水平恢复到+HBt烟粉虱中的水平，且补充叶酸不会改变+HBt烟粉虱中H3K9me3水平与+HBt烟粉虱中的水平（图1B）。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。

该研究通过对小鼠睾丸组织的全基因组重亚硫酸盐测序（Whole gene bisulfite sequencing,WGBS）与对应的转录组测序（RNA-seq）联合分析，鉴定出与类固醇生成和精子发生过程相关的关键基因和通路，揭示了PM2.5导致男性生殖障碍的潜在DNA甲基化调控机制。（D-H）每个VII期曲细精管的Sertoli细胞（D）、精原细胞（E）、粗线期精母细胞（F）、圆形精子细胞（G）和总生殖细胞（H）的计数（n=15）。（J） DMR相关基因（DMG）生物过程的富集分析。

ALV-J肿瘤中启动子区域chTERT甲基化水平显著高于肿瘤邻近组织和正常组织，与肿瘤邻近组织和正常组织相比，ALV-J肿瘤中的chTERT启动子-183bp C>T突变，36.0%的肿瘤-184 bp T>C基因突变，chTERT启动子-73 bp::GGCCC和-56bp A>T分别形成转录因子NFAT5、TFAP2A和ZEB1的结合位点。以ALV-J肿瘤组织、肿瘤邻近组织和正常组织为研究对象，研究ALV-J肿瘤中chTERT启动子区域甲基化水平和突变特征，并统计分析这些差异对chTERT表达的影响。.

尽管在tRNA-iMet-CAT-1-4和tRNA-Ser-AGA-2-6中发生强烈的一致信号，但组织特异性是一个重要的驱动因素，与主要的细胞类型变化无关。这三个基因是tRNA-Asp-GTC-1-12，tRNA-Ile-AAT-1-4，tRNA-Glu-TTC-1-3。然而，生物老龄化的图景远未完成。a/btRNA-iMet-CAT-1-4(a)和tRNA-Ser-AGA-2-6/tRNA-Ile-AAT-4-1(b)的MeDIP-seq结果(血细胞类型校正模型)显示出与衰老相关的DNA高甲基化。...

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。m6A是RNA上最丰富的一种修饰，平均每条转录本有1~3个m6A修饰。m6A甲基化通过基因转录后调控，参与细胞分化、胚胎发育、X染色体失活、环境应激和各种疾病的发生发展。本期以科研内容为序，总结近期易基因RNA m6A甲基化合作研究成果，并就m6A RNA甲基化研究思路进行总结。01 猕猴和小鼠模型麻醉影响精细运动能力损伤：MeRIP-seq + RIP + scRNA-seq标题：Sevoflurane impairs m6A-mediated

喜报：易基因针对检测原核菌个性化设计rRNA去除探针的原核转录组研究成果见刊《CHEMOSPHERE》2022年5月2日，中南大学与易基因合作的微藻对镉胁迫响应机制研究成果以“Longitudinal Physiological and Transcriptomic Analyses Reveal the Short Term and Long Term Response of Synechocystis Sp. Pcc6803 to Cadmium Stress”为题在中科院环境二区TOP期刊《CHE