- 博客(523)
- 收藏
- 关注
RSS订阅
原创 易基因｜干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析
本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。
2022-06-24 10:44:44
6561
2
原创 易基因｜一文看懂：ChIP实验和qPCR定量分析怎么做
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。想要获得理想的ChIP结果，选择适合的抗体固然很关键，ChIP 流程中所有步骤也很重要。本文对ChIP实验之前的准备、获得理想ChIP结果步骤、ChIP的qPCR定量分析和ChIP案例分析进行总结，希望帮助到正在做ChIP实验和qPCR定量分析的您。开始 ChIP 之前要考虑三件事（1）为您
2022-03-23 11:59:50
8676
原创 易基因：ChIP-seq等技术揭示SETD2突变在癌症中的H3K36甲基化新型表观遗传治疗靶点｜Genome Biol
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。SETD2（SET domain containing 2）是哺乳动物中唯一负责催化H3K36me3（histone 3, lysine 36,tri-methylation）蛋白的表观遗传因子。
2025-04-10 13:26:14
664
原创 易基因：Cell Rep:RRBS揭示MOF对UHRF1乙酰化修饰是DNA甲基化维持的关键调控机制｜项目文章
（D）在Uhrf1 Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）中稳定表达的FLAG-Myc标记的人类野生型UHRF1和3KR突变体UHRF1通过西方印迹分析，使用UHRF1抗体进行分析。对照实验在没有乙酰辅酶A的情况下进行。（E）通过RRBS测序检测的野生型和Uhrf1 Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）以及通过FLAG-Myc标记的野生型UHRF1（hUHRF1）或3KR（克隆#2）UHRF1构建体遗传互补的Uhrf1-/-小鼠胚胎干细胞（ESCs）中，基因区域各个部分的全局CG甲基化水平。
2025-04-08 14:41:11
828
原创 易基因：JECCR/IF11.4：RNA-BS揭示NONO蛋白通过调控PTEN mRNA的m5C修饰和可变剪切促进胃癌进展｜项目文章
研究通过分析m5C RNA甲基化测序（RNA-BS）、转录组测序（RNA-seq）等分析，揭示了NONO在胃癌中的作用机制，并提出了一个新的肿瘤抑制基因失活机制，即通过m5C修饰和相关的可变剪切介导调控。为了揭示NONO在胃癌（GC）中的作用，研究采用了RNA测序（RNA-seq）、m5C测序（RNA-Bis-Seq）、RNA免疫沉淀、RNA原位杂交以及NONO敲低细胞的Minigene报告基因分析。易基因提供的RNA-BisSeq（RNA-BS）技术在本研究中用于高分辨率地分析m5C修饰模式的变化。
2025-04-01 13:26:10
611
原创 易基因：WGBS+RNA-seq揭示AtSAMS通过DNA甲基化和乙烯信号通路协同调控植物花器官发育的表观遗传机制｜项目文章
研究揭示了DNA甲基化水平的降低和乙烯含量的增加是导致这些异常的关键因子，并进一步探讨了AtSAMS如何通过甲基化和乙烯信号通路调控ABCE基因的表达，从而影响花器官发育。通过分析ABCE基因的甲基化水平，发现A、C和E功能基因的甲基化水平与它们的表达变化密切相关，而B功能基因的甲基化水平未发生变化。RNA-seq和qRT-PCR结果显示，SAMOE植物中A功能基因（AP1和AP2）和B功能基因（AP3和PI）表达下调，而C功能基因（AG）和E功能基因（SEP1、SEP2和SEP3）表达上调。
2025-03-27 10:47:53
595
原创 易基因：m5C RNA甲基化测序（m5C MeRIP-seq）
