E_gene的博客

在7例WGS未检出GPRC5D基因突变的复发患者中，WGBS分析结果显示5例MM复发患者存在GPRC5D调控区域高甲基化，靶向甲基化测序（Target-BS）分析结果显示多个CpG位点甲基化水平与GPRC5D表达负相关，揭示表观遗传重编程是主要逃逸机制。分析全基因组甲基化水平差异，比较复发组MM细胞、未接受GPRC5D治疗的对照MM细胞及正常浆细胞的甲基化图谱，鉴定差异甲基化区域（DMRs）和差异甲基化位点（DMLs），筛选候选基因GPRC5D转录调控元件（启动子、增强子及基因间区）的CpG甲基化水平。

拟南芥根不同类型细胞的甲基组比较显示，大多数根细胞类型的甲基组大体相似，但根冠细胞的甲基组与其他根细胞类型显著不同，表现出全基因组范围的mCHH甲基化(主要在转座子中)，表明该细胞类型中RNA指导的DNA甲基化(RdDM)上调。例如，拟南芥在感染真菌病原体Fusarium oxysporum时，需要通过DNA去甲基化来进行正常防御，表明要么DNA去甲基化需要用于活性防御基因表达程序，要么主动去甲基化需要维持甲基组状态以实现正常功能，因此DNA甲基化的动态变化对于植物的免疫反应至关重要。

研究发现，IL-17D通过调控单核细胞（monocyte）招募，抑制过敏性炎症，揭示了纤毛细胞在肺部免疫反应中的重要保护作用。在HDM诱导的过敏性哮喘模型中，Il17d-/-小鼠表现出更严重的过敏反应，包括肺部和支气管肺泡灌洗液（BALF）中CD45+免疫细胞和嗜酸性粒细胞（eosinophils）的显著增加、血清中HDM特异性IgG1水平升高、肺组织H&E染色显示血管周围炎症加剧、Th2细胞（IL-5+、IL-13+）在引流淋巴结（dLNs）中增多，表明IL-17D抑制2型免疫应答中发挥重要作用。

西北农林科技大学团队通过多组学分析揭示了苹果干旱胁迫下表观基因组调控机制。研究采用WGBS、ChIP-seq和RNA-seq技术，发现干旱处理6天时基因表达变化最显著，3天时DNA甲基化水平最高，组蛋白修饰整体下降。关键基因MdABI5和MdOCP3通过组蛋白修饰正向调控抗旱性，转基因验证表明其可显著提高苹果抗旱能力。该研究为解析植物抗旱分子机制提供了新见解，相关成果发表于《Plant Biotechnology Journal》（IF:10.5）。

与pCBC::RIN-3xFLAG中的ChIP信号相比，RIN在AP2a和PG2a启动子上的富集得以维持（B），但在pCBC::RIN-3xFLAG/dml2-3果实中，RIN在NAC-NOR和Z-ISO启动子上的富集丢失（C）。DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。（C）在授粉后25天、34天、38天和45天时，AC、ful1-1、rin-cr1、rin/ful1-1、dml2-3、dml2-4和pCBC::RIN-3xFLAG/dml2-3第1株系果实中的乙烯产生量。

在ALS患者与对照组的比较中，共检测到1045个差异甲基化区域（DMRs），这些DMRs位于基因体（genebody）、启动子和基因间区域，且这些DMRs与ALS的关键相关通路（包括内吞作用和细胞黏附）相关。》的研究论文，研究通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS），分析了血浆中的cfDNA甲基化模式，揭示了与年龄相关以及ALS相关的甲基化变化。本研究结果表明，cfDNA甲基化是一种强大的工具，能够通过揭示受扰动的位点、基因以及不同组织/细胞对血浆的贡献比例，评估与年龄相关的改变和ALS特异性的分子失调。

