E_gene的博客

DNMT3A调控造血干细胞的端粒酶活性和基因组完整性的非经典功能

ctDNA和cfDNA DNA甲基化可鉴定临床相关的小细胞肺癌亚型

通过对5,203个m6A Peak进行共识聚类，研究鉴定出具有不同m6A模式的5种患者亚型（P1-P5）和5种m6A亚型（M1-M5）（图2a）。更直接的证据来自Peak水平分析：在20,334个常见Peak中，INHBA（转化生长因子β家族）、VCAN（细胞外基质）和ZFHX4（转录因子）上的Peak存在显著预测价值，INHBA、VCAN和ZFHX4转录本上的特定m6A Peaks与肿瘤复发强烈相关（图5j），其中VCAN Peak存在与与更差的患者结局相关（图5k）。

人类胎儿组织的RNA m5C调控图谱揭示了Nsun2/Jarid2/Alyref轴活性

安徽医科大学和中国科学院合作团队首次绘制了小鼠体细胞核移植胚胎全基因组5hmC动态图谱，揭示了5hmC异常在克隆胚胎发育障碍中的关键作用。研究发现克隆胚胎呈现"类精子但减弱"的5hmC分布模式，X染色体5hmC沉积不足，且TET3过表达会阻碍发育。该研究为提升克隆效率提供了新靶点，成果发表于《Advanced Science》（IF14.1）。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年09月15日，来自德国癌症研究中心(Deutsches Krebsforschungszentrum，DKFZ) 的Michaela Frye团队在《Nature Reviews Genetics》（IF52/Q1）期刊发表题为“RNA modifications in physiology anddisease: towards clinical applications”的重磅综述，系统阐述了RNA修饰在生理功能、疾病机制及临床应用

研究人员分析了中国合肥“通过多点暴露监测改善母婴健康（TIMFEM）”出生队列中的样本，评估了母体尿液砷浓度与胎盘基因组甲基化和羟甲基化水平、胎盘PDGFB含量及出生体重之间的关联。有趣的是，在病例对照研究中，母体血清α-KG含量和胎盘PDGFB含量与尿液砷浓度呈负相关，而胎盘PDGFB含量与出生体重呈正相关。基因的三个片段的甲基化水平无差异。通过UPLC-MS/MS检测细胞和胎盘中的代谢物含量，特别是α-KG TCA循环相关代谢物，揭示砷暴露对细胞代谢的影响，以及这些代谢变化如何影响表观遗传修饰。

与此同时，研究者通过检测促进生长光强范围内的m6A修饰水平，并揭示了其与生长指标的相关性，结果发现，光强增加，m6A修饰水平降低，且与μmax、Fv/Fm、NPQ和细胞大小存在相关性。随后，研究者鉴定并表征了m6A修饰上游关键调控因子成员，涵盖m6A“writers”（MT-A70、WTAP）、“erasers”（ALKBH1/3/5/6/8）和“readers”（YTH、eIF3C/D/G、hnRNPA2B1/C）。总之，不同光强条件下的m6A修饰可能对亚历山大藻的生长发挥重要的调控作用。

B. animalis在两种NSCLC小鼠模型和NSCLC细胞系中均能抑制肿瘤进展，研究整合代谢组学进一步揭示，吲哚-3-乙酸（IAA） 是B. animalis的关键代谢物，存在显著抗NSCLC活性。代谢组学分析发现，Ba-CM中吲哚类代谢物显著富集，其中IAA是B. animalis的关键产物。通过RNA-seq测序和m6A测序（MeRIP-seq），研究发现B. animalis和IAA处理的NSCLC细胞中METTL3表达下调，m6A修饰减少，特别是STAT3 mRNA的m6A修饰显著降低。

此外研究还发现，HBQs处理组中存在显著差异甲基化位点（DMCs）和差异羟甲基化位点（DhMCs）。研究通过结合简化基因组甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）和羟甲基化测序（Oxidative Reduced Representation Bisulfite Sequencing，oxRRBS）以及对应的转录组测序（RNA-seq）联合分析，系统揭示了HBQs通过改变DNA甲基化和羟甲基化模式来影响基因表达，进而引发膀胱癌的可能性。

