E_gene的博客

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。SETD2（SET domain containing 2）是哺乳动物中唯一负责催化H3K36me3（histone 3, lysine 36,tri-methylation）蛋白的表观遗传因子。

研究通过分析m5C RNA甲基化测序（RNA-BS）、转录组测序（RNA-seq）等分析，揭示了NONO在胃癌中的作用机制，并提出了一个新的肿瘤抑制基因失活机制，即通过m5C修饰和相关的可变剪切介导调控。为了揭示NONO在胃癌（GC）中的作用，研究采用了RNA测序（RNA-seq）、m5C测序（RNA-Bis-Seq）、RNA免疫沉淀、RNA原位杂交以及NONO敲低细胞的Minigene报告基因分析。易基因提供的RNA-BisSeq（RNA-BS）技术在本研究中用于高分辨率地分析m5C修饰模式的变化。

m5C RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（m5C MeRIP-seq），该技术利用m5C特异性抗体富集发生m5C修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，对RNA上的m5C修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。然而，m5C修饰在致癌过程中的作用尚未完全明确。m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。研究结果表明，NSUN2介导的m5C RNA甲基化在RB的致癌过程中促进嘌呤的生物合成。

近日，青岛大学公共卫生学院张东峰教授团队通过简化基因组重亚硫酸盐测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS）和表观基因组关联研究（EWAS），分析了中国同卵双生子的DNA甲基化图谱，寻找与估算eGFR相关的甲基化位点和区域，并探讨了其因果关系。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。Cdx2是一个关键的转录因子，在小鼠肠道上皮细胞的发育过程中起着决定性的作用。它在胚胎期和成年期的肠道上皮细胞中都有表达，但其结合的基因组位点在发育和成年期有所不同。DNA甲基化是一种表观遗传修饰，通常与基因沉默相关。然而，某些转录因子（如Cdx2）可能更倾向于结合甲基化的DNA序列。转录因子通过结合发育阶段特异性的靶点并建立合适的增强子景观来引导组织发育。而DNA序列和染色质修饰会指导转录因子的基因组结合。

本研究通过系统的实验设计和多维度分析，揭示了ALKBH5在神经胶质瘤中的作用机制，特别是其通过m6A修饰调控FOXO1表达的分子通路。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。母胎免疫耐受是指母体免疫系统对胎儿抗原的耐受，避免对胎儿产生免疫排斥反应。子宫内膜容受性是指子宫内膜接受胚胎着床的能力。子宫内膜容受性和母胎免疫耐受是成功妊娠的两个关键过程。然而，营养所涉及的分子机制尚未被充分研究。蛋氨酸（methionine）是一种必需氨基酸，在甲基化、抗氧化、多胺合成和免疫调节中发挥重要作用。已有研究表明，蛋氨酸代谢紊乱可能导致胚胎发育障碍和生殖性能下降。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。桃树（Prunus persica）等多年生果树的芽休眠是其冬季生存的关键策略，需冷量（chilling requirement，CR）是打破休眠的必要条件之一。然而，全球变暖导致许多地区的需冷量难以满足，影响了桃树的生长和发育。因此，理解需冷量和芽休眠（bud dormancy）的遗传机制对于培育适应不同地理区域的低需冷量品种具有重要意义。

在ALS患者与对照组的比较中，共检测到1045个差异甲基化区域（DMRs），这些DMRs位于基因体（genebody）、启动子和基因间区域，且这些DMRs与ALS的关键相关通路（包括内吞作用和细胞黏附）相关。》的研究论文，研究通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS），分析了血浆中的cfDNA甲基化模式，揭示了与年龄相关以及ALS相关的甲基化变化。本研究结果表明，cfDNA甲基化是一种强大的工具，能够通过揭示受扰动的位点、基因以及不同组织/细胞对血浆的贡献比例，评估与年龄相关的改变和ALS特异性的分子失调。