m5C RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（m5C MeRIP-seq），该技术利用m5C特异性抗体富集发生m5C修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，对RNA上的m5C修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。然而，m5C修饰在致癌过程中的作用尚未完全明确。m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。研究结果表明，NSUN2介导的m5C RNA甲基化在RB的致癌过程中促进嘌呤的生物合成。
2025-03-26 13:42:51
746
原创 易基因：RRBS及EWAS分析揭示同卵双生子与肾小球滤过率相关的DNA甲基化位点｜疾病研究
近日，青岛大学公共卫生学院张东峰教授团队通过简化基因组重亚硫酸盐测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS）和表观基因组关联研究（EWAS），分析了中国同卵双生子的DNA甲基化图谱，寻找与估算eGFR相关的甲基化位点和区域，并探讨了其因果关系。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
2025-03-25 10:34:33
583
原创 易基因：WGBS+ChIP-seq技术揭示Cdx2转录因子在发育与稳态中的动态结合机制｜NC/IF14.7
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。Cdx2是一个关键的转录因子，在小鼠肠道上皮细胞的发育过程中起着决定性的作用。它在胚胎期和成年期的肠道上皮细胞中都有表达，但其结合的基因组位点在发育和成年期有所不同。DNA甲基化是一种表观遗传修饰，通常与基因沉默相关。然而，某些转录因子（如Cdx2）可能更倾向于结合甲基化的DNA序列。转录因子通过结合发育阶段特异性的靶点并建立合适的增强子景观来引导组织发育。而DNA序列和染色质修饰会指导转录因子的基因组结合。
2025-03-20 09:44:30
851
原创 易基因：宏基因组学揭示猪粪与土壤中抗菌药物抗性基因与金属抗性基因的共存及共选择机制｜项目文章
图3：在新鲜粪便（A）、沉积物（B）和土壤（C）中，抗菌药物抗性基因（ARGs）、金属抗性基因（MRGs）、可移动遗传元件（MGEs）和金属之间的网络分析。不同颜色的节点分别代表抗菌药物抗性基因（ARGs，红色）、金属抗性基因（MRGs，粉色）、可移动遗传元件（MGEs，绿色）和金属（蓝色）。节点的大小与节点之间的连接数量成正比。金属污染可能作为选择因子促进抗菌药物抗性的传播，尤其是在金属和抗菌药物负担较高的环境中，抗菌药物抗性基因（ARGs）和金属抗性基因（MRGs）的共选择已被证实。
2025-03-18 10:06:14
1575
原创 易基因：MeRIP-seq揭示ALKBH5通过m6A-YTHDC1依赖性机制影响肿瘤进展的分子通路｜Cancer Lett
本研究通过系统的实验设计和多维度分析，揭示了ALKBH5在神经胶质瘤中的作用机制，特别是其通过m6A修饰调控FOXO1表达的分子通路。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。
2025-03-13 09:44:43
1034
原创 易基因：中农大曾祥芳团队WGBS+ChIP-seq揭示蛋氨酸在母胎免疫耐受和子宫内膜容受中的表观调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。母胎免疫耐受是指母体免疫系统对胎儿抗原的耐受，避免对胎儿产生免疫排斥反应。子宫内膜容受性是指子宫内膜接受胚胎着床的能力。子宫内膜容受性和母胎免疫耐受是成功妊娠的两个关键过程。然而，营养所涉及的分子机制尚未被充分研究。蛋氨酸（methionine）是一种必需氨基酸，在甲基化、抗氧化、多胺合成和免疫调节中发挥重要作用。已有研究表明，蛋氨酸代谢紊乱可能导致胚胎发育障碍和生殖性能下降。
2025-03-11 09:47:57
562
