E_gene的博客

一些真菌病毒在植物细胞中复制的能力和一些植物病毒在真菌细胞中(体外和体内)复制的能力表明，存在一批病毒群或物种，可能是一些目前被定义为植物病毒的病毒，它们实际上感染植物和真菌。真核病毒的进化史包括三个主题病毒与其宿主的共同进化和共同分化，通过感染不同宿主的病毒组之间的水平基因转移促进的进化，以及具有相关遗传元件的病毒组的并行平行进化。经过几十年的调查、跟踪和分析植物病毒，现在很明显，随着病毒宿主范围的变化而出现的新疾病是由适应新的生态条件的病毒进化所推动的。...

上期介绍完《基于深度学习的病毒序列识别》后，不少小伙伴后台私信小编要求讲解一下DeepVirFinder使用指南，这里就给大家安排上。DeepVirFinder[1]使用深度学习方法预测病毒序列。该方法对短病毒序列具有较好的预测精度，可用于从宏基因组数据中预测序病毒列。与基于k-mer的VirFinder方法相比，DeepVirFinder通过使用卷积神经网络(CNN)显著提高了预测精度。CNN可以自动从病毒和原核生物序列中学习基因组模式，同时根据学习到的基因组模式建立预测模型。依赖关系DeepVir

研究简介噬菌体是迄今为止所研究的所有微生物群落中大量的成员，通过与其细菌宿主的相互作用影响微生物群落。尽管噬菌体在功能上很重要，而且无处不在，但与细菌相比，它们在城市环境中的探索还不够充分。废水是微生物生命的丰富来源，含有细菌、病毒和其他微生物，这些微生物存在于人类排泄物和环境径流源中。2020年6月16日，纽约大学基因组学与系统生物学中心E. Ghedin研究团队在mSystems发表了题为Initial Mapping of the New York City Wastewater Virome的研

宏病毒组富集技术详解病毒可以说是地球上最大的生物实体之一，但是由于他们具有形态小，遗传物质进化快等的特点，因而不能像细菌、古菌等微生物一样有系统的发育标记，这为其鉴别增加了一定的难度。此外，对于病毒与宿主之间相互关系的研究，也被限制在了可培养的病毒-宿主系统中，这使得对其研究十分困难。目前对病毒组的了解主要是通过以下几个技术的结合，其中包含了传统的病毒培养技术、高分辨率显微镜技术，PCR技术及高通量宏基因组测序分析技术（表1）。目前，通过采用与肠道细菌组的研究相类似的方法，对肠道病毒组中相关复杂病毒群落

环境病毒组学病毒是地球上最丰富和基因最多样化的生物实体，是影响生物地球化学循环和生态系统动力学遗传多样性的主要载体(Suttle C A, 2007)，但在检测、隔离和分类未知病毒方面的挑战阻碍了对全球病毒的详尽调查。David Paez-Espino等(David Paez-Espino, et al, 2016)分析了超过5tb的宏基因组序列，这些数据来自于3042个不同地理位置上的样本，用以评估病毒的全球分布、系统发育多样性和宿主特异性，他们发现了超过125,000个部分的病毒DNA基因组，包括迄今为

宏病毒组的研究背景被称为人体第二基因组的人体微生物组((human microbiome)是人体内外表面所有微生物所携带遗传物质的总称(Sender R, et al, 2016)。全球各国对这一新兴领域异常重视，并启动了多项微生物组研究计划，例如，由法国农业研究院2005牵头发起并于2008年正式成立了国际人体微生物组联盟；2008年，由美国国立卫生研究院主导启动了人体微生物组计划(Human Microbiome Project, HMP)(Methé Barbara A, et al, 2012..

宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle)及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可应用于人或动物肠道或者血液样本、海洋、土壤等的研究，用以挖掘潜在的对人类和环境的危害。易基因科技同丹麦哥本哈根大学