近年来，研究发现RNA甲基化修饰在R-loop的形成、稳定和分解中起着核心作用，通过动态调节R-loop代谢影响基因组完整性和DNA损伤修复。DNA 损伤后，特别是在 DSB 期间，复杂的修复机制被激活，R-loop的形成和解离在此过程中起着至关重要的调节作用。R-loop是由新生RNA（nascent RNA）与DNA模板链形成的RNA-DNA杂合结构，这种结构在正常生理条件下广泛存在于高转录基因中，参与多种关键生物过程，如基因表达调控、DNA复制、DNA损伤修复等。

易基因提供的DRIP-seq基于特异性识别DNA:RNA 杂交体的单克隆抗体（S9.6），通过免疫沉淀富集基因组中的R-loop区域，结合高通量测序实现全基因组水平的高分辨率定位。DRIP-seq（DNA-RNA免疫沉淀测序）和ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）是两种关键的高通通量测序技术，分别用于研究R-loop的形成和组蛋白修饰的分布， DRIP-seq和ChIP-seq在本研究中共同揭示了AMPK缺失如何通过H3K4me3的异常沉积导致R-loop的形成，进而引发基因组不稳定性。

研究结果显示，POI患者的甲基化和羟甲基化水平显著升高，全基因组范围内表现出显著高甲基化和高羟甲基化区域，其中Genebody（基因体）区域的甲基化水平与基因表达呈负相关，尤其是在启动子区域。研究通过单碱基分辨率的DNA甲基化组和DNA羟甲基化组分析，探讨了POI患者人卵丘细胞（cumulus cells）的表观基因组特征，并进一步揭示这些表观遗传修饰变化与POI相关基因、卵巢功能基因以及表观遗传时钟基因的相关性。研究发现，POI患者的羟甲基化水平在某些区域显著升高，可能与基因表达的调控有关。

进一步的研究揭示了不同小鼠组织和睾丸发育过程中m5C修饰的分布，表明了哺乳动物转录组中m5C修饰的保守性、组织特异性和动态特征。随着检测技术的进步，尤其是亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing）的应用，m5C修饰在转录组中的分布和功能逐渐被揭示，人们对其在mRNA中的分子机制和生物学意义有了一定的初步认识。总之，RNA-BS-seq技术在本文中发挥了重要作用，不仅确认了m5C修饰的存在，还绘制了m5C修饰的全转录组图谱，揭示了其分布特征，并推动了m5C修饰在分子功能和疾病相关研究中的应用。

E. RNA（粉色）的模型，包含待甲基化为m6A的腺苷（Ade）和下一个核苷酸，与WT METTL3（绿色或浅蓝色）和METTL14WT（橙色）或METTL14R298P（灰色）复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方（总数，黑色字体），而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方（特有，红色字体）。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks（图2A）和一个较高的m6A峰（相对EGFP的前5%）（图2C）的基因（n=258）进行的GO分析。

E. RNA（粉色）的模型，包含待甲基化为m6A的腺苷（Ade）和下一个核苷酸，与WT METTL3（绿色或浅蓝色）和METTL14WT（橙色）或METTL14R298P（灰色）复合体的叠加结构结合。每个细胞系的三个重复中重叠的peaks数以交集形式显示在上方（总数，黑色字体），而经过四组比较后特有的peaks数显示在下方（特有，红色字体）。F. 对至少包含一个R298P细胞特异性m6A peaks（图2A）和一个较高的m6A峰（相对EGFP的前5%）（图2C）的基因（n=258）进行的GO分析。

