E_gene的博客

DNMT3A调控造血干细胞的端粒酶活性和基因组完整性的非经典功能

ctDNA和cfDNA DNA甲基化可鉴定临床相关的小细胞肺癌亚型

烟酰胺通过促进狼疮小鼠的ac4C修饰来提高卵母细胞的数量和质量

通过对5,203个m6A Peak进行共识聚类，研究鉴定出具有不同m6A模式的5种患者亚型（P1-P5）和5种m6A亚型（M1-M5）（图2a）。更直接的证据来自Peak水平分析：在20,334个常见Peak中，INHBA（转化生长因子β家族）、VCAN（细胞外基质）和ZFHX4（转录因子）上的Peak存在显著预测价值，INHBA、VCAN和ZFHX4转录本上的特定m6A Peaks与肿瘤复发强烈相关（图5j），其中VCAN Peak存在与与更差的患者结局相关（图5k）。

人类胎儿组织的RNA m5C调控图谱揭示了Nsun2/Jarid2/Alyref轴活性

DNA甲基化直接抑制基因组G4结构形成并调控基因转录 华南师范大学团队在《Genome Biology》（IF 10.1）发表研究，通过多组学技术（WGBS、CUT&Tag、ATAC-seq、RNA-seq）揭示DNA 5mC甲基化直接抑制基因组G-四链体（G4）结构的形成，且不依赖染色质开放状态。研究发现： 负相关性：基因组甲基化水平与G4丰度显著负相关，低甲基化区域G4信号更强。 因果验证：甲基化抑制剂处理或DNMT1敲除降低甲基化后，G4丰度显著增加，且可通过DNMT1过表达逆转。 直接作用：

DNA低甲基化表征定义了皮肤组织中的人类调节性T细胞，并鉴定出其血液再循环对应物

研究团队进一步在诱导多能干细胞（iPSC）来源的人造血分化体系中验证了DNMT3B功能的高度保守性，揭示了"Dnmt3ba-Integrin-Akt-Mdm2-P53"轴作为调控EHT的关键表观遗传-信号转导耦合机制。具体而言，研究团队以斑马鱼为模型，结合微量全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）和转录组测序（RNA-seq）技术，系统解析了DNA甲基转移酶Dnmt3ba在造血内皮细胞（HECs）向HSPCs转化（EHT）过程中的核心作用。主要发生在胞嘧啶的CpG位点，也可以在非CpG位点和CpG岛中发生。

安徽医科大学和中国科学院合作团队首次绘制了小鼠体细胞核移植胚胎全基因组5hmC动态图谱，揭示了5hmC异常在克隆胚胎发育障碍中的关键作用。研究发现克隆胚胎呈现"类精子但减弱"的5hmC分布模式，X染色体5hmC沉积不足，且TET3过表达会阻碍发育。该研究为提升克隆效率提供了新靶点，成果发表于《Advanced Science》（IF14.1）。

在7例WGS未检出GPRC5D基因突变的复发患者中，WGBS分析结果显示5例MM复发患者存在GPRC5D调控区域高甲基化，靶向甲基化测序（Target-BS）分析结果显示多个CpG位点甲基化水平与GPRC5D表达负相关，揭示表观遗传重编程是主要逃逸机制。分析全基因组甲基化水平差异，比较复发组MM细胞、未接受GPRC5D治疗的对照MM细胞及正常浆细胞的甲基化图谱，鉴定差异甲基化区域（DMRs）和差异甲基化位点（DMLs），筛选候选基因GPRC5D转录调控元件（启动子、增强子及基因间区）的CpG甲基化水平。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年09月15日，来自德国癌症研究中心(Deutsches Krebsforschungszentrum，DKFZ) 的Michaela Frye团队在《Nature Reviews Genetics》（IF52/Q1）期刊发表题为“RNA modifications in physiology anddisease: towards clinical applications”的重磅综述，系统阐述了RNA修饰在生理功能、疾病机制及临床应用

具体而言，MPs暴露导致乳酸化标记（H3K18la、Pan-Kla）上调约50%，ROS水平升高1.4倍，通过"乳酸化激活duox→ROS生成→ROS促进乳酸化"的自我放大环路，持续驱动中性粒细胞炎症。这些结果表明，微塑料通过诱导氧化应激，扰乱了中性粒细胞的正常迁移功能。此研究利用活体斑马鱼模型，结合成像技术和ChIP-seq技术，首次实现了对微塑料暴露下中性粒细胞迁移全过程的可视化追踪，并揭示了其背后的ROS-H3K18乳酸化正反馈调控环路，这一发现为理解微塑料的免疫毒性机制提供了重要的理论依据。