最后线粒体α-酮戊二酸（α-KG）合成的关键酶IDH2和TET酶的辅因子α-KG，在1-NP组的胎儿前脑中减少（图7M–O）。分析α-KG对1-NP引起的中间神经元迁移相关基因表达减少的影响（图8G–I），结果表明，妊娠期间补充α-KG缓解了1-NP在胎儿前脑中引起的Sema3F、Nrg1和Erbb4减少（图8G–I）。此外，研究还表明补充α-酮戊二酸（α-KG，TET酶的辅因子），可以逆转1-NP诱导的中间神经元迁移相关基因特定位点的低羟甲基化，缓解中间神经元迁移延迟并改善由1-NP引起的自闭症。

该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育，然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联，通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对，导致在m6A位点附近发生片段化或突变，最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息（图1A）。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。

首先说一下第一个问题，存在哪些甲基化修饰现在对于甲基化修饰的研究，总的来说大致可以分为三大类：DNA甲基化修饰，这一类是研究最多，修饰也最为稳定的类型；组蛋白甲基化修饰，以及乙酰化（如果大伙儿对这块也感兴趣，小编下次可以开一个专题来单独讲了，这里就不啰嗦了）；RNA甲基化修饰，虽然RNA的修饰有100多种，但A碱基甲基化修饰（6mA）研究最为成熟和火爆，后续系列小编会慢慢讲。今天我们重点聊一聊DNA的甲基化修饰。那么，什么是DNA甲基化修饰呢？

易基因拥有一支充满活力的科研服务团队，致力于以“引领表观遗传学科学研究与临床应用”为愿景，依托高通量测序技术和云数据分析平台，为医疗机构、科研机构、企事业单位等提供以表观遗传学技术为核心的多组学科研服务及解决方案，全面覆盖针对生命科学基础研究、医学及临床应用研究等内容。为医疗机构、科研机构、企事业单位等提供以表观遗传学技术为核心的多组学科研服务及解决方案，全面覆盖针对生命科学基础研究、医学及临床应用研究等内容。：负责全年销售计划、区域市场开拓策略的制定，并带领团队完成目标客户的维护和新客户的开发。

此外，结果表明METTL3通过m6A修饰增强Hspa1a mRNA的稳定性来调控成骨细胞衰老。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

易基因建立的靶基因甲基化高通量测序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是针对已有目标基因panel组合，运用易基因自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件，对亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增，建库后进行超高深度（1000X以上）甲基化精准检测。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900.

着丝粒序列通过串联重复存在大量的拷贝，如卫星DNA和反转录转座子，在不同的物种中，甚至亲缘关系相近的生物体中，都会存在着很大的差异，其高度保守的功能与其表观遗传特征有关，比如植物中的组蛋白H3变异CENH3，Guo等人(2016)利用CENH3特异性抗体进行ChIP-seq，发现了小麦4DS染色体新着丝粒中存在的异位基因组序列。从ChIP-seq数据中搜索结合位点的共同基序可能会识别出TF的顺式调控元件，例如PRRs和PIFs的G-box (CACGTG)，CCA1的EE (AAATATCT)。

本期易基因聚焦DNA甲基化在斑马鱼中的相关科学研究成果，并就DNA甲基化研究及多组学分析思路进行总结，一起来看看吧！

卵巢癌（Ovarian cancer，OC）是影响女性生殖系统的三种常见恶性肿瘤之一。转录因子Forkhead box蛋白O1（FoxO1），又称forkhead横纹肌肉瘤（rhabdomyosarcoma）转录因子，属于Forkhead box O（FoxO）转录因子家族，处于肿瘤分子调控网络的中心。大量研究表明，FoxO1失衡与肿瘤发展、侵袭和转移的病理过程密切相关。然而，关于FoxO1在OC中的作用没有统一的结论。

本综述对DNA中hmC形成和转化的生化和化学方面的最新数据进行批判性评估，分析用于检测和绘制哺乳动物基因组中5hmC的分析技术，以及hmC在DNA复制、转录、细胞分化和人类疾病中的表观遗传学作用。