运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。a-b. RIP-qPCR实验显示，在HUH1细胞中VIM-AS1过表达（a）和在THLE2细胞中VIM-AS1敲低（b）后，VIM-AS1和EPHA3 mRNA对IGF2BP1的结合亲和力。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。N6-甲基腺苷（m6A）是真核mRNA中最普遍和丰富的修饰，通过“writer”（甲基转移酶）、“eraser”（去甲基化酶）和“reader”（阅读蛋白）动态调控mRNA代谢的几乎每一步，并干扰多种生物过程。RNA甲基化是调控免疫细胞功能的重要过程，但其如何影响CD8 T细胞的抗肿瘤活性尚不完全清楚。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在精准肿瘤学时代，异常的遗传和表观遗传学变化鉴定促进了癌症诊断、管理和治疗方式的改变。DNA羟甲基化（5-羟甲基胞嘧啶，5hmC）是一种新兴的表观遗传修饰，由TET酶通过氧化5-甲基胞嘧啶（5mC）形成。DNA羟甲基化表现出组织和癌症特异性模式，在DNA去甲基化和基因调控中至关重要。5hmC检测方法的最新进展，以及在游离细胞DNA（Cell-Free DNA，cfDNA）中鉴定5hmC，表明了游离细胞5hmC作为癌症生物标志物的潜力。本文探讨了D

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。前列腺癌（Prostate cancer，PCa)是全球男性中最常见的恶性肿瘤之一，也是导致男性癌症死亡的第二大原因。尽管雄激素受体（Androgen receptor，AR）信号通路在前列腺癌进展中至关重要，但长期雄激素剥夺治疗（androgen deprivation therapy，ADT）最终会失败，导致致命的去势抵抗性前列腺癌（CRPC）。目前，AR靶向治疗的抗性导致前列腺癌的治疗仍存在挑战，寻找新的治疗靶点变得尤为重要。

本研究表明，发育过程中暴露于一定浓度的抗雄激素类除草剂Linuron后，会诱导雄性传递的胰腺DNA甲基化模式的跨代改变。在关键代谢基因中检测到差异甲基化区域（DMRs），包括重要的2型糖尿病标记物（tcf7l2和adcy5）、胰腺导管腺癌（plec）以及调控钙信号的基因，这些基因可以影响胰腺的外分泌和内分泌功能。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

最近，细胞游离甲基化DNA免疫沉淀与下一代测序（cfMeDIP-seq）的发展为分析cfDNA甲基化组提供了一种有效的方法。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。F-H. TCGA（F）、CPGEA（G）和WCDT（H）队列中高GR-DMR甲基化组中下调基因的生物学过程（BP）的基因本体（GO）富集分析。

为研究早期中度PAE和富含甲基供体（HMD）饮食在妊娠期间对子代DNA甲基化和行为结果的影响，作者采用包含四个处理组的小鼠模型（H2O-NC组、PAE-NC组、H2O-HMD组、PAE-HMD组），旨在评估酒精暴露与对照组小鼠相比对子代DNA甲基化的影响（图1）。与正常食物（NC）相比，HMD与运动活性增加相关，这通过非配对t检验在（a）开放场测试（N=104）、（b）物体识别测试（N=108）、（c）高架十字迷宫测试（N=88）和（d）物体位置测试（N=98）中显著增加的总行进距离来表明。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。通过甲基转移酶对真核RNA的N6-甲基腺苷(m6A)进行可逆调控是影响RNA代谢的一种重要表观遗传事件。因此，m6A甲基化在调控动物生长、发育、繁殖和疾病进展中发挥着至关重要的作用。本文回顾了m6A甲基化修饰的最新研究进展，并讨论了其在家畜生长、发育和繁殖性状中的调控作用，展望了m6A甲基化修饰在塑造经济重要性状中的研究前景。m6A的基本调控机制m6A修饰是一种常见的RNA修饰类型，其可以改变RNA分子的化学属性和空间结构，从而影响其功能性。m6