在Kdm2a/Kdm2b双敲除的卵母细胞中，CGI上的H3K36me2水平显著增加，且与H3K4me3水平较低的CGI启动子相关（图5C），表明组合序列和染色质特征在定义CGI上的异常H3K36me2沉积中发挥关键作用。Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

展示primed hESCs（n=1）、naive hESCs（n=1）、tdhTSCs（n=2）、BT-hTSCs（n=1）、CT-hTSCs（n=1）、低氧条件下2D培养的hTSCs（n=2）、TOM（2D TOM）中的hTSCs（n=2）、hTSC-Org（n=2）以及低氧条件下的hTSC-Orgs（n=2）、对照hTSCs（n=3实验重复）和DNMT3L-OE hTSCs（n=3实验重复）的平均值。这一结果表明，DNMT3L的持续表达可能影响hTSCs的分化能力，特别是在STBs的形成过程中。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，华南农业大学生命科学学院王应祥课题组和华南农业大学农学院杨存义课题组合作探究了大豆开花进程的调控机制，特别是组蛋白去甲基化酶GmLDL2（Lysine-specific demethylase like 2）在大豆适应低纬度地区中的作用。

植物表观遗传学研究新进展：从胁迫记忆到育种应用 植物因其独特的生物学特性成为研究表观遗传的理想模型。最新研究表明，植物遭遇环境胁迫时，不仅能通过表观修饰激活防御基因，还能将这种"胁迫记忆"传递给后代。易基因团队在桃树需冷量调控、玉米RNA m6A修饰与DNA甲基化互作、刺槐不定根再生机制等方面取得重要突破，为作物改良提供了新思路。这些研究揭示了表观遗传在植物生长发育和环境适应中的关键作用，为应对气候变化和粮食安全挑战提供了理论依据和技术支撑。

本文深入剖析了DNA甲基化在哺乳动物发育与疾病中的多重角色，为表观遗传学领域提供了前沿且全面的视角。不仅阐释了DNA甲基化在基因调控、转座元件沉默及基因组稳定性中的关键作用，还揭示了其在胚胎发育、生殖细胞系分化等过程中的时序性变化与复杂机制力。此外，对表观遗传基因突变与复杂疾病关系（包括理解衰老的发生机制）的解读，为临床诊断与治疗提供了理论基础。

SETD1B介导的broad H3K4me3通过调控基因表达和转录时序性以调控精子细胞发育

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，芝加哥大学华人科学家何川教授团队在国际顶刊《Nature Reviews Drug Discovery》(IF=101.8) 发表题为 “RNA modification systems as therapeutic targets” 的综述文章，全景式阐述了 RNA 修饰系统作为治疗靶点的前沿进展。文章系统梳理了 RNA 修饰调控蛋白的细胞功能与疾病关联，重点聚焦 N6 - 甲基腺苷（m6A）通路，详解了靶向 YTH reader 蛋白等

此外，研究还发现肿瘤内甲基化距离（ITMD）指标，定量分析同一肿瘤不同区域的甲基化差异，结果显示肿瘤的ITMD值比正常组织高25倍，且与拷贝数变异异质性（SCNA-ITH）显著正相关，表明甲基化异质性与基因组不稳定性共同促进肿瘤克隆演化。研究团队开发了MR/MN指标，类比基因进化中的“dN/dS”（非同义突变与同义突变比值），通过比较基因启动子区调控性CpG位点（甲基化后影响基因表达）与非调控性CpG位点（甲基化不影响表达）的甲基化率，评估基因是否受DNA甲基化驱动的正选择。评分与其他异质性指标的相关性；

