E_gene的博客

摘要： 浙江大学联合团队通过对207份棉花材料进行多组学分析（WGBS、RNA-seq、WGS），揭示了DNA甲基化多态性（SMPs）在纤维发育中的关键作用。研究发现SMPs数量是SNPs的100倍，且独立于遗传变异调控36.39%的基因表达。通过EWAS鉴定出1715个与农艺性状相关的表观位点，仅2.1%与GWAS位点重叠。研究构建了深度学习模型DeepFDML预测功能性甲基化位点（准确率0.82），并通过基因编辑验证了关键基因GhCIPK10的功能。该成果发表于《Cell Research》（IF=25

分析结果表明精子发生与甲基化重塑有关，包括初级精母细胞中DNA甲基化的整体下降，然后选择性再甲基化，最终形成精子细胞/精子特异性甲基化组。初级精母细胞中DNA甲基化整体下降后，精子细胞/精子中特定区域的选择性再甲基化，表明低甲基化的初级精母细胞基因组不仅仅是DNA复制的暂时副作用，而是建立精子细胞/精子特异性甲基化所必需。DNA甲基化在精子发生过程中对不同TEs的保护作用及其与男性不育的关系，特别是在减数分裂的低甲基化时期，仍有待阐明。图4：精子/精子细胞甲基化组中的低甲基化区域标记精子细胞的特异性基因。

RIP-seq是将RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）与二代测序技术（NGS）相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术，RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下来，然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。RIP-seq对富集得到的RNA片段通过高通量测序，在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析，揭示RNA分子与RBP互作（包括非编码RNA与蛋白互作）。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。越来越多的证据表明，m7G修饰在癌症发生中至关重要。本文综述了m7G的检测技术、分布、生物学功能和调控因子的最新研究进展，还总结了m7G修饰与癌症发展、耐药性和肿瘤微环境之间的关系，并讨论了未来的研究方向和趋势。

（C-D） H3K27me3（C）和H3K4me3（D）在二价结构域中第1组和第4组上的水平分布（log2（density）），如图2G所示，在亲本细胞系、Mettl14-KO细胞系和含有METTL14-WT、METTL14-R298A或METTL14-D312A的挽救细胞系中p

该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。显示平均值的标准差。Holstein Friesian牛（欧洲taurine）、 N’Dama牛（非洲taurine）、Nelore牛（印度indicine）三种不同雌性牛品种（每个品种三头）的七个主要血液免疫细胞类型（B细胞、CD4 αβ T细胞、CD8 αβ T细胞、γδ T细胞、NK细胞，单核细胞和粒细胞）

本研究结果揭示了AcP诱导的乙酰化共价修饰与c-di-GMP非共价结合协同调控放线菌发育与次级代谢的分子机制，开拓了翻译后修饰的新功能，有助于全面理解微生物固有的翻译后修饰系统对整体代谢网络（营养代谢与合成代谢）的交互作用及其调控规律，显示了基于酰基化修饰调控的原理和分子机制在合成生物系统工程化设计方面的应用潜能。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。图6：放线菌中BldD蛋白的系统发育树。

本研究结果揭示了AcP诱导的乙酰化共价修饰与c-di-GMP非共价结合协同调控放线菌发育与次级代谢的分子机制，开拓了翻译后修饰的新功能，有助于全面理解微生物固有的翻译后修饰系统对整体代谢网络（营养代谢与合成代谢）的交互作用及其调控规律，显示了基于酰基化修饰调控的原理和分子机制在合成生物系统工程化设计方面的应用潜能。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。图6：放线菌中BldD蛋白的系统发育树。