本研究对理解基因组DNA甲基化的进化以及生存环境如何通过表观遗传影响后代具有重要意义

最后线粒体α-酮戊二酸（α-KG）合成的关键酶IDH2和TET酶的辅因子α-KG，在1-NP组的胎儿前脑中减少（图7M–O）。分析α-KG对1-NP引起的中间神经元迁移相关基因表达减少的影响（图8G–I），结果表明，妊娠期间补充α-KG缓解了1-NP在胎儿前脑中引起的Sema3F、Nrg1和Erbb4减少（图8G–I）。此外，研究还表明补充α-酮戊二酸（α-KG，TET酶的辅因子），可以逆转1-NP诱导的中间神经元迁移相关基因特定位点的低羟甲基化，缓解中间神经元迁移延迟并改善由1-NP引起的自闭症。

p=0.048）中的高甲基化；易基因建立的靶基因甲基化高通量测序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是针对已有目标基因panel组合，运用易基因自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件，对亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增，建库后进行超高深度（1000X以上）甲基化精准检测。位点cg47596828-EPCAM、cg47630224-MSH2、cg23652916-PALB2和cg89786999-FANCI在患者中显示出统计学上显著的甲基化水平增加。

5-甲基胞嘧啶（m5C）是一种常见的RNA修饰，其在转录后水平调控基因表达，但m5C RNA修饰与生物分子凝聚以及转录因子介导的转录调控之间的交互作用，在卵巢癌中的了解还很有限。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。每3天检测一次形成的肿瘤体积（h）。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。非酒精性脂肪性肝炎（nonalcoholic steatohepatitis，NASH）是一种慢性肝脏疾病，其特征是肝脏中脂肪积累、炎症和纤维化。干扰素基因刺激因子（stimulator of IFN genes，STING）是一种细胞质DNA传感器，与NASH中的炎症激活有关。先天免疫激活对于NASH进展期间引发肝脏炎症至关重要，然而免疫调节分子如何识别脂肪生成、纤维化和炎症信号的机制尚不清楚。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化在许多生物过程中发挥着重要作用。得益于数十年来对DNA甲基化突变体的研究，如今对DNA甲基化的建立和维持机制有了很好的理解，尤其在拟南芥（Arabidopsis thaliana）的Col-0品系中的研究。最近的研究利用自然品系甲基化组进行的全基因组关联研究（GWASs）从群体水平上揭示了DNA甲基化变化的复杂而独特的遗传基础。亚硫酸盐处理后的测序是量化DNA甲基化的杰出方法，此外最近开发的无亚硫酸盐检测甲基化方法，以及同时检测遗传和

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。N4-乙酰胞苷（ac4C）是一种高度保守的化学修饰，广泛存在于真核和原核生物RNA中，如tRNA、rRNA和mRNA。这种修饰与多种人类疾病显著相关，尤其是癌症，其形成主要依赖于N-乙酰转移酶10（NAT10）（唯一已知ac4C的writer蛋白）的催化活性。本文讨论了ac4C的检测技术及其调控机制，并总结了ac4C与肿瘤发生、发展、预后和药物治疗的相关性。此外还对早期肿瘤诊断和预后预测的新生物标志物以及肿瘤治疗的新靶点进行了评论。由于ac4C是

研究在11种不同儿童癌症类型的31个复发性儿童肿瘤组织、13个邻近正常组织和20个血浆游离细胞(cell-free，cf)DNA样本上进行全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)，定义了多种癌症类型样本间差异甲基化的最小焦点区域，称之为微小差异甲基化区域(minimally differentially methylated regions，mDMRs)。全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基（C碱基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。干旱（Drought）会对植物的生长、发育和生产力造成严重损害，是最具危害性的环境因素之一。植物已经进化出复杂的调控网络和干旱胁迫的抗性策略。作为一种保守的表观遗传调控，DNA甲基化变化可以改变植物对非生物胁迫响应中的基因表达和染色体互作。基因组学、表观基因组学和转录组学等组学技术的发展促进了非模式作物物种表观遗传变异研究的快速增长。本文总结了干旱胁迫下作物DNA甲基化作用的最新研究成果，包括甲基化和去甲基化酶、整体甲基化动态变化、DNA甲基化对