未折叠蛋白应答激酶PERK通过SAM合成和H3K4me3依赖性PDGFB信号支持循环肿瘤细胞簇的存活和转移

研究人员分析了中国合肥“通过多点暴露监测改善母婴健康（TIMFEM）”出生队列中的样本，评估了母体尿液砷浓度与胎盘基因组甲基化和羟甲基化水平、胎盘PDGFB含量及出生体重之间的关联。有趣的是，在病例对照研究中，母体血清α-KG含量和胎盘PDGFB含量与尿液砷浓度呈负相关，而胎盘PDGFB含量与出生体重呈正相关。基因的三个片段的甲基化水平无差异。通过UPLC-MS/MS检测细胞和胎盘中的代谢物含量，特别是α-KG TCA循环相关代谢物，揭示砷暴露对细胞代谢的影响，以及这些代谢变化如何影响表观遗传修饰。

在Kdm2a/Kdm2b双敲除的卵母细胞中，CGI上的H3K36me2水平显著增加，且与H3K4me3水平较低的CGI启动子相关（图5C），表明组合序列和染色质特征在定义CGI上的异常H3K36me2沉积中发挥关键作用。Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

具体而言，通过整合绵羊胚胎发育各阶段的多组学数据（包括Smart-seq2、ATAC-seq和WGBS），系统描绘了绵羊早期胚胎发育和ESCs多能性状态的转录组与表观遗传特征。此外，这些基因编辑后的细胞仍保持多能性。Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

研究发现，IL-17D通过调控单核细胞（monocyte）招募，抑制过敏性炎症，揭示了纤毛细胞在肺部免疫反应中的重要保护作用。在HDM诱导的过敏性哮喘模型中，Il17d-/-小鼠表现出更严重的过敏反应，包括肺部和支气管肺泡灌洗液（BALF）中CD45+免疫细胞和嗜酸性粒细胞（eosinophils）的显著增加、血清中HDM特异性IgG1水平升高、肺组织H&E染色显示血管周围炎症加剧、Th2细胞（IL-5+、IL-13+）在引流淋巴结（dLNs）中增多，表明IL-17D抑制2型免疫应答中发挥重要作用。

本文深入剖析了DNA甲基化在哺乳动物发育与疾病中的多重角色，为表观遗传学领域提供了前沿且全面的视角。不仅阐释了DNA甲基化在基因调控、转座元件沉默及基因组稳定性中的关键作用，还揭示了其在胚胎发育、生殖细胞系分化等过程中的时序性变化与复杂机制力。此外，对表观遗传基因突变与复杂疾病关系（包括理解衰老的发生机制）的解读，为临床诊断与治疗提供了理论基础。

SETD1B介导的broad H3K4me3通过调控基因表达和转录时序性以调控精子细胞发育

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，芝加哥大学华人科学家何川教授团队在国际顶刊《Nature Reviews Drug Discovery》(IF=101.8) 发表题为 “RNA modification systems as therapeutic targets” 的综述文章，全景式阐述了 RNA 修饰系统作为治疗靶点的前沿进展。文章系统梳理了 RNA 修饰调控蛋白的细胞功能与疾病关联，重点聚焦 N6 - 甲基腺苷（m6A）通路，详解了靶向 YTH reader 蛋白等

深圳易基因科技为本研究提供ChIP-seq技术支撑，助力揭示表观遗传调控机制

产出的基础数据为NPX file数据文件，为项目的原始下机数据，可直接用于后续的数据分析，如火山，热图，箱线图，ROC曲线等分析以及文章发表的原始数据上传。xtension Assay），可以同时兼顾高通量、特异性、灵敏度和动态范围，满足当下精准医学对检测技术的新要求：更灵敏，更稳定，更准确，通量更高，用量更少，耗时更短！检测批量样品中的96，384，768，1,152， 1,536或3072种蛋白，覆盖100%主要信号通路；得益于核心专利技术：邻位延伸技术（每个样品分别仅需不到1，2，3，4或8微升；