了解易基因的小伙伴肯定知道，易基因的看家本领OX-BS技术可以轻松的开展DNA羟甲基化的相关研究，虽然神器在手，但是不少老师反应，OX-BS研究羟甲基化成本还是过高，因为毕竟要两个文库结合，180G的测序数据都是白花花的银子啊。因为5hmC是5mC去甲基化的中间产物，所以对于多细胞来说，同一个C位点上不同细胞往往会存在5mC或5hmC不同修饰，而5mC与5hmC对基因表达的调控作用又完全不同：启动子区的DNA甲基化对基因表达的有抑制作用，DNA羟甲基化则会促进基因的表达。(3)单碱基分辨率。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。此前，我们分享了m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路（点击查看详情），进而筛选出m6A修饰目标基因。做完MeRIP-seq测序后，如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证，则需要进行下游实验设计。m6A RNA甲基化修饰目标基因的进一步验证或后期试验包括以下6个方面：简单验证全局m6A甲基化干扰实验（非靶向），验证m6A甲基化书否真的影响目标基因表达和细胞功能靶向目标基因的甲基化/去甲基化实验，检测某区域m6A修饰是否真的影响目标基因的表达

可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。同一样本/组别内，所有基因的表达水平与对应基因的m6A富集程度、m6A peak数量进行关联。

易基因建立的靶基因甲基化高通量测序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是针对已有目标基因panel组合，运用易基因自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件，对亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增，建库后进行超高深度（1000X以上）甲基化精准检测。在细胞中人为表达目的基因，或通过CRISPR-Cas9系统靶向编辑DNA甲基化在目的基因上加上/擦除甲基化修饰。使用CpG甲基转移酶在体外将质粒进行甲基化，构建含甲基化/未甲基化启动子的目标基因-荧光素酶表达质粒。

本期，我们讲讲精准简化基因组甲基化测序（RRBS+oxRRBS）怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍

单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受限于检测成本、不同细胞位点检测共有性差异等。6. 重复性：不同单细胞CG位点覆盖重复性可到达50%以上；5. 高通量：上百成千个单细胞快速高通量甲基化检测；每个单细胞，1G测序数据量，检测CG位点为：4-8M。4. 覆盖度：每个单细胞覆盖4-10M的CG位点；多个单细胞检测CG位点的重复性高度一致。3. 数据量：单细胞1G测序数据；

对于m7G RNA甲基化修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的m7G-MeRIP-seq，利用m7G特异性抗体富集发生m7G甲基化修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，对RNA上的m7G修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。本研究作者使用m7G-MeRIP-seq对RNA内m7G甲基化进行转录组范围的高通量测序分析，揭示了人和小鼠细胞内m7G甲基化水平（mRNA分布、富集的共有motif等）。

m1A RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（MeRIP-seq/m1A-seq），该技术利用m1A特异性抗体富集发生m1A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，对RNA上的m1A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。m1A RNA甲基化发生在Watson-Crick区域，可能影响RNA碱基配对，还促进腺苷修饰在生理条件下带正电荷，可能会显著改变RNA结构和蛋白质-RNA互作。

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。与常规RRBS不同，高通量单细胞甲基化测序sc-RBS由于从单个细胞输入的DNA量很少，常规方法不能保证目标DNA在最后的扩增过程中保持不变，因此sc-RBS在降损方面进行细化。易基因建立的高通量单细胞甲基化测序sc-RBS技术无需纯化，通过限制性内切酶消化、接头连接过程和在单管中转化重亚硫酸盐，是一种专注于将纯化过程中发生的损失降至最低的方法。

作者在养殖死亡的鲤鱼中分离出来嗜水气单胞菌NJ-35细菌，采用同源重组的方法构建了一株IolR基因缺失菌株，将ΔiolR突变体菌株与野生型菌株进行比较分析。对细菌在LB培养基上的生长情况进行评估，并进行转录组比较分析和qRT-PCR验证，以鉴定IolR在嗜水气单胞菌NJ-35中的功能。本研究证实IolR通过下调嗜水气单胞菌RpmA的表达来抑制细胞的自聚集和生物膜形成，从而进一步减少与钙的接触机会，进而抑制凝集形成和生物膜的形成所需的细胞-细胞相互作用。嗜水气单胞菌的原核转录组研究。

MeRIP-seq结果显示：胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化，且大多数受影响的基因在与骨骼肌发育相关的通路中富集。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。采用m6A-seq（MeRIP-seq）测序方法，对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。...