原创 易基因： Plant Physiol：郑州果树所王力荣团队ChIP-seq等揭示桃树需冷量和芽休眠调控的关键基因｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。桃树（Prunus persica）等多年生果树的芽休眠是其冬季生存的关键策略，需冷量（chilling requirement，CR）是打破休眠的必要条件之一。然而，全球变暖导致许多地区的需冷量难以满足，影响了桃树的生长和发育。因此，理解需冷量和芽休眠（bud dormancy）的遗传机制对于培育适应不同地理区域的低需冷量品种具有重要意义。
2025-03-10 10:11:54
764
原创 易基因特异性R-loop检测整体研究方案
本研究通过染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）和DNA:RNA免疫沉淀测序（DRIP-seq）联合分析揭示了AMP激活蛋白激酶（AMPK）在饥饿条件下通过调控H3K4me3沉积和R-loop形成来维持基因组稳定性和生殖细胞完整性的机制。本研究通过DRIP-seq和DRIPc-seq进行R-loop定位，结果表明该技术可以检测任何感兴趣的基因组中R-loop结构的稳态分布。在DRIP-seq基础上，对免疫沉淀的RNA链进行cDNA建库，明确R-loop中RNA来源链及转录方向。影响因子：IF 16.6。
2025-03-07 15:00:28
1230
原创 易基因：m6A-seq+RNA-seq揭示KRAS突变通过调控ALKBH5翻译后修饰导致肺癌对铂类药物耐药｜JCI
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。KRAS基因突变在非小细胞肺癌（NSCLC）中非常常见，尤其是KRAS G12C、G12V、G12D等突变类型。这些突变通常导致KRAS蛋白处于持续激活状态，促进肿瘤发生和发展。然而，KRAS突变与铂类化疗耐药之间的关系尚不清楚。m6A是真核生物mRNA上最丰富的内部修饰之一，由METTL3、METTL14等“writer”蛋白添加，由FTO和ALKBH5等“eraser”蛋白去除。
2025-03-05 09:27:04
778
原创 易基因：cfWGBS揭示与年龄和肌萎缩侧索硬化相关cfDNA甲基化变化及组织/细胞溯源
在ALS患者与对照组的比较中，共检测到1045个差异甲基化区域（DMRs），这些DMRs位于基因体（genebody）、启动子和基因间区域，且这些DMRs与ALS的关键相关通路（包括内吞作用和细胞黏附）相关。》的研究论文，研究通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS），分析了血浆中的cfDNA甲基化模式，揭示了与年龄相关以及ALS相关的甲基化变化。本研究结果表明，cfDNA甲基化是一种强大的工具，能够通过揭示受扰动的位点、基因以及不同组织/细胞对血浆的贡献比例，评估与年龄相关的改变和ALS特异性的分子失调。
2025-02-27 09:58:18
657
原创 易基因：RNA甲基化修饰和R-loop的交叉调控：从分子机制到临床意义｜深度综述
近年来，研究发现RNA甲基化修饰在R-loop的形成、稳定和分解中起着核心作用，通过动态调节R-loop代谢影响基因组完整性和DNA损伤修复。DNA 损伤后，特别是在 DSB 期间，复杂的修复机制被激活，R-loop的形成和解离在此过程中起着至关重要的调节作用。R-loop是由新生RNA（nascent RNA）与DNA模板链形成的RNA-DNA杂合结构，这种结构在正常生理条件下广泛存在于高转录基因中，参与多种关键生物过程，如基因表达调控、DNA复制、DNA损伤修复等。
2025-02-25 11:15:41
1243
原创 易基因： ChIP-seq+DRIP-seq揭示AMPK通过调控H3K4me3沉积和R-loop形成以维持基因组稳定性和生殖细胞完整性｜NAR
易基因提供的DRIP-seq基于特异性识别DNA:RNA 杂交体的单克隆抗体（S9.6），通过免疫沉淀富集基因组中的R-loop区域，结合高通量测序实现全基因组水平的高分辨率定位。DRIP-seq（DNA-RNA免疫沉淀测序）和ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）是两种关键的高通通量测序技术，分别用于研究R-loop的形成和组蛋白修饰的分布， DRIP-seq和ChIP-seq在本研究中共同揭示了AMPK缺失如何通过H3K4me3的异常沉积导致R-loop的形成，进而引发基因组不稳定性。