此外，研究还发现肿瘤内甲基化距离（ITMD）指标，定量分析同一肿瘤不同区域的甲基化差异，结果显示肿瘤的ITMD值比正常组织高25倍，且与拷贝数变异异质性（SCNA-ITH）显著正相关，表明甲基化异质性与基因组不稳定性共同促进肿瘤克隆演化。研究团队开发了MR/MN指标，类比基因进化中的“dN/dS”（非同义突变与同义突变比值），通过比较基因启动子区调控性CpG位点（甲基化后影响基因表达）与非调控性CpG位点（甲基化不影响表达）的甲基化率，评估基因是否受DNA甲基化驱动的正选择。评分与其他异质性指标的相关性；

在今后类似的研究中，m6A-seq技术有望得到更广泛的应用。此外，m6A-seq技术还可应用于研究发育生物学、疾病发生机制等领域，通过分析不同发育阶段或疾病状态下m6A修饰的动态变化，寻找潜在的调控靶点和生物标志物，为疾病的诊断和治疗提供新的策略。本研究通过遗传定位、基因克隆、基因编辑、m6A-seq分析等多种方法，揭示了黄瓜果实长度驯化性状的遗传调控机制，即ACS2基因中的1287位C>T同义突变通过改变m6A修饰和mRNA结构构象，调控ACS2蛋白的翻译效率，进而影响黄瓜果实长度。

METTL3通过m6A-IGF2BP2依赖性方式增强SLC7A11 mRNA稳定性，提高铁死亡抗性，从而促进类风湿关节炎滑膜成纤维细胞的肿瘤样特性

摘要： 浙江大学联合团队通过对207份棉花材料进行多组学分析（WGBS、RNA-seq、WGS），揭示了DNA甲基化多态性（SMPs）在纤维发育中的关键作用。研究发现SMPs数量是SNPs的100倍，且独立于遗传变异调控36.39%的基因表达。通过EWAS鉴定出1715个与农艺性状相关的表观位点，仅2.1%与GWAS位点重叠。研究构建了深度学习模型DeepFDML预测功能性甲基化位点（准确率0.82），并通过基因编辑验证了关键基因GhCIPK10的功能。该成果发表于《Cell Research》（IF=25

应激激活的STK24调控MASTL/YBX1/PAK4轴介导肝细胞癌仑伐替尼耐药和肿瘤进展

中科院与瑞金医院团队利用WGBS技术绘制11种常见实体瘤DNA甲基化单体图谱，鉴定出81,567个癌症特异性甲基化单体区块（MHBs）。研究发现MHBs富集于基因调控区，与致癌通路相关且能独立预测基因表达。通过单细胞验证和多组学整合，证实MHBs可作为新型癌症标志物，在液体活检中展现出优于传统方法的检测性能（AUC达0.79-0.97）。该研究为理解肿瘤表观遗传调控提供了新视角，相关成果发表于《Cell Reports》（IF=6.9）。易基因作为表观组学服务商，提供WGBS等技术支持此类前沿研究。

此外，在所有CG、CHG和CHH甲基化中，与CK样本相比，在5-aza处理样本中，基因的5'和3'区域（±2K序列）的DNA甲基化水平降低，尤其是在基因启动子和基因体区域。所有在WT和MT间差异表达的转录因子（TFs）被分类到不同模块中，蓝色模块在三个阶段中差异表达的TFs数量最多，且在三个阶段中鉴定出的五个TFs均位于蓝色模块中，表明蓝色模块中的某些DEGs可能是导致WT和MT果实花青素差异积累的关键因子。在分子水平上，研究人员鉴定出多个与花青素合成相关的差异表达基因、转录因子和甲基化相关基因，并通过。

DNA甲基化缺失，而体细胞中的DNA甲基化则不受影响。目前，易基因科技有限公司在DNA甲基化修饰等表观遗传检测领域，积累了一系列国际先进技术，可对高通量单细胞甲基化组学研究，微量DNA甲基化测序，ctDNA、FFPE等严重降解痕量DNA甲基化检测等，提供多种有效解决方案。本研究通过多种实验方法，包括小鼠模型构建、微量单细胞DNA甲基化测序、流式细胞分选、RNA测序（RNA-seq）、免疫荧光实验、组织学分析和生殖能力测试，全面揭示了UHRF2在PGCs中维持特定DNA甲基化模式中的关键作用。

此外，研究还纳入了50个SMRT测序样本基因组的甲基化检测结果和oxBS测序的结果，与ONT测序进行横向比较研究阐明了每种测序方法的优势和局限性，并为使用长读长测序进行基因组规模的碱基修饰检测工具的标准化和评估提出了建议。研究将CpG位点分为未甲基化（0–0.15）、低甲基化（0.15–0.5）、中等甲基化（0.5–0.85）和高甲基化（0.85–1）四个类别，通过比较ONT测序和oxBS的结果显示，Nanopore测序在未甲基化和高甲基化CpG单元上的预测准确性最高，分别为86%和77%。