A2. PubMed检索与衰老和肝脏相关的出版论文，逆龄再生hypo-DMR（upper panel）或hyper-DMR（lower panel）比对的基因列表，六个显示肝脏相关功能（L），在再生（R）或衰老（A）中有或没有其他功能。PHx后1d（A2R1）、2d（A2R2）和4d（A2R4），分析2-m/o（A2）肝脏样本的DNA甲基化水平并将其与手术前收集的非再生样本进行比较来鉴定再生DMR（A2R0）。本研究发现了新的DMR和受肝脏衰老和再生的负影响的基因靶点，从而解释了衰老对肝脏再生的不利影响。

此外感染后14天，在症状普遍出现的时间点，病毒DNA量达到最大水平，但番茄甲基化组没有显著的全基因组变化，但能够鉴定出差异甲基化区域，这些区域可能参与一些差异表达基因的转录调控。”的研究论文，该研究使用短读长测序，通过全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）分析了TYLCV感染的番茄(Solanum lycopersicum)植株在四个时间点（TYLCV感染接种后第2、7、14和21天）（days post-inoculation, dpi）的mRNA和sRNA转录组变化，以及14dpi的番茄甲基化组变化。

然而，连接BRWD3和H3K4甲基化的潜在机制尚不明确。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。

结合WGBS结果和RNA-seq结果分析，共有9个负调控基因的DMRs位于启动子区，包括2个低表达的高甲基化基因和7个高表达的低甲基化基因。全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基（C碱基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。”的研究论文，该研究通过WGBS和对应的RNA-seq分析，从DNA甲基化的角度揭示了杀鲑气单胞菌（A. salmonicida）灭活疫苗免疫大菱鲆后的免疫机制。（B）mCG序列环境中基因功能区甲基化水平的热像图分析结果。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。传统作物育种包括杂交、选择所需性状的遗传变异，导致遗传基础缩窄和遗传多样性缺失，从而阻碍作物改良。表型性状受遗传学和表观遗传学影响，利用表观遗传变异或表观基因组变化可以提高作物对环境条件变化的响应，保证农业产量和质量。表观遗传修饰可以响应外部和内部环境，导致基因表达变化而不改变DNA序列。稳定和可遗传的表观遗传变化导致表观等位基因的形成，可用于作物改良的表观育种计划。那么表观遗传变化在表观育种中对作物改良的作用如何呢？12月1日（上周四）19:0

易点评结直肠癌是一种发生在远端结肠，始于肠壁的肿瘤性病变。细胞异常增殖和积累的DNA突变会促进促炎信号和免疫反应的发生，从而导致细胞发生癌变。而肠道微生物失调长期以来一直与结直肠癌的发生有关。最近，病毒在肠道癌变中的作用逐渐引起了人们的兴趣。尤其是真核靶向病毒，它可以感染宿主肠道粘膜导致肠道疾病的发生。因此，利用为发现病毒而开发的生物信息学管道，全面描述整个病毒组的生物信息，可能有助于发现病毒诱导的疾病病因(包括CRC)。本综述将试图对真核病毒诱导结直肠癌发生的可能机制进行论述，揭示在结直肠癌机制研究方面

2019国家自然科学基金评审结果显示：甲基化相关研究资助额度约1.3亿元，项目总数达283项，对比2018年，2019年m6A RNA甲基化项目长势喜人，有140项m6A RNA甲基化项目获得资助，较2018年的67个同比增长109%。文章产出亦连年增长，高分文章不断。可以预见在未来很长一段时间内，m6A RNA甲基化仍是国自然表观遗传学研究的热门领域，且研究产出将继续呈爆炸式增长。国家自然科学基金在m6A RNA甲基化的热度也为相关测序科研服务领域的增长赋予了强大的动力。深圳市易基因科技可提供m6A

易基因 - 博士后带您了解甲基化研究新套路【第十一期】

易基因 - 博士后带您了解甲基化研究新套路【第十一期】 本节课你将学习到：①甲基化研究的简介和研究现状②甲基化研究的思路和课题设计③甲基化研究的案例和工具推荐④甲基化研究的实际场景应用...