E_gene的博客

DNMT3A调控造血干细胞的端粒酶活性和基因组完整性的非经典功能

ctDNA和cfDNA DNA甲基化可鉴定临床相关的小细胞肺癌亚型

烟酰胺通过促进狼疮小鼠的ac4C修饰来提高卵母细胞的数量和质量

人类胎儿组织的RNA m5C调控图谱揭示了Nsun2/Jarid2/Alyref轴活性

研究团队进一步在诱导多能干细胞（iPSC）来源的人造血分化体系中验证了DNMT3B功能的高度保守性，揭示了"Dnmt3ba-Integrin-Akt-Mdm2-P53"轴作为调控EHT的关键表观遗传-信号转导耦合机制。具体而言，研究团队以斑马鱼为模型，结合微量全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）和转录组测序（RNA-seq）技术，系统解析了DNA甲基转移酶Dnmt3ba在造血内皮细胞（HECs）向HSPCs转化（EHT）过程中的核心作用。主要发生在胞嘧啶的CpG位点，也可以在非CpG位点和CpG岛中发生。

此外，P.patens和M.polymorpha中特有基因家族中的基因通常表达水平低于附属和核心家族中的基因，这与水稻中观察到的新基因表达模式一致。在链藻植物的祖先中发生最显著的HGT爆发，有115个HGT事件，其次是胚胎植物祖先中的90个HGT事件，单个苔藓植物物种平均获得的水平转移基因比维管植物更多（229 vs. 163），并且对苔藓植物基因组的全面系统发育分析表明，物种特异性的HGT事件数量更多，这表明HGT可能是苔藓植物演化过程中持续存在的特征，与维管植物多样化过程中观察到的模式不同。

具体而言，通过整合绵羊胚胎发育各阶段的多组学数据（包括Smart-seq2、ATAC-seq和WGBS），系统描绘了绵羊早期胚胎发育和ESCs多能性状态的转录组与表观遗传特征。此外，这些基因编辑后的细胞仍保持多能性。Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

展示primed hESCs（n=1）、naive hESCs（n=1）、tdhTSCs（n=2）、BT-hTSCs（n=1）、CT-hTSCs（n=1）、低氧条件下2D培养的hTSCs（n=2）、TOM（2D TOM）中的hTSCs（n=2）、hTSC-Org（n=2）以及低氧条件下的hTSC-Orgs（n=2）、对照hTSCs（n=3实验重复）和DNMT3L-OE hTSCs（n=3实验重复）的平均值。这一结果表明，DNMT3L的持续表达可能影响hTSCs的分化能力，特别是在STBs的形成过程中。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，华南农业大学生命科学学院王应祥课题组和华南农业大学农学院杨存义课题组合作探究了大豆开花进程的调控机制，特别是组蛋白去甲基化酶GmLDL2（Lysine-specific demethylase like 2）在大豆适应低纬度地区中的作用。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，芝加哥大学华人科学家何川教授团队在国际顶刊《Nature Reviews Drug Discovery》(IF=101.8) 发表题为 “RNA modification systems as therapeutic targets” 的综述文章，全景式阐述了 RNA 修饰系统作为治疗靶点的前沿进展。文章系统梳理了 RNA 修饰调控蛋白的细胞功能与疾病关联，重点聚焦 N6 - 甲基腺苷（m6A）通路，详解了靶向 YTH reader 蛋白等

此外，研究还发现肿瘤内甲基化距离（ITMD）指标，定量分析同一肿瘤不同区域的甲基化差异，结果显示肿瘤的ITMD值比正常组织高25倍，且与拷贝数变异异质性（SCNA-ITH）显著正相关，表明甲基化异质性与基因组不稳定性共同促进肿瘤克隆演化。研究团队开发了MR/MN指标，类比基因进化中的“dN/dS”（非同义突变与同义突变比值），通过比较基因启动子区调控性CpG位点（甲基化后影响基因表达）与非调控性CpG位点（甲基化不影响表达）的甲基化率，评估基因是否受DNA甲基化驱动的正选择。评分与其他异质性指标的相关性；