坏死性小肠结肠炎的表观遗传学见解：揭示甲基化调控的生物标志物

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。生信分析图作为基因组、转录组等组学研究结果的可视化核心，常见类型包括火山图（Volcano Plot）、Deeptools信号热图、IGV的动态变化、PLS-DA图、相关性图、tSNE图、UMAP图、柱状堆叠图、山峦图等。这些图表通过不同形式展现差异基因、染色质开放位点、功能富集等关键信息。对于刚入门的研究者来说，理解这些图表背后的生物学信息可能颇具挑战。今天，易基因将带您深入解析高分文章中常见的生信分析图，帮助您掌握它们的应用场景和具体含义。

头颈恶性肿瘤分子残留病灶检测的组织无关全基因组甲基化富集临床验证研究

DNA低甲基化激活以RpMYB2为中心的基因网络，以增强不定根再生

北京协和医院梁乃新团队在《Clinical and Translational Medicine》发表研究，通过整合cfDNA片段组学与表观遗传特征（cfChIP-seq和cfRRBS），开发出肺癌早期检测机器学习模型。该模型在独立验证中对I期肺癌检测灵敏度达95.1%，对微浸润性腺癌达96.2%，显著优于传统方法。研究创新性地证实cfDNA片段特征受表观遗传调控，并筛选出609个多表观共调控基因（MERGEs），为无创早筛提供了新策略。这项多中心研究展示了多组学技术在液体活检中的协同潜力，为临床转化奠定基

《循环cfDNA甲基化模式揭示肝移植后移植物损伤的细胞来源》 美国华盛顿乔治敦大学团队在《Nature Communications》（IF=15.7）发表研究，通过cfDNA全基因组甲基化测序（cfWGBS）分析44例肝移植患者的130份血样，首次实现非侵入性监测移植损伤的细胞来源。研究建立包含476种细胞甲基化组的参考图谱，发现肝细胞特异性低甲基化区域与染色质开放性、转录因子结合位点高度重合。结果显示：术后肝细胞/胆管上皮细胞cfDNA持续升高预示早期移植物损伤，且甲基化特征可区分排斥反应、缺血损伤等不

这一成果为癌症等疾病的诊断提供了新的潜在生物标志物检测手段。回顾2025年H1，易基因科技在表观遗传学研究领域的专业技术服务助力客户取得了令人瞩目的成果，这些成果不仅在学术上具有重要意义，还为相关疾病的诊断、治疗以及生物对环境变化的响应研究提供了新的思路和方法。通过协同应用多种组学技术，如WGBS、ChIP-seq、RNA-seq、微生物组学、蛋白质组学等，研究人员能够从多个层面系统性地揭示生物和病理过程中的表观遗传调控机制，发现新的调控因子和信号通路，为疾病机制研究和药物研发提供更全面、深入的理解。

（a-b） 肠道微生物组多样性（通过相对丰度的香农熵(Shannon entropy)测量）在种（s）、属（g）、科（f）、目（o）、纲（c）、门（p）和界（k）水平上与实际年龄、表观遗传年龄加速以及衰老速度的相关性分析。（a）从80名年龄在38-84岁之间的健康活跃个体中收集了宏基因组学、表观遗传学和运动相关数据，并研究表观遗传年龄加速、肠道菌群和身体素质之间的关系。（a-b） 肠道微生物组多样性在种（s）、属（g）、科（f）、目（o）、纲（c）、门（p）和界（k）水平上与运动相关参数的相关性分析。

研究通过分析cfDNA的片段大小和末端基序，成功检测了组蛋白H3K27ac和H3K4me3的修饰水平，并展示了其在非侵入性产前检测、器官移植监测、血液疾病诊断和癌症检测中的潜在应用。在五个健康对照样本中，通过比较片段大小推断的H3K27ac信号与cfChIP-seq检测的实际H3K27ac信号，发现两者具有良好的一致性。本研究通过分析cfDNA的片段大小和末端基序，成功推断了组蛋白H3K27ac和H3K4me3的修饰水平，并展示其在非侵入性产前检测、器官移植监测、血液疾病诊断和癌症检测中的潜在应用。