2025-02-20 11:08:45
1210
原创 易基因：微量WGBS+ACE-seq揭示卵巢早衰的人卵丘细胞DNA甲基化与羟甲基化表观基因组图谱｜项目文章
研究结果显示，POI患者的甲基化和羟甲基化水平显著升高，全基因组范围内表现出显著高甲基化和高羟甲基化区域，其中Genebody（基因体）区域的甲基化水平与基因表达呈负相关，尤其是在启动子区域。研究通过单碱基分辨率的DNA甲基化组和DNA羟甲基化组分析，探讨了POI患者人卵丘细胞（cumulus cells）的表观基因组特征，并进一步揭示这些表观遗传修饰变化与POI相关基因、卵巢功能基因以及表观遗传时钟基因的相关性。研究发现，POI患者的羟甲基化水平在某些区域显著升高，可能与基因表达的调控有关。
2025-02-18 10:14:09
663
原创 易基因：mRNA m5C修饰的鉴定、效应分子、分子机制及其生理病理功能：深度综述｜Int J Biol Sci
进一步的研究揭示了不同小鼠组织和睾丸发育过程中m5C修饰的分布，表明了哺乳动物转录组中m5C修饰的保守性、组织特异性和动态特征。随着检测技术的进步，尤其是亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing）的应用，m5C修饰在转录组中的分布和功能逐渐被揭示，人们对其在mRNA中的分子机制和生物学意义有了一定的初步认识。总之，RNA-BS-seq技术在本文中发挥了重要作用，不仅确认了m5C修饰的存在，还绘制了m5C修饰的全转录组图谱，揭示了其分布特征，并推动了m5C修饰在分子功能和疾病相关研究中的应用。
2025-02-14 10:12:17
894
原创 易基因：MeRIP-seq揭示METTL3-METTL14特异性重编程m6A RNA甲基化修饰并促进肿瘤进展｜Sci Adv
E. RNA（粉色）的模型，包含待甲基化为m6A的腺苷（Ade）和下一个核苷酸，与WT METTL3（绿色或浅蓝色）和METTL14WT（橙色）或METTL14R298P（灰色）复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方（总数，黑色字体），而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方（特有，红色字体）。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks（图2A）和一个较高的m6A峰（相对EGFP的前5%）（图2C）的基因（n=258）进行的GO分析。
2025-02-11 10:10:20
342
原创 易基因：MeRIP-seq揭示METTL3-METTL14特异性重编程m6A RNA甲基化修饰并促进肿瘤进展｜Sci Adv
E. RNA（粉色）的模型，包含待甲基化为m6A的腺苷（Ade）和下一个核苷酸，与WT METTL3（绿色或浅蓝色）和METTL14WT（橙色）或METTL14R298P（灰色）复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方（总数，黑色字体），而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方（特有，红色字体）。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks（图2A）和一个较高的m6A峰（相对EGFP的前5%）（图2C）的基因（n=258）进行的GO分析。
2025-02-11 10:06:00
963
原创 易基因：浙大范衡宇团队acRIP-seq揭示哺乳动物mRNA乙酰化修饰ac4C形成的分子机制｜Adv Sci
通过结合mRNA，PCBP1/2和TDP43将NAT10招募到偏好性的mRNA上，NAT10将乙酰基团转移到特定位点的胞嘧啶上。ac4C RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的ac4C RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation，acRIP)技术：基于抗体特异性结合乙酰化修饰碱基原理，以RNA免疫共沉淀富集乙酰化修饰片段为基础，然后通过高通量测序（acRIP-seq），在转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域，高效获得结果。