在今后类似的研究中，m6A-seq技术有望得到更广泛的应用。此外，m6A-seq技术还可应用于研究发育生物学、疾病发生机制等领域，通过分析不同发育阶段或疾病状态下m6A修饰的动态变化，寻找潜在的调控靶点和生物标志物，为疾病的诊断和治疗提供新的策略。本研究通过遗传定位、基因克隆、基因编辑、m6A-seq分析等多种方法，揭示了黄瓜果实长度驯化性状的遗传调控机制，即ACS2基因中的1287位C>T同义突变通过改变m6A修饰和mRNA结构构象，调控ACS2蛋白的翻译效率，进而影响黄瓜果实长度。

此外，研究还纳入了50个SMRT测序样本基因组的甲基化检测结果和oxBS测序的结果，与ONT测序进行横向比较研究阐明了每种测序方法的优势和局限性，并为使用长读长测序进行基因组规模的碱基修饰检测工具的标准化和评估提出了建议。研究将CpG位点分为未甲基化（0–0.15）、低甲基化（0.15–0.5）、中等甲基化（0.5–0.85）和高甲基化（0.85–1）四个类别，通过比较ONT测序和oxBS的结果显示，Nanopore测序在未甲基化和高甲基化CpG单元上的预测准确性最高，分别为86%和77%。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。生信分析图作为基因组、转录组等组学研究结果的可视化核心，常见类型包括火山图（Volcano Plot）、Deeptools信号热图、IGV的动态变化、PLS-DA图、相关性图、tSNE图、UMAP图、柱状堆叠图、山峦图等。这些图表通过不同形式展现差异基因、染色质开放位点、功能富集等关键信息。对于刚入门的研究者来说，理解这些图表背后的生物学信息可能颇具挑战。今天，易基因将带您深入解析高分文章中常见的生信分析图，帮助您掌握它们的应用场景和具体含义。

西北农林科技大学团队通过多组学分析揭示了苹果干旱胁迫下表观基因组调控机制。研究采用WGBS、ChIP-seq和RNA-seq技术，发现干旱处理6天时基因表达变化最显著，3天时DNA甲基化水平最高，组蛋白修饰整体下降。关键基因MdABI5和MdOCP3通过组蛋白修饰正向调控抗旱性，转基因验证表明其可显著提高苹果抗旱能力。该研究为解析植物抗旱分子机制提供了新见解，相关成果发表于《Plant Biotechnology Journal》（IF:10.5）。

头颈恶性肿瘤分子残留病灶检测的组织无关全基因组甲基化富集临床验证研究

北京协和医院梁乃新团队在《Clinical and Translational Medicine》发表研究，通过整合cfDNA片段组学与表观遗传特征（cfChIP-seq和cfRRBS），开发出肺癌早期检测机器学习模型。该模型在独立验证中对I期肺癌检测灵敏度达95.1%，对微浸润性腺癌达96.2%，显著优于传统方法。研究创新性地证实cfDNA片段特征受表观遗传调控，并筛选出609个多表观共调控基因（MERGEs），为无创早筛提供了新策略。这项多中心研究展示了多组学技术在液体活检中的协同潜力，为临床转化奠定基

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，中山大学（深圳校区）农业与生物技术学院刘赛博博士等为第一作者，中山大学农业与生物技术学院黄晓辰副教授、中国海洋大学jian zhao为共同通讯作者，在纳米科学领域王牌期刊《ACS Nano》发表题为《Genome-Wide Molecular Adaptation in Algal Primary Productivity Induced by Prolonged Exposure to Environmentally Realistic

通过scRNA-seq分析，研究者鉴定出TBI患者脑水肿组织中的主要细胞类型，包括小胶质细胞、少突胶质细胞、星形胶质细胞等，并发现这些细胞类型均表现出炎症反应，其中星形胶质细胞和小胶质细胞的炎症反应最为显著。通过GO分析，进一步揭示了这些细胞类型在TBI中的功能变化，如星形胶质细胞和小胶质细胞在炎症反应中的关键作用。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