在今后类似的研究中，m6A-seq技术有望得到更广泛的应用。此外，m6A-seq技术还可应用于研究发育生物学、疾病发生机制等领域，通过分析不同发育阶段或疾病状态下m6A修饰的动态变化，寻找潜在的调控靶点和生物标志物，为疾病的诊断和治疗提供新的策略。本研究通过遗传定位、基因克隆、基因编辑、m6A-seq分析等多种方法，揭示了黄瓜果实长度驯化性状的遗传调控机制，即ACS2基因中的1287位C>T同义突变通过改变m6A修饰和mRNA结构构象，调控ACS2蛋白的翻译效率，进而影响黄瓜果实长度。

摘要： 浙江大学联合团队通过对207份棉花材料进行多组学分析（WGBS、RNA-seq、WGS），揭示了DNA甲基化多态性（SMPs）在纤维发育中的关键作用。研究发现SMPs数量是SNPs的100倍，且独立于遗传变异调控36.39%的基因表达。通过EWAS鉴定出1715个与农艺性状相关的表观位点，仅2.1%与GWAS位点重叠。研究构建了深度学习模型DeepFDML预测功能性甲基化位点（准确率0.82），并通过基因编辑验证了关键基因GhCIPK10的功能。该成果发表于《Cell Research》（IF=25

应激激活的STK24调控MASTL/YBX1/PAK4轴介导肝细胞癌仑伐替尼耐药和肿瘤进展

此外，在所有CG、CHG和CHH甲基化中，与CK样本相比，在5-aza处理样本中，基因的5'和3'区域（±2K序列）的DNA甲基化水平降低，尤其是在基因启动子和基因体区域。所有在WT和MT间差异表达的转录因子（TFs）被分类到不同模块中，蓝色模块在三个阶段中差异表达的TFs数量最多，且在三个阶段中鉴定出的五个TFs均位于蓝色模块中，表明蓝色模块中的某些DEGs可能是导致WT和MT果实花青素差异积累的关键因子。在分子水平上，研究人员鉴定出多个与花青素合成相关的差异表达基因、转录因子和甲基化相关基因，并通过。

火山图、柱状堆叠图、山峦图、GSEA富集分析图、deeptools热图、IGV信号图、UMAP、PLS-DA图、tsNE、相关性热图干货满满，建议收藏反复观看哦

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。生信分析图作为基因组、转录组等组学研究结果的可视化核心，常见类型包括火山图（Volcano Plot）、Deeptools信号热图、IGV的动态变化、PLS-DA图、相关性图、tSNE图、UMAP图、柱状堆叠图、山峦图等。这些图表通过不同形式展现差异基因、染色质开放位点、功能富集等关键信息。对于刚入门的研究者来说，理解这些图表背后的生物学信息可能颇具挑战。今天，易基因将带您深入解析高分文章中常见的生信分析图，帮助您掌握它们的应用场景和具体含义。

头颈恶性肿瘤分子残留病灶检测的组织无关全基因组甲基化富集临床验证研究

结果显示，具有高肝脏病变负荷的患者表现出与神经内分泌前列腺癌（NEPC）相关的转录因子（如EZH2、NANOG和POU5F1）的显著富集，而具有高骨转移负荷的患者则表现出与雄激素依赖相关的转录因子（如KLK3、AR和FOXA1）的富集。研究团队通过分析cfDNA中的组蛋白修饰，揭示了前列腺癌在不同转移模式和临床表现中的染色质特征，并探讨了其作为生物标志物和生物发现工具的潜力。此外，cfChIP-seq技术的应用不仅限于前列腺癌，还可能扩展到其他类型的癌症研究中，为癌症的早期诊断和个性化治疗提供支持。

这一成果为癌症等疾病的诊断提供了新的潜在生物标志物检测手段。回顾2025年H1，易基因科技在表观遗传学研究领域的专业技术服务助力客户取得了令人瞩目的成果，这些成果不仅在学术上具有重要意义，还为相关疾病的诊断、治疗以及生物对环境变化的响应研究提供了新的思路和方法。通过协同应用多种组学技术，如WGBS、ChIP-seq、RNA-seq、微生物组学、蛋白质组学等，研究人员能够从多个层面系统性地揭示生物和病理过程中的表观遗传调控机制，发现新的调控因子和信号通路，为疾病机制研究和药物研发提供更全面、深入的理解。