2025-02-08 10:12:29
1098
原创 易基因：中国科学院孔庆鹏团队利用WGBS揭示长寿男性特有的DNA甲基化修饰机制/表观遗传时钟｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。男性通常比女性寿命短，但长寿男性（long-lived men，LLMs）往往表现出更好的健康状态，包括良好的身体表现和较低的癌症风险。这种现象表明男性可能存在一种特定的长寿策略。DNA甲基化作为一种表观遗传修饰，在基因转录调控中起着重要作用，并与衰老和年龄相关疾病密切相关。已有研究表明，DNA甲基化在人类长寿中发挥重要作用，且两性之间存在甲基化模式差异，这可能与人类寿命的性别差异有关。
2025-02-06 11:38:25
965
原创 易基因：RRBS揭示中药材滇重楼DNA甲基化变化及花粉调控种子休眠的表观遗传机制｜项目文章
测序分析结果显示，经过4°C低温处理的花粉（4-H）和25°C处理的花粉（25-H）分别产生46.68 Gb和34.22 Gb的数据，而经过-85°C处理的种子（85-Z）和4°C处理的种子（4-Z）分别产生71.76 Gb和74.4 Gb的数据（表1）。研究人员结合RNA测序（RNA-seq）和简化基因组DNA甲基化测序（RRBS）技术，分析了花药开裂和闭合过程中花粉和种子的基因表达谱以及甲基化变化，并研究了低温处理后的影响。酶1（enzyme1）：NADH-泛醌氧化还原酶链5；酶2：质膜ATP酶4；
2025-01-23 10:43:13
978
原创 易基因：ACE-seq助力开发EDD-5hmC检测新技术 用于疾病诊断研究中精准定量5-羟甲基胞嘧啶｜项目文章
本研究建立了一种靶向片段特异性DNA序列的5hmC定量方法，该方法具有极高的特异性、高灵敏度和临床适用性——EDD-5hmC检测法，该方法通过酶切富集糖基化的5hmC，然后利用APOBEC（载脂蛋白B mRNA编辑催化多肽样）介导的脱氨基作用，有效区分各种胞嘧啶（C）修饰状态，实现了极高特异性的5hmC定量，使非特异性扩增减少8M倍。（2）利用A3A酶特异去除C和5mC的氨基，使其转变成U，而5hmC保持为C，从而将5hmC和C/5mC区分开来。
2025-01-22 09:47:42
1060
原创 易基因：微量转录组测序揭示槟榔碱、咖啡因和尼古丁对神经系统转录水平的作用｜项目文章
槟榔、咖啡和烟草的主要活性成分分别为槟榔碱（arecoline）、咖啡因（caffeine）和尼古丁（nicotine），这些物质通过影响中枢神经系统产生不同的生理效应，但目前对其神经机制的研究有限，尤其是它们对神经系统的相似性和差异性尚不清楚。本研究通过微量转录组测序（Smart-seq2）分析等揭示了槟榔碱、咖啡因和尼古丁均能影响小鼠NAc的基因表达，但它们的作用机制和对神经系统的潜在成瘾性存在差异。C-E. 槟榔碱（C）、咖啡因（D）和尼古丁（E）组中富集的关于神经系统和物质依赖通路；
2025-01-16 10:15:51
957
原创 易基因：基于dRRBS技术的精液DNA甲基化年龄预测：全基因组标记鉴定和模型开发｜项目文章
本研究表明dRRBS在大规模AR-CpG发现中的实用性，并为法医学应用提供了一个稳健的年龄估计模型和一个全面的精液特异性AR-CpG位点参考数据库。DNA甲基化（DNAm）在特定CpG位点上的5-甲基胞嘧啶（5mC）比例随年龄而显著变化，因此DNA甲基化是法医学中估计个体年龄的关键分子标记，然而，基于年龄相关CpG位点（AR-CpG）DNA甲基化标记的年龄预测模型在不同细胞类型和组织中的表现不一致，尤其是精子发生过程中独特的甲基化模式，导致体细胞模型在精液中的表现不佳。
2025-01-15 10:18:18
819
原创 易基因：关于用于干预研究的衰老生物标志物的专家共识声明 含DNA甲基化/表观遗传时钟