2019年，发表在Nature Cell Biology（IF: 28.824）上的5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs的文章，通过单碱基分辨，分析人类膀胱尿路上皮癌(UCB)样本中mRNA的5甲基化胞嘧啶（m5C）修饰，鉴定出大量的癌基因mRNA携带高甲基化m5C修饰位点，并且高甲基化修饰基因在UCB样本中呈现高表达。大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。.

宏病毒研究可应用于人或动物肠道或者血液样本、海洋、土壤等的研究，用以挖掘潜在的对人类和环境的危害。

以表观组学研究中的ChIP-seq为例，ENCODEConsortium使用不同的表观基因组分析，并制定对应的分析方案和指南，具有绝对的权威和参考意义。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。表3转录因子ChIP-seq分析流程的inputs。...

染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验。

简化甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是利用限制性内切酶对基因组进行酶切，富集启动子及CpG岛等重要的表观调控区域并进行重亚硫酸盐测序该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。为适应科研技术的需要，易基因进一步开发了可在更大...

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。DNA羟甲基化是近年发现的一种新的DNA修饰并迅速成为研究热点。随着研究的深入，发现之前被认为是检测DNA甲基化标准的重亚硫酸盐测序并不能区分DNA甲基化（5mC）和DNA羟甲基化（5hmC）。易基因联合剑桥大学建立了化学氧化法结合重亚硫酸盐转化的测序技术（oxidative bisulfite sequencing, oxBS-Seq

本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的王牌技术：单细胞及微量样本DNA甲基化测序(Micro DNA-BS)。单细胞及微量样本的DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术。传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。易基因建立了一系列微量及单细胞甲基化检测方法，可对于不同项目需求，个性化提供检测方案，在全基因组、简化基因组、靶基因等范围开展甲基化检测。易基因建立的单细胞及微量样本DNA甲基化测序技术包括：应用方向单细胞

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的王牌技术：微量cfDNA简化基因组甲基化测序(cfDNA-RBS）。cfDNA片段化严重，片段大小常在150bp左右，现有甲基化检测技术包括cfMeDIP和微量WGBS等。无法做到碱基分辨、具有抗体特异性和非特异性捕获、覆盖深度低、检测成本高等特点。常规RRBS富集约70-350bp范围酶切片段，如对于CG含量高的片段将被切割的更碎而无法检测，保留下来的片段反而是CG含量低，无甲基化信息的基因片段。易基因研发cfDNA-

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的王牌产品：染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 。染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP），是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。关于DNA甲基化测序：随着高通量测序技术的发展，我们能够从全基因组水平来分析5'-甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件，发现很多基因组学研究发现不了的东西，这就是 "DNA甲基化测序"！且近年来测序成本的不断下降及测序技术的迭代更新，DNA甲基化测序方法可选择性更多了。那么常用的DNA甲基化测序技术有哪些呢？易基因提供全面的DNA甲基化研究整体解决方案，适用于不同DNA甲基化研究方向。主要包括：全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2021年9月6日，华中农业大学周道绣教授课题组以“DNA demethylases remodel DNA methylation in rice gametes and zygote and are required for reproduction”为题在《Molecular Plant》期刊发表研究论文，该研究利用单细胞DNA甲基化组和单细胞转录组测序技术对水稻受精前后的雌雄配子体和合子（zygote）细胞进行高通量测序分析，揭示

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的王牌产品：全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)。全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基（C碱基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。WGBS能为基因组DNA甲基化时空特异性修饰的研究提供重要技术支持，能广泛应用在个体发育、衰老和疾病等生命过程的机制研究中，也是各物种甲基化图谱研究的首选方法。全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶，在超声波打