结果显示，具有高肝脏病变负荷的患者表现出与神经内分泌前列腺癌（NEPC）相关的转录因子（如EZH2、NANOG和POU5F1）的显著富集，而具有高骨转移负荷的患者则表现出与雄激素依赖相关的转录因子（如KLK3、AR和FOXA1）的富集。研究团队通过分析cfDNA中的组蛋白修饰，揭示了前列腺癌在不同转移模式和临床表现中的染色质特征，并探讨了其作为生物标志物和生物发现工具的潜力。此外，cfChIP-seq技术的应用不仅限于前列腺癌，还可能扩展到其他类型的癌症研究中，为癌症的早期诊断和个性化治疗提供支持。

微量WGBS技术的应用不仅为研究哺乳动物胚胎发育的表观遗传调控机制提供了新的工具，也为今后类似的研究提供了重要的参考。研究基于微量WGBS技术在单碱基分辨率下检测精子和卵子的全基因组甲基化状态，分析结果表明，在负鼠的精子和卵子中发现了差异甲基化区域（DMRs），这些区域在胚胎发育过程中表现出不同的命运。基于微量WGBS技术在单碱基分辨率下检测非活性X染色体（Xi）的甲基化状态，分析结果揭示了在负鼠中，非活性X染色体（Xi）在胚胎发育过程中逐渐变得低甲基化，这与真兽类中Xi的高甲基化状态不同。

研究通过分析cfDNA的片段大小和末端基序，成功检测了组蛋白H3K27ac和H3K4me3的修饰水平，并展示了其在非侵入性产前检测、器官移植监测、血液疾病诊断和癌症检测中的潜在应用。在五个健康对照样本中，通过比较片段大小推断的H3K27ac信号与cfChIP-seq检测的实际H3K27ac信号，发现两者具有良好的一致性。本研究通过分析cfDNA的片段大小和末端基序，成功推断了组蛋白H3K27ac和H3K4me3的修饰水平，并展示其在非侵入性产前检测、器官移植监测、血液疾病诊断和癌症检测中的潜在应用。

DNA/H3K9甲基化和Polycomb蛋白组（Polycomb-group，PcG）-H3K27me3沉默通路长期以来被认为在哺乳动物、植物和真菌中是互斥的，并且分别特异性地作用于转座元件（TEs）和基因。但即使在DNA/H3K9甲基化机制缺失情况下，许多TEs仍然可以被H3K27me3靶向，有时甚至与DNA甲基化共存。本研究结果揭示了在野生型拟南芥植物中，TEs也可以被H3K27me3单独靶向并沉默。

通过对甲基化组（WGBS）和转录组（RNA-seq）的综合分析结果表明AE-F1代精子中β细胞功能基因存在差异性DNA甲基化，这种甲基化差异被传递到AE-F2代胰岛，并进一步保留在AE-F2代精子中，导致与胰岛素分泌相关基因（包括Pdx1、Irs1、Ptprn2和Cacna1c）表达降低。此外，限制饮食和二甲双胍治疗通过恢复异常的精子DNA甲基化，不仅使AE-F1代雄性的高血糖正常化，还可阻断其向后代的传递。b-c. 母体雄激素水平正常和异常的女性所生男孩的HOMA-β（b）和BMI（c）水平。

（D）在Uhrf1 Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）中稳定表达的FLAG-Myc标记的人类野生型UHRF1和3KR突变体UHRF1通过西方印迹分析，使用UHRF1抗体进行分析。对照实验在没有乙酰辅酶A的情况下进行。（E）通过RRBS测序检测的野生型和Uhrf1 Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）以及通过FLAG-Myc标记的野生型UHRF1（hUHRF1）或3KR（克隆#2）UHRF1构建体遗传互补的Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）中，基因区域各个部分的全局CG甲基化水平。