这些生物标志物在第二轮中由小组评估，包括：生理（胰岛素样生长因子1（IGF-1）、生长分化因子-15（GDF15）、葡萄糖、糖化血红蛋白（HbA1c）、胆固醇）、炎症（高敏C反应蛋白（hsCRP）、白细胞介素-6（IL-6））、功能（肌肉质量、肌肉力量、握力（HGS）、起立行走测试（TUG）、步速、站立平衡测试（SBT）、虚弱指数、认知健康、血压）以及遗传/表观遗传（端粒长度、DNA甲基化、表观遗传时钟）领域。（如肌肉质量、肌肉力量、握力、起立行走测试、步速、站立平衡测试、虚弱指数、认知健康、血压）和。
2025-01-09 10:01:19
1079
原创 2024项目文章精选：DNA甲基化、RNA甲基化（m6A/m5C）、ChIP-seq、单细胞转录组、宏基因组｜年终盘点
原文解读：2024项目文章精选：DNA甲基化、RNA甲基化（m6A/m5C）、ChIP-seq、单细胞转录组、宏基因组｜年终盘点2024年，易基因参与技术服务的研究成果层出不穷，涵盖DNA甲基化、RNA甲基化（m6A/m5C）、DNA与蛋白互作（ChIP-seq）、单细胞转录组、宏基因组等组学，小编精选几篇不同方向的论文与您一起来回顾。期刊：Cell Death & Differentiation 影响因子： IF 13.7 样本：小鼠 细胞本研究通过简化基因组甲基化测序（RRBS）和对应的转录组测序（RN
2025-01-07 10:00:14
1062
原创 易基因： Nature子刊：RRBS等揭示IDH1-R132H突变通过DNA甲基化加剧顺铂诱导肾毒性｜项目文章
本研究结果表明IDH1-R132H突变通过增加Ndufa1启动子甲基化，抑制NDUFA1转录和表达，破坏NDUFA1与FSP1互作，从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将CoQ还原为CoQH2的能力，导致ROS和脂质过氧化物积累，进而加剧顺铂诱导的氧化损伤和铁死亡在肾小管上皮细胞中的发生。H. MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测Ndufa1和Ndufa1+/+-/-肾小管细胞的MitoROS生成、ROS产生和脂质ROS水平，显示Ndufa1缺失加剧了顺铂诱导的肾小管损伤。
2025-01-06 09:55:52
896
原创 易基因： Nature子刊：RRBS等揭示IDH1-R132H突变通过DNA甲基化加剧顺铂诱导肾毒性｜项目文章
本研究结果表明IDH1-R132H突变通过增加Ndufa1启动子甲基化，抑制NDUFA1转录和表达，破坏NDUFA1与FSP1互作，从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将CoQ还原为CoQH2的能力，导致ROS和脂质过氧化物积累，进而加剧顺铂诱导的氧化损伤和铁死亡在肾小管上皮细胞中的发生。H. MitoSOX、DCFH-DA和C11-BODIPY探针检测Ndufa1和Ndufa1+/+-/-肾小管细胞的MitoROS生成、ROS产生和脂质ROS水平，显示Ndufa1缺失加剧了顺铂诱导的肾小管损伤。
2025-01-06 09:52:14
1106
原创 易基因： MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品种猪肌肉发育的m6A RNA甲基化差异｜育种研究
联合分析MeRIP-seq和RNA-seq数据，鉴定出27个差异表达且m6A修饰基因，其中WFS1基因在LW和NX猪中通过m6A修饰被差异调控。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。
2025-01-02 10:46:24
1029
原创 易基因：单细胞WGBS揭示母源蛋白Pramel15调控早期胚胎发育的DNA甲基化重编程机制｜NC/IF 14.7
近日，中国科学院生物物理研究所朱冰和张珠强团队共同研究发现，母源蛋白Pramel15通过泛素-蛋白酶体通路系统靶向DNA甲基转移酶1（DNMT1）进行降解，调节其在早期胚胎细胞核中的DNA甲基化水平，影响DNA去甲基化过程。KO，n=45）、2细胞胚胎（2C）（WT，n=67；b. 高含量图像显示有无Pramel15-mCherry诱导的DNMT1-GFP水平，通过多西环素（Dox）处理48小时（左），箱线图显示DMSO组（n=3973）和Dox组（n=3109）的统计结果（右）。进行三次生物学重复。