从外圈到内圈依次是：基因密度、CpG岛、HBW胎盘平均甲基化水平、LBW胎盘平均甲基化水平、高甲基化DMR（hyper-methylated DMRs）、低甲基化DMRs（hypo-methylated DMRs）、HBW胎盘的平均甲基化水平、LBW胎盘的平均甲基化水平。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900.M：甲基化等位基因；

将6只100日龄的雌性三黄鸡根据腹部脂肪比例被分为高脂组（n=3）和低脂组（n=3），并对其腹部脂肪组织进行MeRIP-seq和RNA-seq分析。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。RNA修饰近来已成为热门话题，它们通过影响RNA生成、转运、功能和代谢等过程，是细胞生物学的关键调节因子。本文介绍了包括N6-甲基腺苷（m6A）、5-甲基胞嘧啶（m5C）、N1-甲基腺苷（m1A）、N7-甲基鸟苷（m7G）、N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）、假尿苷（Ψ）、尿苷化和腺苷-肌苷（A-to-I）RNA编辑在内的8种RNA修饰的生物学功能和作用机制，这些修饰由RNA修饰酶（“writers”，“erasers”和“readers”）进行添加、

的研究论文，研究通过cfMeDIP-seq结合机器学习方法分析了肝脏肿瘤和血浆游离DNA（cfDNA）中的差异半甲基化区域（DHMRs），揭示了大多数DHMRs与相同样本中的差异甲基化区域（DMRs）不重叠，表明DHMRs可以作为独立的生物标志物。结合DMRs+DHMRs的模型，比只使用DMRs或DHMRs训练的模型表现出更优越的性能，在验证队列中，区分对照组、肝癌和脑癌的AUROC值分别为0.978、0.990和0.983。e. 使用训练有DMRs+DHMRs的模型，每组样本的平均预测概率。

该方法片段化的RNA与m6A抗体孵育，然后RNA-抗体复合物通过254 nm UV光交联，通过蛋白酶消化得到的氨基酸残基抑制逆转录中的碱基配对，导致在m6A位点附近发生片段化或突变，最终以单碱基分辨率获得m6A位点信息（图1A）。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。

Setdb1基因敲除增加了CTCF对这些SINE元件的可及性，CTCF与这些位点结合介导染色质环的重分布。2024年7月3日，复旦大学脑科学研究院江燕课题组与基础医学院刘赟课题组博士后蒙伟达合作共同通讯，利用广泛的表观基因组分析，包括ATAC-seq、抗H3K9me3 ChIP-seq、WGBS、抗CTCF ChIP-seq、原位Hi-C以及RNA-seq分析，揭示了小鼠神经前体细胞（NPCs）中组蛋白甲基转移酶SETDB1调控SINEs活性和染色质环构象的表观遗传分子机制，及其在NPCs增殖中的作用。

箱线图显示了基于H3K27ac cfChIP-seq分析（A）、H3K4me3 cfChIP-seq分析（B）、cfDNA甲基化分析（C）或cfDNA染色质可及性分析（D）的EGFRm-LUAD和EGFRm-tSCLC患者血浆样本的cfDNA SCLC风险评分。”的研究论文，研究通过表观基因组cfDNA分析DNA片段的表观遗传学特征（如DNA甲基化、组蛋白修饰等），揭示了可以通过cfDNA表观基因组分析无创地检测EGFR突变型LUAD患者中的小细胞转化，从而识别和监测癌症的存在和进展。

研究人员将经过20°C、12.5°C或5°C冷藏（随后20°C回温）下暗储后达到Turning阶段（T）成熟果实与新鲜收获果实（fresh-harvest fruit，FHT）进行了比较。因此，研究采后处理诱导的番茄果实DNA甲基化和转录组变化对果实成熟和品质的影响，以及这些影响与成熟速度和成熟指标（如乙烯、脱落酸和类胡萝卜素）的相关性，对于改善果实品质具有重要意义。（ii）12.5°C（12.5T），和（iii）5°C持续两周，然后在20°C下回温（5T）。对照组为新鲜收获的成熟果实（FHT）。