研究通过分析m5C RNA甲基化测序（RNA-BS）、转录组测序（RNA-seq）等分析，揭示了NONO在胃癌中的作用机制，并提出了一个新的肿瘤抑制基因失活机制，即通过m5C修饰和相关的可变剪切介导调控。为了揭示NONO在胃癌（GC）中的作用，研究采用了RNA测序（RNA-seq）、m5C测序（RNA-Bis-Seq）、RNA免疫沉淀、RNA原位杂交以及NONO敲低细胞的Minigene报告基因分析。易基因提供的RNA-BisSeq（RNA-BS）技术在本研究中用于高分辨率地分析m5C修饰模式的变化。

m5C RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（m5C MeRIP-seq），该技术利用m5C特异性抗体富集发生m5C修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，对RNA上的m5C修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。然而，m5C修饰在致癌过程中的作用尚未完全明确。m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。研究结果表明，NSUN2介导的m5C RNA甲基化在RB的致癌过程中促进嘌呤的生物合成。

本研究通过系统的实验设计和多维度分析，揭示了ALKBH5在神经胶质瘤中的作用机制，特别是其通过m6A修饰调控FOXO1表达的分子通路。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。桃树（Prunus persica）等多年生果树的芽休眠是其冬季生存的关键策略，需冷量（chilling requirement，CR）是打破休眠的必要条件之一。然而，全球变暖导致许多地区的需冷量难以满足，影响了桃树的生长和发育。因此，理解需冷量和芽休眠（bud dormancy）的遗传机制对于培育适应不同地理区域的低需冷量品种具有重要意义。

在ALS患者与对照组的比较中，共检测到1045个差异甲基化区域（DMRs），这些DMRs位于基因体（genebody）、启动子和基因间区域，且这些DMRs与ALS的关键相关通路（包括内吞作用和细胞黏附）相关。》的研究论文，研究通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS），分析了血浆中的cfDNA甲基化模式，揭示了与年龄相关以及ALS相关的甲基化变化。本研究结果表明，cfDNA甲基化是一种强大的工具，能够通过揭示受扰动的位点、基因以及不同组织/细胞对血浆的贡献比例，评估与年龄相关的改变和ALS特异性的分子失调。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。男性通常比女性寿命短，但长寿男性（long-lived men，LLMs）往往表现出更好的健康状态，包括良好的身体表现和较低的癌症风险。这种现象表明男性可能存在一种特定的长寿策略。DNA甲基化作为一种表观遗传修饰，在基因转录调控中起着重要作用，并与衰老和年龄相关疾病密切相关。已有研究表明，DNA甲基化在人类长寿中发挥重要作用，且两性之间存在甲基化模式差异，这可能与人类寿命的性别差异有关。

本研究结果表明IDH1-R132H突变通过增加Ndufa1启动子甲基化，抑制NDUFA1转录和表达，破坏NDUFA1与FSP1互作，从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将CoQ还原为CoQH2的能力，导致ROS和脂质过氧化物积累，进而加剧顺铂诱导的氧化损伤和铁死亡在肾小管上皮细胞中的发生。H. MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测Ndufa1和Ndufa1+/+-/-肾小管细胞的MitoROS生成、ROS产生和脂质ROS水平，显示Ndufa1缺失加剧了顺铂诱导的肾小管损伤。

本研究结果表明IDH1-R132H突变通过增加Ndufa1启动子甲基化，抑制NDUFA1转录和表达，破坏NDUFA1与FSP1互作，从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将CoQ还原为CoQH2的能力，导致ROS和脂质过氧化物积累，进而加剧顺铂诱导的氧化损伤和铁死亡在肾小管上皮细胞中的发生。H. MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测Ndufa1和Ndufa1+/+-/-肾小管细胞的MitoROS生成、ROS产生和脂质ROS水平，显示Ndufa1缺失加剧了顺铂诱导的肾小管损伤。