2024-12-31 10:49:39
671
原创 易基因： BS+ChIP-seq揭示DNA甲基化调控非编码RNA(VIM-AS1)抑制肿瘤侵袭性｜Exp Mol Med
运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。a-b. RIP-qPCR实验显示，在HUH1细胞中VIM-AS1过表达（a）和在THLE2细胞中VIM-AS1敲低（b）后，VIM-AS1和EPHA3 mRNA对IGF2BP1的结合亲和力。
2024-12-27 09:46:15
1341
原创 易基因：RNA甲基化修饰整体研究方案
本研究对人HeLa（宫颈腺癌），HepG2（肝细胞癌）和HEK293（胚胎肾）细胞系（ATCC）和原代小鼠胚胎成纤维细胞（MEF）（C57BL / 6，ATCC）进行基于抗体富集的RNA甲基化免疫沉淀测序（MeRIP-seq），在转录组范围定位m1A位点，并将其与Dimroth重排反应进行耦联以获得高分辨率m1A图谱。本研究通过RIP-seq鉴定SRSF6调控的可变剪切（AS）及其结合位点，揭示SRSF6在CRC样本中上调，并与不良预后相关，在体外和体内促进增殖和转移。m5C MeRIP-seq等。
2024-12-26 13:34:29
707
原创 易基因： 靶基因甲基化测序(Target-BS)等揭示特应性皮炎新发现：IL-4表观遗传调控Treg数量和CTLA-4表达｜项目文章
高水平的IL-4破坏了Treg通过CTLA-4介导的Th2细胞分化抑制，而在Treg中阻断IL-4Rα信号恢复了AD模型小鼠和AD患者的Treg数量和Th2细胞抑制。图3. 高水平IL-4破坏了CTLA-4介导的Treg对Th2细胞分化的抑制作用，OTII小鼠脾脏中分离的CTV标记的CD4+ CD25− Teffs和从BMDCs衍生的DCs与Foxp3YFP/Cre或Il4rafl/fl Tregs以1:1:1的比例共培养2天。IL-4诱导Treg上的CTLA-4表达减少损害了Th2细胞分化抑制。
2024-12-24 10:21:56
948
原创 易基因： ChIP-seq等揭示糖皮质激素和TET2共调控促进癌症转移的表观遗传机制｜项目文章
运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。的研究论文，利用共免疫沉淀（Co-IP）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、Western blot、药物再定位等实验揭示了GCs通过与GR和TET2共调控促进CRC转移中的分子机制，并探索可能的治疗策略。
2024-12-19 10:12:12
1081
原创 易基因：游离细胞DNA（cfDNA）检测整体研究方案
与传统亚硫酸盐测序（BS-Seq）不同，ACE-seq不依赖于亚硫酸盐处理，而是通过酶促脱氨反应来区分未修饰的胞嘧啶（C）和5-甲基胞嘧啶（5mC），同时保护5hmC不被转化为尿嘧啶。此研究通过结合cfMeDIP-seq技术和机器学习，分析了215例样本的cfDNA甲基化组，包括患有肝癌或脑癌的个体样本（实验组）以及无癌症个体样本（对照组）。细胞游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）是指在生物体的体液中（如血浆、尿液、脑脊液等）自由存在的、非细胞内的DNA片段。
2024-12-18 14:44:52
1019
原创 易基因：DNA甲基化修饰整体研究方案
该研究通过全外显子组测序（WES）、简化基因组甲基化测序（RRBS）+氧化简化基因组甲基化测序（oxRRBS）及对应的转录组测序（RNA-seq）等多组学方法揭示了原发性和复发性膀胱癌的基因组、转录组、DNA甲基化组和羟甲基化组图谱，并鉴定出用于预测PD-L1表达的生物标志物。这种方法允许对cfDNA中的5hmC进行精确的定位和定量分析。右图：在1、3、7和10个传代的原始条件和4CL原始条件下培养的ESC，在不同基因组区域，原始多能基因，原始多能性位点以及印记基因启动子区域的DNA甲基化水平[2]
2024-12-18 13:39:17
850
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人