该研究以模式生物海洋硅藻Phaeodactylum tricornutum（原核藻类，P. tricornutum）对象，置于热胁迫（25℃，对照组为20℃）下400天（约400代），运用多组学分析方法（包括转录组学、基因组学和表观遗传学）揭示了海洋硅藻适应长期海洋变暖（Ocean Warming, OW）的调控机制。研究发现，海洋硅藻通过资源分配权衡（如光合作用、氮代谢、核糖体合成与翻译、碳代谢和热激响应的调控）以及表观遗传调控（特别是组蛋白修饰H3K27me3对转座元件的调控）以响应长期热胁迫。

运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。在染色体分布上，DPR患者HSCs和MKPs的各染色体上均呈现出相对高甲基化状态，且HSCs相比MKPs存在更多的高甲基化区域，但在DPR患者中，巨核细胞调控基因在HSCs和MKPs之间的甲基化差异并不明显。

微量WGBS技术的应用不仅为研究哺乳动物胚胎发育的表观遗传调控机制提供了新的工具，也为今后类似的研究提供了重要的参考。研究基于微量WGBS技术在单碱基分辨率下检测精子和卵子的全基因组甲基化状态，分析结果表明，在负鼠的精子和卵子中发现了差异甲基化区域（DMRs），这些区域在胚胎发育过程中表现出不同的命运。基于微量WGBS技术在单碱基分辨率下检测非活性X染色体（Xi）的甲基化状态，分析结果揭示了在负鼠中，非活性X染色体（Xi）在胚胎发育过程中逐渐变得低甲基化，这与真兽类中Xi的高甲基化状态不同。

研究以红色糖多孢菌（Saccharopolyspora erythraea，S. erythraea）为模型，揭示AcP通过乙酰化修饰影响两种关键蛋白：二腺苷酸环化酶（Diadenylate Cyclase, DisA）和其转录抑制因子DasR，从而调控c-di-AMP合成与降解，维持细胞内c-di-AMP稳态。图像放大倍数为×5000。此外，ChIP-seq数据还揭示了AcP依赖的乙酰化如何通过影响DasR的DNA结合能力来调控c-di-AMP合成，为研究c-di-AMP稳态的分子机制提供重要依据。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近年来，肠道疾病（如炎症性肠病、结直肠癌等）的全球发病率持续攀升，已成为威胁公共健康的重大挑战。这类复杂疾病的致病机制涉及多因素交互作用，传统治疗手段因难以精准调控宿主反应而面临瓶颈。值得注意的是，肠道菌群作为肠道微生态的核心调控者，其与宿主表观遗传修饰的互作正逐渐成为解析肠道疾病发病机制的关键突破口。西南大学动物科学技术学院夏耀耀研究员、赵轩副教授、李家维副教授团队合作的最新综述系统梳理了肠道菌群与宿主表观遗传修饰的双向调控网络及其在肠道疾病中

上海交大团队揭示NSD2调控牛磺酸生物合成维持肠道屏障稳态的新机制。研究发现IBD患者和小鼠模型中组蛋白甲基转移酶NSD2表达降低，其缺失通过减少H3K36me2修饰抑制FMO基因表达，导致牛磺酸合成减少，加剧肠道炎症和屏障破坏。补充牛磺酸可显著缓解症状，表明NSD2-H3K36me2-FMO-牛磺酸轴是IBD治疗新靶点。研究采用ChIP-seq、RNA-seq等技术，发表于《Clinical and Translational Medicine》（IF=7.9）。