联合分析MeRIP-seq和RNA-seq数据，鉴定出27个差异表达且m6A修饰基因，其中WFS1基因在LW和NX猪中通过m6A修饰被差异调控。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

近日，中国科学院生物物理研究所朱冰和张珠强团队共同研究发现，母源蛋白Pramel15通过泛素-蛋白酶体通路系统靶向DNA甲基转移酶1（DNMT1）进行降解，调节其在早期胚胎细胞核中的DNA甲基化水平，影响DNA去甲基化过程。KO，n=45）、2细胞胚胎（2C）（WT，n=67；b. 高含量图像显示有无Pramel15-mCherry诱导的DNMT1-GFP水平，通过多西环素（Dox）处理48小时（左），箱线图显示DMSO组（n=3973）和Dox组（n=3109）的统计结果（右）。进行三次生物学重复。

本研究对人HeLa（宫颈腺癌），HepG2（肝细胞癌）和HEK293（胚胎肾）细胞系（ATCC）和原代小鼠胚胎成纤维细胞（MEF）（C57BL / 6，ATCC）进行基于抗体富集的RNA甲基化免疫沉淀测序（MeRIP-seq），在转录组范围定位m1A位点，并将其与Dimroth重排反应进行耦联以获得高分辨率m1A图谱。本研究通过RIP-seq鉴定SRSF6调控的可变剪切（AS）及其结合位点，揭示SRSF6在CRC样本中上调，并与不良预后相关，在体外和体内促进增殖和转移。m5C MeRIP-seq等。

与传统亚硫酸盐测序（BS-Seq）不同，ACE-seq不依赖于亚硫酸盐处理，而是通过酶促脱氨反应来区分未修饰的胞嘧啶（C）和5-甲基胞嘧啶（5mC），同时保护5hmC不被转化为尿嘧啶。此研究通过结合cfMeDIP-seq技术和机器学习，分析了215例样本的cfDNA甲基化组，包括患有肝癌或脑癌的个体样本（实验组）以及无癌症个体样本（对照组）。细胞游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）是指在生物体的体液中（如血浆、尿液、脑脊液等）自由存在的、非细胞内的DNA片段。

该研究通过全外显子组测序（WES）、简化基因组甲基化测序（RRBS）+氧化简化基因组甲基化测序（oxRRBS）及对应的转录组测序（RNA-seq）等多组学方法揭示了原发性和复发性膀胱癌的基因组、转录组、DNA甲基化组和羟甲基化组图谱，并鉴定出用于预测PD-L1表达的生物标志物。这种方法允许对cfDNA中的5hmC进行精确的定位和定量分析。右图：在1、3、7和10个传代的原始条件和4CL原始条件下培养的ESC，在不同基因组区域，原始多能基因，原始多能性位点以及印记基因启动子区域的DNA甲基化水平[2]

此外，Vpr还表现出降低组蛋白基因甲基化水平的特异性功能。研究对感染了HIV-1-Vpr或HIV-1-△Vpr的原代CD4+ T细胞进行基于单碱基分辨率的全基因组亚硫酸盐测序（WGBS），以分析Vpr在DNA甲基化变异中的作用。B-G. IGV基因组浏览器可视化HIV-1-∆Vpr和HIV-1-Vpr感染中CD19或MS4A1基因（B）、CD4或CD8A基因（C）、TGFB1或CD40基因（D）、ZNF683或JAK3基因（E）、CTCF或BATF基因（F）、RUNX1或PAX5基因（G）的WGBS数据。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。N6-甲基腺苷（m6A）是真核mRNA中最普遍和丰富的修饰，通过“writer”（甲基转移酶）、“eraser”（去甲基化酶）和“reader”（阅读蛋白）动态调控mRNA代谢的几乎每一步，并干扰多种生物过程。RNA甲基化是调控免疫细胞功能的重要过程，但其如何影响CD8 T细胞的抗肿瘤活性尚不完全清楚。