（a-b） 肠道微生物组多样性（通过相对丰度的香农熵(Shannon entropy)测量）在种（s）、属（g）、科（f）、目（o）、纲（c）、门（p）和界（k）水平上与实际年龄、表观遗传年龄加速以及衰老速度的相关性分析。（a）从80名年龄在38-84岁之间的健康活跃个体中收集了宏基因组学、表观遗传学和运动相关数据，并研究表观遗传年龄加速、肠道菌群和身体素质之间的关系。（a-b） 肠道微生物组多样性在种（s）、属（g）、科（f）、目（o）、纲（c）、门（p）和界（k）水平上与运动相关参数的相关性分析。

此外，研究人员还进行了表观遗传吸烟的全基因组关联研究（GWAS），鉴定出多个与吸烟相关的位点。本研究通过整合多个组织和队列的DNA甲基化数据进行EWAS分析，显著提高了对吸烟与DNA甲基化关系的理解，并开发了一种新的表观遗传标记（mCigarette），能够更准确地评估吸烟行为。研究的表型包括：GS队列的吸烟包年（n=17105）、Erzurumluoglu 等人迄今为止最大的荟萃分析的吸烟包年（n=131892）、基于GrimAge的吸烟包年（n = 17105）的DNA甲基化（DNAm）分析。

研究纳入687名高原原住民（NHs，即高原藏族）、299名适应后移民（ANs，即高原汉族）和462名低海拔原住民（NLs，即低海拔汉族），旨在鉴定与STA和LTA相关的差异甲基化位点（differentially methylated sites，DMSs），并分析其在生物学通路中的富集情况。STA的KEGG富集（a），LTA的KEGG富集（b），STA的GO富集（c），LTA的GO富集（d）。进行甲基化组全关联研究（MWAS），以研究与高原短期适应（STA）和长期适应（LTA）相关的DNA甲基化变化。

Wnt/β-catenin信号通路的失调激活是多种癌症晚期进展中的常见事件。功能和分子分析表明，NURR1能够通过直接转录激活CTNNB1（β-catenin）并激活β-catenin来介导Wnt/β-catenin信号通路激活，从而促进体外（癌症干性和EMT）和体内前列腺癌细胞的肿瘤生长（转移和去势抵抗）。结果显示，LNCaP和DU 145细胞中NURR1的过表达能够增加总β-catenin及其活性形式（去磷酸化或核内）的蛋白水平，而22Rv1和DU 145细胞中NURR1的敲低则能够减少这些蛋白水平。

与pCBC::RIN-3xFLAG中的ChIP信号相比，RIN在AP2a和PG2a启动子上的富集得以维持（B），但在pCBC::RIN-3xFLAG/dml2-3果实中，RIN在NAC-NOR和Z-ISO启动子上的富集丢失（C）。DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。（C）在授粉后25天、34天、38天和45天时，AC、ful1-1、rin-cr1、rin/ful1-1、dml2-3、dml2-4和pCBC::RIN-3xFLAG/dml2-3第1株系果实中的乙烯产生量。

DNA/H3K9甲基化和Polycomb蛋白组（Polycomb-group，PcG）-H3K27me3沉默通路长期以来被认为在哺乳动物、植物和真菌中是互斥的，并且分别特异性地作用于转座元件（TEs）和基因。但即使在DNA/H3K9甲基化机制缺失情况下，许多TEs仍然可以被H3K27me3靶向，有时甚至与DNA甲基化共存。本研究结果揭示了在野生型拟南芥植物中，TEs也可以被H3K27me3单独靶向并沉默。

通过对甲基化组（WGBS）和转录组（RNA-seq）的综合分析结果表明AE-F1代精子中β细胞功能基因存在差异性DNA甲基化，这种甲基化差异被传递到AE-F2代胰岛，并进一步保留在AE-F2代精子中，导致与胰岛素分泌相关基因（包括Pdx1、Irs1、Ptprn2和Cacna1c）表达降低。此外，限制饮食和二甲双胍治疗通过恢复异常的精子DNA甲基化，不仅使AE-F1代雄性的高血糖正常化，还可阻断其向后代的传递。b-c. 母体雄激素水平正常和异常的女性所生男孩的HOMA-β（b）和BMI（c）水平。